HsaINT0185603 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056097 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:17277]
Coordinates
chr5:32406879-32415292:-
Coord C1 exon
chr5:32415074-32415292
Coord A exon
chr5:32407127-32415073
Coord C2 exon
chr5:32406879-32407126
Length
7947 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
GTTTGATTTTTATTTGTAAGGTA
3' ss Score
5.2
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCCCAAAGCAGGTTACAGCCAAGGTGCAACTCAGTATACTCAAGCCCAGCAAACTCGACAAGTGACAGCCATAAAACCAGCCACACCAAGTCCAGCTACCACTACTTTCTCCATCTATCCTGTATCCTCCACCGTACAGCCAGTAGCAGCTGCGGCTACTGTGGTGCCATCCTATACTCAGAGTGCTACTTACAGTACCACAGCAGTTACATATTCTG
Seq A exon
GTAAGACTGATAAACTGTGTTTAAATGAGTAAACAAATTAGGAAGAGACTTAGTAGAAACTATCTTGATTGTCTTTGAAATTACCTTACTCCCAATAATAGGAATTAAATTAATTGATAGACATAAATATAGGTACATAATGTGACTGTTCTGTAAATTGTATGCTTTTTTGGGGGCGTGGGGAGGAGAAGATCTTAGAAGAATATAATATGTTCTTGGGGGTTTTAAGGCTCATTATGAGTCTTGGGCTTAGCATTGCAATTAAAGGAAGTAACACCGAGTTTTCTACAGGATTGTTTACTTTCCTGCTTTTCCAAATGAAATTGAAAACTCAAGGTTAATACTCAGGGAATACCACAGACAAATTATTTCTGTTTATTTTGGCTCTCGAAGAGCTATTTATTATCAGAAATAGTTCATCATGGAAATGTTGGGTAGCCCTTTCTAAACATCCATAAGATGGTGGTTATGTAACACACCTTTTTTGGAAGAACAGAGTACCTTTATTTTCCTTAAATAATTATATATTTCTCCCAGAGAGGTACAATGGCTAAAACCTTTTTGTGTCCACTGCTGTTGCCAATTTCTAGCTGAGGAAGTTTGCATTTTCACAGTGATTAAGATCACACATTGCCTTTTTTGTAGAGACTCAGCTTTTGTATTCCTCCCAGAAGATATGCTGTGAATGACACTCTTTTATTTCTCAGAGATTTCTTATCTCTTACTCTAGGGTGCTAGGGATACAATGATGAATTAGGAATGCACGGAGTGTTTGAGAACTGCAGTTCATTGTGGCTGGAATACAGGATACATGGGGTAAATGTCAGTAGATGAGGCTAGAAGTGCCAGAGTATGTAAAGCCATGTGTGCTCTGCTATGGTGTGTGTCTTTATCTTGTGGGCAGAAAGGGAGCTGCAGAGGCTATATTAAGAAATGGAGCGGTGTGAGCAGATTTGTAAGTTAACCGGACAACCAGGTGGAAATGAATTGAATGAGGAGACATTAACATCTGAGAACTCTGGCTGGAGTGGTGAATGATGAGGACCTGCTCATCATTCACCAGTATGAATGATGGTAGAAAGACATTTTATAATCTATTAAAGGCATAGTACAGGAGATTCCTTATTTAGGAAAGAAATCTTTTGTTAAGATCTCAAGAAAATACTGAATTTATGATTCCTAGATCTGTCATTTAAGATAGATAGGACTTTACTGTCTCTCCCTATTTGGTTGACTAGCTATAATTGTAACTAGGATTATATTACAATGAAATCTGATTAGTCACATTTTTTTTAAATGTCCACATTAGCTTCAACAAAATAGGAAGTACCAGAGTAGCTTTTCCTGTTCATTGTTTCTCTCTTATATGTGCTTCCTTTCCTTTCTCTTTCTCTGGTTGTCTATACAGTATGAAGATAATTTTTATTTACATGAGTAATATATTATTATTTATAAATTAGAAACTATTTTTTTAGAAAGAGAAAAAAAGTTAAACCACTAGATTTCTACTCCTAGACACTAATTGTCATTAACATTTTAGTGCACGTCTCTGTCTACTTTTCTTCCATGGAATATACATGTGTAAATACGGTTTATAAAAATGCATTTGTCTTATACGTGCTATTCTGTAAACTGCTTTATTGTTACTGTGATTGCCTTTCGTGTCACTAAGTATAGATATATACCTCTGATTAATGTTTTTTCCCAACTTTTTATATCAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGAGATTAAAAGAGTCTCACTCTGTCGCCTCGGCTGGAGTGCAGTGGTACCAGCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCTTGGGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCCGGGACTACAAGCGTGCGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCAGGCTGGTCTCGAACTCCTAACCTCAAGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAATACAGGCATGAGCCACCGTGCCCGCCCCAGAAAATTTTAATTCTCCAGAAAAGTGGAAAAAAATAGTTCCAAGAACTATTTTTTATGCCATTCACCTAGGTTCACCAATTATTAATAATTTTTCAAATTTGCTTTATCTCTCCTTTCTCTTAAAGGCTATTTTCAAATGGCTCAGCAATATAAGTTTATAAGCAATATGCTTTACAAGTTGTAGATGACATGGTACTTTGCCCTGAATTCTTCAGAAGGTATTTCCCAAGAATAAGGACATTCTTTTATGTAGCCACAATGGCAACATTATGAAAAGGAATTGAACATGGATACTATACTATCTAATACATAAATTTGTCCAGTTGTCCAAAAATGTATTTAATGGCTGGGCTTTGTATGTATTTGGTGTATGTATGTTTGTGCTTGTGCTTTGTTTTTGAAATTGAGAATCTAGTCAAGGATCATGGATTGTATTTGGTTGCCATTCTTTGTTAGTTTGCTTTAATGTAGAACAGTTCCTTATTTTTATCTTGTCTCTCATGATAGTGATATTTTTGAAGTGTTCAGGCCAGTTGTCTTGTAGAATGTCCCATATCTGGATTTATCTGATGATTTATGTTTAGATTCAGGTAACTTTTTAGACAAGAAAATTACTTGACCAGCCTTCCATTTCATCACATCAGAAGCATGTAATAAGTAATGTTTGTTTATTCCTATTGATGCTGGCTTTACTGGTTAAAGCTGTGCCTATCAGATCTCTCCATTATAAAGATACCTTTTTCCTTTATAATGAACAAGTACTCTGTGGGCCTGTTGCTCAACTGTCTTTCACCCTGTGGTGGTAGATCCTTTGAAAACTGAATGAATTTCTACAGTGGTAGTTGCAAAATCCTTTCACATTGATCCTTAGGCATTCTTCTCTAGAGTTCCCTCCTTCCACTTCTTTTTTTGTTATTACTATGAACTTACTCATTTTTATTCAATGTACAGTCATCCCTGCTATCCATGGGAGATTGGTTCCAGGGCCCCCATTGATACCAAAATTTGTGGATGCTCAAGTCACATATATAAAATGACATAATATTTGCCTTTAACCTACGTACATCCTCTTAAATATGTTAAATTATCTCTAGATTACTTACAGTACCTAATACCATGTAAGTGCTATATATAAATGGTTGTTAAGCTGTACTGAGTTTTGTATTATATTTTCTATTCCCCGCCCCCCCTCAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGCATCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGGGTGCAGTGGCGCAATCTCGACTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAACCGATTCTTGTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGGTTACAGGCGTGTACCACCATACCTGGCTCATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTACCATGGTGGCCAAGCTGGTCTGAAACTCCTGACTTCAGGTTACCCACCTACCTCGGCCTCTCCAAGTGCTGAGATTACAGGCATGAGCCACCGCACCTGCCTCCGAATATTTTCAGTTCATGGTTGATTGAATCCATGGTTGCTGAACCGATGGATACAGAGAGCGACTATATTATAATCTGTTACTCTCATTTCTCTCTTTGAGGCTCACACAGTTTTAAATTTGCCCAGTGAGATCTGCTCAAACCAGCTCCTGAGTCTTTTTGACATATTCTCATTCGTCTTTGAACACATCTTTCCTCTTTGCCACTGAAAGTTATTACAGATACACTTTGAGCTTTCCCTGCCCTAGAGTCACGGTCAGCCATGTCACACAGGAGCCATGATTTCTTATAAATGCCAGTGGTATTTAGAAACCATTCTAATGGCCACAAAGTATTTTATTGTATGGATGTACTATGTTTTAAAGTGTGTATTTGAGGACATTTAGTTGTATATGAGACAGAAACTGGAAACAGCACTAGGTAGAACATCCTTACATGTAAAGATTTGTACATTTGCCCACTTGTTTCCCTAGGATAAATTTCTAGTTCTGGAACAGTTATAAAGTATCTGTTTTTTAAAGACTATGTGATACACAGTCCAGAGTTGCCAAATCAGAGAAACCATTGTTAAGGCTTCTGAGTTCTTTATCTGCAATTTTTGGCAGCTACAATTTTGGTCAGCTGTTCTCTTTATCTTAGTAAAATGAGTTCTAGAGTATTGCTACCTACCAAATGATGACTTGTAGCATGATGAATTTACTACTGAAATGTTAATTTTTTTTGTTTCTGGTATCATACATTTAAAAGCTATATGCCAGCTCTTCTAATATCATAGCTTACTAATTAATTTTTTTTTTGAGACTAGGTCTCATTCCATCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCAAGAGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAGGTAGCTGGGACTACAGACGTGAGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATTTTTGTATTTTTTGTATAGATGGGGTTTTGCCATGTTGCACAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAAGCAATCTGCCCACCTCCGCCTCTCAAAGTGTTGGGATTACAGATGTGAGCCACCACGCCTGGCCTTGATAATGAAAGTACATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGTGTCTTGCTGTGTCACCCAGGCTTGGAGTAGAGTGGCACAATCCCAGCTCACTGCAACCTCCACCTTCTGCGCTCAAATGATCCATCCTGCCTCGGTGCATGCCACCACACCGGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTTGAGATGGGGTTTCACCACACTGCCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGTGTTCCACGAGCCTGACCTAGTAAAAGTACTTTTTAAGTGAAACTATTTTAGTTTTCAAAAACTGTGCTTTTACTTAATTTATAGACACAGATTTCTTTTTTTCTTTTTCTTTGAAA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Seq C2 exon
GTACGTCTTATTCAGGTTATGAAGCAGCAGTGTATTCAGCTGCATCTTCCTACTATCAACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCAGGCAGCAGCAGCAGCTGCTGCTGCTGCTGCAACAGCTGCCTGGACAGGGACCACCTTTACTAAAAAAGCACCATTCCAAAATAAACAACTGAAACCAAAACAGCCTCCCAAACCACCACAGATTCACTATTGTGATGTTTGTAAGATCAGCTGTGCTGGACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056097-ZFR:NM_016107:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.257 A=NA C2=0.169
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PU(52.0=15.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)