GgaINT0039992 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001915 | Q8UUX6_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr8:995727-1006219:-
Coord C1 exon
chr8:1006090-1006219
Coord A exon
chr8:995879-1006089
Coord C2 exon
chr8:995727-995878
Length
10211 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
CAACTTCTGTTTCATTTCAGTGC
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001915:ENSGALT00000002946:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.114 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]