BtaINT0164431 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008414 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17277]
Coordinates
chr20:41297991-41306998:+
Coord C1 exon
chr20:41297991-41298209
Coord A exon
chr20:41298210-41306750
Coord C2 exon
chr20:41306751-41306998
Length
8541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TGTTTGATTTTATTTGTAAGGTA
3' ss Score
5.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCCTAAAGCAGGTTATAGCCAAGGTGCAACTCAGTATACACAAGCCCAGCAAACTCGACAAGTGACAGCCATAAAACCAGCCACACCAAGTCCAGCTACCACTACTTTCTCCATTTATCCTGTATCCTCCACCGTACAGCCAGTAGCAGCTGCAGCTACTGTGGTGCCATCCTATACCCAGAGTGCTACTTATAGTACCACGGCAGTTACCTATTCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACATCTTATTCAGGTTATGAAGCAGCAGTGTATTCAGCTGCATCCTCCTACTACCAACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCAGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCTGCAACAGCTGCCTGGACAGGGACCACCTTTACTAAAAAAGCACCATTCCAAAATAAACAACTGAAACCAAAACAGCCTCCCAAACCACCCCAGATTCACTATTGTGATGTCTGTAAGATCAGCTGTGCTGGACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008414:ENSBTAT00000011072:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.257 A=NA C2=0.169
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PU(52.0=15.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]