HsaINT0179971 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000134215 | VAV3
Description
vav guanine nucleotide exchange factor 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12659]
Coordinates
chr1:107574047-107596341:-
Coord C1 exon
chr1:107596212-107596341
Coord A exon
chr1:107574199-107596211
Coord C2 exon
chr1:107574047-107574198
Length
22013 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TGCTTGTCATTTCTTGACAGTGT
3' ss Score
7.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTTGTGGAGTACTACAAGCATCATTCTCTCAAGGAAGGGTTCAGAACCTTAGATACAACTCTGCAGTTTCCATACAAGGAGCCAGAACATTCAGCTGGACAGAGGGGTAATAGAGCAGGCAACAGCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
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R:
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Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains