HsaINT0167541 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198586 | TLK1
Description
tousled-like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11841]
Coordinates
chr2:171884849-171902872:-
Coord C1 exon
chr2:171902684-171902872
Coord A exon
chr2:171884916-171902683
Coord C2 exon
chr2:171884849-171884915
Length
17768 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAAGC
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3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
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Seq C2 exon
GTTGACTTTGGCAGAATATCATGAACAGGAAGAAATTTTCAAACTTAGACTAGGACATCTCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198586-TLK1:NM_012290:11
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.692 A=NA C2=0.027
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)