HsaINT0179971 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134215 | VAV3
Description
vav 3 guanine nucleotide exchange factor [Source:HGNC Symbol;Acc:12659]
Coordinates
chr1:108116669-108138963:-
Coord C1 exon
chr1:108138834-108138963
Coord A exon
chr1:108116821-108138833
Coord C2 exon
chr1:108116669-108116820
Length
22013 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TGCTTGTCATTTCTTGACAGTGT
3' ss Score
7.15
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTTAAGTCCAAAAGTGCTGGGCATTGCCATCGCTCGGTATGACTTCTGTGCAAGAGATATGAGAGAGTTGTCCTTGTTGAAAGGAGATGTGGTGAAGATTTACACAAAGATGAGTGCAAATGGCTGGTGGAGAGGAGAAGTAAATGGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134215-VAV3:NM_006113:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.286 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PD(6.7=11.4)
A:
NA
C2:
PF0765312=SH3_2=PU(75.9=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)