RnoINT0168806 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011627 | Zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:RGD Symbol;Acc:1311890]
Coordinates
chr2:62174281-62179254:+
Coord C1 exon
chr2:62174281-62174499
Coord A exon
chr2:62174500-62179006
Coord C2 exon
chr2:62179007-62179254
Length
4507 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGA
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGTTTCATTTTATTTGTAAGGTA
3' ss Score
6.6
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCTAAAGCAGGTTATAGTCAAGGTGCAACACAGTATACTCAAGCCCAGCAAGCTCGACAAGTGACAGCCATAAAACCAGCCACCCCAAGTCCAGCTACCACTACTTTCTCCATTTATCCTGTGTCCTCCACTGTACAGCCAGTGGCAGCTGCGGCTACTGTGGTACCGTCCTATACTCAGAGTGCTACTTACAGTACCACAGCAGTTACTTACTCCG
Seq A exon
GTAAGATTGACAAACTGTATTTAGGTGGATAAACAAATTGCAAAGCATTGATTAGAAACTATCGTGATTTTCTCTGGAATTTCTTCTTAAGGTAGCAGGTACTGAATTGATTGTTATTAACGTAAATATTTGTACATAATTTAGCAAAAGGTCCATGCTATAAGCAGTGTTGTTGGTGATGGTGGTAGAAACCCTTAGCACAATATACTGCCCTTTGGGGGAATTTGAAAGCGAGTCATGTGTGCGTGAGCAGTAACTTCTGTTGTTTAGGGGTGGAGTCCCTGTCTAAGAGGGACCAGCAAACTTTCCTCTTGCCCTATAGAGCGTGTGCAGGTCAGAAGACAACTTGCAGGACTTAGTTCTCTTCTTCTACCCTGTGGACCACCACAGAAATTGAACTCAGACTATCAGATTTGGCTATAATCTCCACAGTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTACTTGTTTGTGGTTTTTCAAGATTGGGTTTCCTTGGCTGTTCTGTAACTTGGTCTGTAGACCAGGCATGTACATAGTAAGCCACAATTTTAATAGTGGGAAGTCCAACACGGGCACTATCAAATATATAAATTTCTGATTAAACTTGGTGTACTTTGGTTTATAATTTATAAAACTTAAAATGAGATTGGCAGACAGTAAGATCTTAGTAATTATACTTCTTCATGTAAAGAGTCTTGTTTATTTCTTCCTAATGTAAATACTTTTTTGAATTGTCATCCAACAATCTGAGTGGTTTACTTTGAGACATGGCCTCAGTGCTCCTGATGACAGAATAGAATTAGAAATATAGCTTAGGCAGGCTTATGTTCACTATGATCTTCCTGCCTTGTTTGAGTGCTGATGGGATTATAGGTATTCACCATCAAACCCAGTATTGATATATATTTTCTTTCTTTTTTAACATTTATTTATTTGGGTAAAGGGAATGCATTTGTATTTGTTTCTTTGTATTCCAGCCAGCCTTTTAAGTAAAGAAACGCTACTTTTGAGGGTTGTTTCTGTTTAGTTACATCAGGAGCATATAACAATAACGCCTTTATTTCTAATCCATGATACCATCATTGGTTTAGGTATTGCCTCTCAGGTATCTCCATTATAAGATAGCTTTTCTCCTTATAAGTCATCAATTTATGGGCCTGTTGTCCAACTACCTGCTGCAGGTTGTCAAGTTGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTTCTTTGGTGGCTGTTGGAACTTCTTTTGTGTAACATGTTGTTTAATGTGTTACAAGCGATTGGCTTATGTCTCTTTGGAATAATATTTTCATGAATTTGACCAATGGGGTCCTTTTACTCCTGAGTCTTTTGAACATTCCCAAATTAGTCAATGTGCACTTGTAAGATTTCCCTCGACTCAGCAAGCAGCCATTTCCTTAGGGATCCTTATAGTTTCTTATAAATGTGCATGTCATCTAGAACCTTTCAGTGTTTTGTAGTAATACTGTATTTTGAAGCGAGTGGGGGGGGCACTTCTAATGTTTTTATGCTATTCTATAAATTTTTATATTTAGTGGGAGGGGCAAGCAGTGTACCTGTGTGGATGTCACAGGACAGCTTGTCCTGGGAGTTGTCAACTTGGAGGCTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTTTAGAGTACTTGCTACTCTTGCAGAGGACCCAAATGGGGTTCCCAGCCCATGTCAGGCTGATACAGGCCTATAACCCAGCTCCAAAGAATTCCAACACATCTGGTCTCCTCAGGTGCTTGCACTAACTTTGACACACACATCCCCTCCCACATACACACACACACAGAGTTTGGCATTTTATCACATGTACTGTGTGTAATGACCCATCAGGGTAATATACATAACTGTCGCTTCAAACACCATTCCTTTCTGTTTAAATAATCAAATACCTCTCCACTATCTTGAAATATTTTCTCTGTTATTAACCATAATCATCCTACTATATATATTGAACATTAGAAGATCTCTTATCTTACCTGTACCTGAAATTCCATACTCTGTCTATCCCATAAACACACTATTTTATATATTATATAAATATATAAAATATTATACAGTAACAGTGTCAATCAAAAAGAAAACTGATGGGCTGGCATGATGTCTCAGTAAAGATGCTTGCTGCCAGGCTGTAAACTATATGTGTGTGAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTAGGTGTGTATATACATTTGTGCCTGTTAGAGTAAGGGTAGTAATGCCTGCCTTGTAGCTATCTTCTAAAACTTTACTGTATCTGGCACACTGCCTTCCATAAGATAGACTCTCAGATTTAAACACACATCTCAGAGGTGTTCGTGATCAACTAAGTTTCACTTTTGTATTTCTGTGAGGCCTTGGGTTCCAATATTGTTTTTTTTTCTTTTAAGATGATTTATATCAGAATTATAGTTTTAGTTAGTAATAATATAAAAGTAACTTTTATTGGGTTTGTTTCTTAGTTTCTTTTTTATATTCATTTATTTTCTAATGTTGCCAGAGCTTCCCTGAGCTCCAGGGCTCAAATGTTATCCTACCTCAGTTTCCCAAGTAGGTGAGATTCTGCATTGTATCACCATACTTGCCAGCCAAATTGATTTTAGTCAGCAGGTTTGGGGGCCAATTCTGGTTCTGGTTCTGTGTGTATGCACTTGCACACAGGTATGGTATGCACAGGTACTCTTGTCATATGTGAAGTCAGAGGATAGCACTTAGAAGTTGGTTGTCTCCTTCCCCCATGGATTCCAGGGATTGAATTCAGTTAGTTCATCAGACATGAGAAGCAAATGCAAACCTTGAGCTGTCATATATGCCTTATTGTGGCTCTTTATAGTGAAATTTAAACTGATGTTCTGTCTATAAATTTGAAAGCAACATTTGTGCTTTTTTGGTTTGGTTTGAGTTTTTTGGTTTGTTTTGATGTGTAGAAGATGATATTAATAGGACTGACTAATAAATTCATTGAACTATACAATTTTCCTTAAATCAATCAGTCATTCTCTTATCTGATCATGTGGTTGTCACTGGTATATCTGCCTTTTTCTTCTTTCAGGTATTTTCTTCTACCACATTTTCTTAAAGTTTCATAAGCGTTTTATAATCTGATAATTTGACAAAAATTTAAAAAGACGTTTCTGAAAAGGTCTTGATTTTATTTTTTTTAAATCTTTATTAACTGTCAGTTTAGAGATTCTTAGGATTCTGGTTACTTGTATAGCTTAGCTTTCGTCTTCCAATTCATTTTATGTAGACATTTTTGAGTCAGTAGGTCAAAATTCATTCGATTATAATCGATTAGCTTTTAAGAACAAAACGCTCTACATTCATGCTCATTCTCTTCACCTACCCCATTCCCTACCCACTCTCTGTGCTGAGGTTCTATCTGCTGTGCCATCTAGTGCTGAGCAGGAGTTCAGTCCCCGTTCTCTTTAATTTTGTGCTGTTTTGCCCTCTTGGTCTTCCTTCACTTCTTGCCCACCTATTAAAGAGTTAAAAGAAGTCTGAATGGTAAATAGGCAATGCACTGAATTTTAAGAAACTGGTAAGCAGCTTTTTAGTTTTTAAACATGCTTATATATAGACTAAACTTCAAACTTAAAGTCTTTATGAATATCACTGTTTATGTATGTCAGTTGTTAGTATAATGTGTTTATTTAGTATAGATTCCCAACAGTGTAAATTAGCAGACTCTCTATATTAAATCAGATAGCCATGCTGTTTTCATGTTTTGGAAGAAAGAACACTGTACAGATTCTTGTTCCATGGTTTTGTAACTTGTCCTGTTTTTAAAACTATATTATTTGCCTCCTAAACATGCTTGCTCATTTCTTGTTTTGACCATTTGTACAATTCATAAAATGGTCACTGGGACTTGAAATCCTCTTCTCCTTAACTGCTATTCTCTTGTCGAATCTTACTTTATTTTTGGTTGTAAGCTTAACCTTTAATGGCTGAGCCATCTCTCCAGCCTAAATCTTACTTTATGAAGTGCTTCTGAATTTTTCCACTTGACAGTCTTCTTCAAGTCAGTGTTTTGTGAAATGTGCTCAGAGGATCAATAGGTTCTGTAACCATACAGTTGTCAAACAGGTTCCTTCAGTGAGCAGTAAGCATCTTTTAAGTGAAGGGTTCAATCGTATACTTTTCTTATACATCCTTACAACACCTGATTTGTCACATAAATATTTAAATGACTTGGTGTAGACGGCTGGTAAGTTTTGTGTGGGAGAAGGTTTCATGAGATAAGATACATACATAATTGTAAATATGCACAATTATTTACCTATTGGAATTTATTGGATTTAAATTTATAATTGACATTTAATTTGTCCTTTTATAATCATATAACATAATCTTTGTTTCATTTTATTTGTAAG
Seq C2 exon
GTACATCTTATTCAGGTTATGAAGCAGCCGTATATTCAGCTGCGTCTTCCTACTACCAACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCAAGCAGCAGCAGCAGCTGCTGCTGCAGCAGCAACAGCTGCCTGGACAGGGACCACCTTTACTAAAAAAACACCATTCCAAAATAAACAACTGAAACCAAAACAGCCTCCCAAACCACCCCAGATTCATTATTGTGATGTTTGTAAGATCAGCTGTGCTGGACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011627:ENSRNOT00000016196:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.216 A=NA C2=0.135
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PU(52.0=15.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]