BtaINT0162048 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004184 | WDSUB1
Description
WD repeat, sterile alpha motif and U-box domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26697]
Coordinates
chr2:37199158-37208703:+
Coord C1 exon
chr2:37199158-37199335
Coord A exon
chr2:37199336-37208562
Coord C2 exon
chr2:37208563-37208703
Length
9227 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
ATTTTCTAATTTCTTTTCAGAAT
3' ss Score
9.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AATCTCTAGGGCTGCGTAGTAAAGTTCTAAGGAAAATTGAAGAACTGAGGACAAAGGTGAAAACCCTTTCTTCTGAAATTCCTGATGAATTTATATGTCCAATAACTAGGGAGCTTATGAAAGATCCTATCATCGCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004184:ENSBTAT00000064632:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.042 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764712=SAM_2=PU(74.2=81.7)
A:
NA
C2:
PF0764712=SAM_2=PD(24.2=33.3),PF0456410=U-box=PU(28.8=43.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]