GgaINT0048981 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009569 | F1P396_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:19593984-19601013:+
Coord C1 exon
chr7:19593984-19594172
Coord A exon
chr7:19594173-19600946
Coord C2 exon
chr7:19600947-19601013
Length
6774 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
AAGATTTTTTTTTTTAACAGTTT
3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCAAGAATGGGTGAATCAACAAAGGGAAGACATTGAAAGGCAAAGAAAGCTCCTGGCCAAGAGAAAGCCACCAACTACAAATAATTCTCAGGCACCATCTGCCAATTCTGAACCCAAGCAGAGGAAAAATAAAGCTGTGAATGGGGCAGAAAACGATCCCTTTGTTAGACCCAATTTGCCACAGCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTGACTCTAGCAGAGTATCACGAACAGGAAGAAATTTTCAAACTTCGATTAGGACATCTCAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009569:ENSGALT00000015585:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.672 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]