BtaINT0162049 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004184 | WDSUB1
Description
WD repeat, sterile alpha motif and U-box domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26697]
Coordinates
chr2:37208563-37235900:+
Coord C1 exon
chr2:37208563-37208703
Coord A exon
chr2:37208704-37235719
Coord C2 exon
chr2:37235720-37235900
Length
27016 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TGGCTTTTTTCTTTTTTTAGATG
3' ss Score
10.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGGCTACTCATATGAAAAGGAAGCAATGGAAAATTGGATCAGCAGAAAGAAACGTACCAGTCCCATGACAAATCTTGTTCTTTCTTCAGTGATACTTACACCAAATAGGACTCTGAAAATGGCCATCGATCGATGGCTAAGTGAGACACATCAAAAATAAAACTCTATATTGTGTTATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004184:ENSBTAT00000064632:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764712=SAM_2=PD(24.2=33.3),PF0456410=U-box=PU(28.8=43.8)
A:
NA
C2:
PF0456410=U-box=PD(69.9=94.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]