BtaINT0159574 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000031575 | VAV3
Description
vav 3 guanine nucleotide exchange factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12659]
Coordinates
chr3:35838132-35860044:+
Coord C1 exon
chr3:35838132-35838261
Coord A exon
chr3:35838262-35859892
Coord C2 exon
chr3:35859893-35860044
Length
21631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTGAGT
5' ss Score
7.39
3' ss Seq
GCCCCATCATTTCTTTACAGTCT
3' ss Score
7.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TCTTAAGTCCAAAGGTGCTGGGCATCGCTATTGCTCGGTATGACTTCTGTGCCAGAGATATGCGAGAACTGTCCCTGCTGAAAGGAGATGTGGTGAAGATTTACACGAAGATGAGTGCGAACGGCTGGTGGAGAGGAGAAGTGAACGGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000031575:ENSBTAT00000020771:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.205 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PD(6.7=11.4)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]