GgaINT0039992 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001915 | VAV3
Description
guanine nucleotide exchange factor VAV3 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_996745]
Coordinates
chr8:991005-1001429:-
Coord C1 exon
chr8:1001300-1001429
Coord A exon
chr8:991157-1001299
Coord C2 exon
chr8:991005-991156
Length
10143 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
CAACTTCTGTTTCATTTCAGTGC
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTTGTAGATTACTATAAGCACCACTCTCTCAAAGAAGGCTTTCGAAGTCTGGATACTACACTTCAATTTCCGTACAAAGAATCTGAAAACTCGGTGGGACAGAGGGGAAACAGAGCAGGTGGCAACT
Seq A exon
GTGAGTATTACAGATTTATGTATTATTTTCTGTCACATATATAAAAAGGGCTTTAGCTAGAAATTTTTTTTGAAGCTAAGCAGATTCAGATCTGTCAGGAGGTTTATAAACATGTCTAGCAAGTTTGTCTTTCTGCCAAACTTAAAATCTTGTTATTCAATATTCTATTAGGAACGCCGATGAGAAGTTGATTTGCATCCTGCCTAGTTTTTTGGATATTTGCATGCATGCAGCTCAAGTGCTAATAAGTATCTGACAATTTCTAATCCTTGCAAAGGGGTTTAAGTAAATCAGACTTACAGTGTAGCTGTGTGAACTAGGATCTCAATCACACCACATGAATTTCTCAGATTAACCCAGTGCTCTTGCATTTACTGTATCATAACTAATTTTATCTTTTGTTTTTAACCTCAGGTGTTTATTCAATGCCTGTGTGCTTCTAAAATGATTTACTGTTCACAATGTAAATAGCAGATGAAAAGTTCTGAAGTTTAGAAGTAGTCTGCGGATATTTAGAATTAAGATGCTATCTTTTTTTTTATATCCTATTACAATGTAAGTGGAAACCAGCATGATTTCTAGAATTCTGATGATAAAAATTACCACATGGCCCATCTCTGGAAAATATATAACATTTCTGTCAAAGAGCAAATATTAGATTTGCGGTTCTGCAGACAATGGCTGATAATAACAAAATAAAAATTAATGGATTTTAACAGTATGAAGACTCCCGTGAAAGCCCATAGTGTGCAGTCTAGTCTTGCTGATGATGAAGCTGGTGGACCTATTTTCATCTGCTGTGTTTGTGAGCTTCTGTTTCTTTGCTTGTCTCTCTCTGTTCCATAATATTTCAATAACTTCAGAGTCTTTCTTCCTCTCCTAATTATAATGAAGATAATTGAGAATAAATTATTGTAAGAAACTAGTGTATCTCTGTGCATTTCATTTTCTTTTTCTGAATTCCTCTTTATTCCTTTAGTTTCAGTTCTTTCACTGTGTCTCAGGAGTTCTGTCTGTTATGCTGGTCTTAATGCATCTCGGTTCTGAGTGAATTTCAGTTCCATTATTTTCTTTTTTATGCTTGTGATCTCCCTTTGCTTTTCTGTTGTCATATCTTGTGCTTTTCTTCATCCGTTGCCTCTTTGTAGCATCAAGGCTTTAATTGTTTAGACAGCATGCCTTGCTTAGTTTTCTTTGCTTTTGTTTTGGTTATTATTGGTTGTAAGCAGAAACACATTGTTCTCTTCCCTTAGACCAGGTGTGATACAGCTGTACTGTCCACCAACTTACTACTCTGCAACAGCATTAGCTTAATCACTTCATGCTTCATAGGATGCAAGAAACATAATTGGGGGATGCTCTCATTTTAGTTGAAGGGGTGAGAAAGTGCCTTTAATGTTACGTAGTATACTGGTGGGAACTGACAGGTTTTCTTTTAAGCCAAACTGATTTAAAAAAAAGTATCCATACTCAGACTTGTGTGAAACCTAATAGATATCCACAGTTCTGCTCCTACCTAGACAGATGCTGGATGACACTTTAATTAATAGATGTGCCAATTTTCTTTTAAAGTGTCAGCATGCCCCTCTGAGGGTTTCCTTTCTTTTTAAAGCAAAATTTCCTTAATCAGCAGCCTGTCTGTGAGTCCTGGTGCTCAGTTGTATATCTGTCCTGTTAATTTTTATCAAGTTATGTTAGAGTAACCGTATTGCTAGGATGAGAAAACCATGTGGGTCTGAAGTTGAAGTTGGTACATTTTGGACTGAACTTGTGTTTAAGGGGGGAAACAAGCAAGTGAAGGAGCAGCAGTTGCACTTGTGGTTTCAGTTCATTTCAGCCCTCAAAGTGAGCATCCACATAGAGGGTTTTTTTGACCTCTTTGTATGTAATCTGAAAGCAAAAAACCTCATCCTAGTTTGTTGAAAGGAAGCCAACCAAGTCTGTTGCATTGAAAGAAGGGCACTTGCCCATTTTTTCAGCTCTGTAATTACTCAACGTCATATTCACTACGTTTTATCAAGCATGAGGTTGAAGCTAGTGAGTGCAATAGATGCTGAAGTTTTGTAGCTGAATTTGAGTAGATTTTGGGTTTCAACTTGATATTTTTCACTATACTATTCACATGACTGGATTTTTTTTTTTAACTGAGGATATCTTTTGAAAAGGCAGCAGTTTATTATTTGTTCAAAGCAGTTGGTTTTTAGAGTATATAACCAACAGAATACGTGGGAATGTGTTTCTGAAAAACATCAGATAAACTACTGAAGACTTGGGGAAGTGTGTCATTTCTTGCTAACTGTCTTTGAGCCATTTTGGAGTTGAATGGCAATACTAAATTAATTTTGCTTTCCAGAACAATGTGAGAAAGATTGTATTCTTTATTTGTGATAGTTGTGTTTTCATTTACCCATTGAAAGAAAGAAAATCATGTGGCATTTCAGTTGATTTTTAATTTTTGATTTGAATCCTAACAGATCACTTGGTAGTTTTAAAATATTTTATATTGTCAAGGAATGTACTTCTTTCAGTACCTACTATTTTGTTTAGAACAAGATCTTCATTTCACAGTGACAGTTAATTTTTCTTCCCACTTAAATTAGGAATTCTCATGGTCTTAAATAAGCCACCCACTCTTTTTTGATACTTAACACACACCTTTGATATTATTAGATTAACTGTTAGACGTTTACTTCTCCCAGTGTAGAAGTTAATTGAGATGACTTTTGGGGAAATGGTACATTTGTTCTTAATTTTTCAGATCCAGGGTTTTCTGGACTCAGGATGATCAAATCGTGTTTTGCTGAAAGAAAAATATTAACTCCTAAGCTAGATTTGAGGACTGATTTACCTTTTAATCTGTATTAAAAGTAAAAATGGAAGATGAGTTCACGTTCTTCTGCAAAATAGTTCTTGGCACTTTATTGGAAATTTACTGATGCTTTGCACAATCATTGCGAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTGTGAAACATTGATTTTAATGTACCTAAAACATGAGGCCAACAATTGCCTTACTTTTTTCACTTTCACAATAGGATTAGGTACATTATCAGGTCATGTTACTGCTTGTTGCATTACTGTTGATACAGTAAATAAAGCGAGTGTCATCTCAGCTGTTCACAAACGAAAGAATCTAGCCTTTCTTTTAATGGACAACACCAATTTCTGTAGAAATCTGGTAGGATTTCCTTGCCCACACTGGTTTATCACAAAATCAAACCTCCAGTTAAATCAGATGAAGAATTTGCATGGTATTAAGATATATGAACTCGACAGGAAAGGACCAGCTACCCCTTGTGTAGCACCTGAAGCATATTTATTCCTGCATGCTACTTTTGCTCGTTTGCAATTTGTTAGCTATAAAGGCAGCTAATTATCCCTGAGAATGGAGACACTAATTCGTTAAAGTTGCCTTTTTTGTTTGGTTGACGTTTGCATACAGAATTATCACCTGGGGTTGCTGGCTCCTATACTCAGTTAAATTCATGCATTGTCAGATAATCCATTCAGTTTTAGATGCAGGGAAAGGACCATCAGCGTGAAGGAACAGAGGGCAGTTTTTAGTGTGCAAGAGTCTGTTACTTCTGTATTACTGTTGTACTGACTCCTAGATTATAAATGTGAGAATACTGTATCACCTGTGTTAATTTTATTTATGCTGGCTGTTTCACTGTCATAAATGCATTTATTCTCATCCAGGTAAGATGCATAAAACCGTATCATTGCCTCCACCATGGATTCTGTTTATTCCTTGCATAAAATAATTCTAGTCTTCATTGCTGCACAATAACCATTTTGAAGTCAAATGATAGTATTTCTTCTGTAGTCACACAGAGAAACAGCTTAATGTGATGAGTATAAGCCTGCTACATTTTAAAGGAACTGTATTGTTTACTAACAATAGATATTACTGGGTATTATTTAAAGGCTAGAGTATTATTTATCTAAATGAGAATGGACTTCAACTTTTTAAGTGCACAGTAGGGAGCAATTGTCTCAACTTGATTAGATTTTGTACGCTATGTAAAGATGAAAATGTGTTCATTGCTTCTTCCAAAGAATGACATAATGTGAGAATGTGACAACAAAATGTAGTTCCACTTAAAGTCATTTTAGTGAATTTTATCTAATTCTGCGTTTAAAAATGTGGTGACAGATTGCCCTAAGTTAGTTGGCAGTAGAACAAATGCATCTGTAGTCTTCCACCTGAGTTAAAGGAATCCCCTGTTACAGGGATTAGGATGATGTGCAGGTTCTGTCCAGTTGAAATTTACACTTTTTTTTTGATTGAGGATTTTTTTCTTGAGTCAGGGAAAACTGCGAAGATGAGAAGTGCTGTTTGATCTTTAGACAATATAATTTAGCTGTGGAATTCCTATTTATTTTAATGATTATCCGGGCAAAATGTGTACTTTTACCCATGCATATCATGAGATCCTATTTCAACTGGTATTTAGACTGTCTTGCTAATTGAGGGCATGTGACTAATCTTCCTGAGCTGAAGAGGAATTCTTATGTATGCATGAATTCCTGCATTTGTACTGTTATTAAGCAAGGCACGCAAAAATAAAAAGGAAAAAAAACTCTACTATATCTGAAAATATTTGCAAGAGTCTGCAGCTTTAATTTTGCTTCTCTTATTCTTTGAAAAATGCAATTGTTATAAATTAAATCATAGGTTAAGATTTTCTAGTTAATACAGTCAATTTCCTTCCAGACATCCTTAGTAGGGAACCTTAGTTTCCTTATTATCAATGAATTATATAGTTAAAAAACTATTATTTAAATCTTGTACCAATATTTCAATGTACTTTTGCTTTTCTCTTTTTCTCTTTCTTTCTCTAAGCCCCCTCTTTGTTCTGTGGGTTTTCTTTTGTAACTCCTCCAGACTTCAGCTTTGTTCCCCCTTCCTCCACTCCTTTCTGGTCAGGTACTGCTTTACTGCTTTTATACTCTGCATTTGTTTCTGTTTGTTTCTGTGTGTCA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Seq C2 exon
TGCTAAGTCCAAAGGTGATAGGCATTGCCATTGCAAGGTATGACTTCTGTGCAAGAGACATGAGAGAACTGTCCTTACTGAAAGGTGACGTTGTAAAAATTTATACAAAGATGAGTGCAAATGGCTGGTGGAGAGGTGAAGTAAACGGAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001915:ENSGALT00000002946:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.106 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PD(6.7=11.4)
A:
NA
C2:
PF0765312=SH3_2=PU(75.9=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]