HsaINT0182792 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196151 | WDSUB1
Description
WD repeat, sterile alpha motif and U-box domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:26697]
Coordinates
chr2:160092304-160105023:-
Coord C1 exon
chr2:160104883-160105023
Coord A exon
chr2:160092702-160104882
Coord C2 exon
chr2:160092304-160092701
Length
12181 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
GTGTGATTTTTTTTTTTTAGATG
3' ss Score
10.23
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCTCTAGGACTGCGTAGTAAAGTGCTGAGGAAAATTGAAGAGCTCAGGACCAAGGTTAAATCCCTTTCTTCAGGAATTCCTGATGAATTTATATGTCCAATAACTAGAGAACTTATGAAAGATCCGGTCATCGCATCAG
Seq A exon
GTATGTGTGATGCTATACTAAGTTGCAGGGGATGTTTTGTGCTAAATGAATAAAAAGTTTAGACAGTTCTCAGAAGTTTGCTTAAATGTGAAGAATTTTAAGTAGTTTTTTCTTAAACTAATTAAACCTTGGGTGAACAAATGAATATTGTATATTTCATAATGAAATTGAACAGAGTAGTTGTGGAGTTGACACAAAAGGATTAAGTTTTACTTAAACTTGTGAAATGTGTATTTAGTTGCTAGGATGTAAAGATAAAATACTATTTTTTAAAGACAGATTGTTGAGATCTCTTGTGTTTGTCTATCATGAATTTAAACAATCTTCTACAAAGAATTTAATTATAAAGTTGTATCATTCCATATTTCTAAGTGTTAACAGACCTACATACTTTATTATACATAGTTGTAATCAGTGAATCCAAATTTTATATATATATATATTTATATATATATATATATTTATATATATATATATATATATATTTATTTAATTTTGGCCTACAGCTTCCTTATATGTTTCTGAATATTGGCTTAGTCTATGTTGACTTTGTCTGGAGTTTTCACTTTGAATAGCTTTATCCCATTGTGGCTGTATGATACATTGTGTTTGACTTTTCTGTTAGTTGGTGTGTATGTGCTTGCAAATCTTTACACTGTAAATGGCATTATGCTGACATCTTGGCACATTTCTGTTTTTACCATTTCTTAGGGTTATTTACGTGGGTTATATGTTGCAAAGCAGAATTAGTCAATTTGAGGATGTTTTATGAATGTGAAAACAGTTTGACACATTTCGTTAGATGTGTTATTTTCTAGGAAAAAAAAACAGTTTAGAGTGCTGCCAGTAATATATCTAATTGTACCTGGTTTTCCAGTTTTGTGATCATTGTATTTTATAACTCCATTTACTTTTGCCAGCTTAATAGTTGTTTTGAAACTATAGTCCTTACTTGGCTAGGGAGGCAATGAATTTTTTTTACATGGTAGTTTACTATTTACATATATTTGAGTATAAAACATCTATTCATCTTCTCTGATAATTAGCTGATGGACTTACTTTGTATATGCTGTCCACTGTCCACATTATTAGTGGAACTAATTATGTAGTGTCTTATCGTTATGAGTTCATCTGTATTAGGTACTTAAAGCTGTACCTGCATATAATAAACACTCAATAAAAGTCAATTAGCTATTTTTATTTCAGGCTATGAAATTTGCTATGAGTATAGCAGTGGCTGCACATTTTTTGACTGGTTTATCAGGACTCTTGTTTGCAGTTGATTTATTAAAAGTGAATCTTAGGAAAACCTGGCAGCAAAGAGTGTAATAGGGTTCTGTCTCAATTTATTGAGAGGCTTCTGAATATTCACTCTGATGTTCAGTGTGCTTTTTTTCTACAAAAAAAACCACACGTGACCATAGACAGGTCTCAAATTTTAGTTTCATCCATGAGGCAGATACCAATCCAACATTTCCTTCTGGCTGCAACTCTTTTGAGTCTGGCTGCTTTTTCTCAGCTTTCCAGATTGATCTAGCTTGTAGTATCAGTAATTTATATTTATTGCTGAGTAATGTTTCCTTGCATAGATATGCCATAATATGTTTATCCATTAACCTGTCAGTGGACTTTCAGGTCTTTTCTATTTTGTGGCTATTATGACTGAAGCTGCTGTAACATTTATGTACAGATCTTTGTCTGGACATTTCTCATTTCTCTTGGTTAAATATATAGGAGTGAAATTACTGGGTTGTACGATAAGCGAATGTTTAAAGGGACTACCAAAATGTTTCTCAAAGTGATTGTATCATTCTAATTTCCTAGCTGAGTCTTCCAGTTTCTCCACATCCTCTCCAGCACTTGGTATTGCTAGTCTTTTAAATTTTGCCATTTTAGTGGATATGAAGTGGTATCTCATTGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGACTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCTGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCTCGGGTTCACACCGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACAGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTTGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTACCCGGCCTCTTATTGTGCTTTTAATTTGCATTTCCCTCTTGACTAATGATGTTGAGCATCTTTTTCTGAGCTTATTTATCCAGTCATATATCATTTCTGTAATTTATATCTTCAAGTTTTTTCCCCATTTCATGTTGGATTATCTTACTGTGTTGTGAGTTCTTTAGATGCAAGTCTTTTGTAAGGTAATGTATTGCACATAGTTTCTCTTGGTCTTGTAGCCTGCCTCATCACTTTCATAATGATGTCTCTTATAGAGACAACGTTTTTAATTTTGATGAAATCTTATTTTTCACTTTCATACTTTGAGTCCTAAGAAATCTGTCTACCCCAAGGTTTCAGAGATCTTTTATCCTTTTTTCTTCTAGACAATTTAAGGTTTTAAATTTTAGGTTTAGGTCTAGGACTTATTTCACATTTTTGTTTATGGCTTTCCTAAATGAATATCCAGTTGTTCCAGCATCACTTATTGAGAAATCATTTTATTAATGAATTACCTGGCATGTTTGTTGAAATCATCCATTTCTAGACTTTGTATGATGTTTGATTGATTTTTATGTCTATCTGGGGGCCGGTTACCACAGTGCTTCGATTACTGTAGCTTTATAGTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCACGCTGGAGTGCAGTGGCTCCATCTCGGCTTACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCACGTGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTAACACCATGCCTGGCTAATTTTTTTTTATTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCGCCACGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTGCTGGCCTCAGGGGGTCTGTCCTCCTTTGGCTTTCCAAAGTGCTGGTATTACAAGCATGAGCCACGGTGTCCGGCTGCTTTATAGTAAGTCTTGAAGTCAGATAGTGAAAATCACATGACTTAGTTCTTTTACTGTTTTGATTATTCTTGCTCCTTTTGCATTTCCACATAGATCTTAGAAACACTTTCTCAGTTTCCTTGCCCGGATTTTCACTGGGATGGTGTTTAATCTATAGATTAGTTTGGAGTTGAACTGCTCTAATCCATGAACATGGTATCACTTTGCATTGCATTTGCTTAGGTCTTCTTTTCTGTTACAGGTTTTGCACATTTTGTCAAAATTATCTTTAGGTAGCTTATTTTAAAAAAATGTTTAAATTTTTACTTTTTAGAGATGAGGTCTCATTCTGTTGCCCAGGTTGGCATGCAGTGGCACAATCTTAACTCACTGCAGTTTCGACCTCCTGGGCTCAAGCAATCCTTCTGCCTCAGCCTGCCAAGTAGCTGGAACCACAAACACCTACTACCATGCCCGGCTAACTTGTAAAAATTTTTATTTTTGTAGAGATGGGGTCTCTCTGTTGCCCAGGCTGGTCCTGAACTTCTGGCTTCAAGCCATCCTCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGAGATAAGACGTGTGAGCCACTGAGCCTGGCCAGTAGCTCATATTTTTATAACTGTACAATTTGAGCAAATAGAAATACAATGTTATATATTGACTTTGTGACCTTGCTACATTGAGTAGTAAAGTCATCCTTCAGTAACCAACTCCCTCAACACAAAAGTCTGTGGATGCTCTCTACACACCACACATCCTGTCCCCTTTCAAATCATCTCTAGCTTACTTATGCCCAATACAATGTAAGTGCTTTGTAAATAGCTGTTATACTGTATTGGCTTTTTTTTTTTTTTTATCAGCAGTTAGTTGAATCAGTGGATGCAGACCCCTTAGATATGTAGGGCTGTTAGTAGCTTTTTAATAGAAGCTTAATAGACTTTCTTCATACATGAGTGTGTCATGTAAGTAATTTCTTTCTTTCCAATTTGTATGAATCCTTTTTTTCTTTTCATGTTATTTTGGGTCAGAATTTCCAGTACAATGTTGAAAAGAAGTGGTGTGTAGACATTGTTACCTTCACCTGCACTTAGAGGGAAAGCATTCAACTTTCACCATTAAGTATGATAATTAGCTCCCCTTATCAAGTTAGTTCCCTTCTATCTCCAGTTTGCTGAGAATTTTTAGGCTATTGACATATTTTTTTTCCTCCTTTAGACTATAATAGGATAGATTGCTTTATTAGTTTGCTATTGGATCATAACGTGTCTCTCTCTTGGGTCTGGCTTCTTAAACATGTTTGTGAGATTCATTTATATTGTTGCACAAAGCAGTTTAATTTTCATTTCTGTATAGAAGTCCATTGTGTGCATATAATTCATTCTGTTGATGGGCATTGTTGGCTGTTATATATAGTGCTGCTATGAACCTTTCTGTACATGTTTTTTTGGTTAACATATGTATGCATTTCTGTTGGCTATATTCCTAGGAGAAGGTATACATAAATAGCATTCCAGAGTGGTTAAATCACTTTCTATGCCCACCAGCAGTGTATAGGAATTCTAATTGCTTCACAGCCTTACTTTTTCCTATTGTCTATGTCTTTGATTTTAACCTTTCTGGTACCACACATTTATTTTTAAATTTTATTATTTTTAATTGATGCTGTTATAAGAAACAATAGAGACATATACCTTGTGCACTTCCCAGCTTTCCCCACTGGTAACATTTTTCAAAATGATACTATTATATCACAACCAGGATATTGACATTGCTAGAACCCACAGATCTTAGATTTCCCCAGTTTTACTTGTACTTATCTGTGTGTGTGAAGCTCTACACAGTCTTATCCTGTCTAGAGGTTTGTGATTAC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Seq C2 exon
ATGGCTATTCATATGAAAAGGAAGCAATGGAAAATTGGATCAGCAAAAAGAAACGTACAAGTCCCATGACAAATCTTGTTCTTCCTTCAGCGGTACTTACACCAAATAGGACTCTGAAAATGGCCATCAATAGATGGCTGGAGACACACCAAAAGTAAAATTGTTGATATTGTATTATTTATATTTTCAGTGATCTCATTTGAATGATTTATAGGTAAATACTAATCAGACATTATTAAAAGCAAAACAGGAAAAAGGTAAACTTCTTAAATTTAGTTACCTATAAAAATTGTCAATTTTCATTCTTTAAAAAACACATGGACTTACTATAAAAGCCTTTTTGTACTAGTGAAAAGAATCTTCAGCTATATAGAAATAAAGTTATACTTTAAATTGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196151-WDSUB1:NM_001128212:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764712=SAM_2=PD(24.2=33.3),PF0456410=U-box=PU(28.8=43.8)
A:
NA
C2:
PF0456410=U-box=PD(69.9=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)