MmuINT0180098 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022201 | Zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1341890]
Coordinates
chr15:12140434-12146396:+
Coord C1 exon
chr15:12140434-12140652
Coord A exon
chr15:12140653-12146148
Coord C2 exon
chr15:12146149-12146396
Length
5496 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TGTTTCGTTTTATTTGTAAGGTA
3' ss Score
6.93
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCCTAAAGCAGGTTATAGCCAAGGTGCAACACAGTATACTCAAGCGCAGCAAGCTCGGCAAGTGACAGCCATAAAACCAGCCACACCAAGTCCAGCTACCACTACTTTCTCCATTTATCCTGTGTCCTCCACTGTACAACCGGTGGCAGCTGCAGCTACTGTGGTACCATCCTATACTCAGAGTGCTACTTACAGTACCACAGCAGTTACTTATTCTG
Seq A exon
GTAAGACTGACAAGCTGTGTTTAGATGGATAAACAAATTGCAAAGCATTGATTAGAAATTGTCCTGATTTTCTCTGGAATTATTTTGCTTAAAGTAGCAGTTACTGGATTAATTGATTGTTGTTAATATAAATATTTGTACATAATTTAACAAAAGGTCCATACTATAAGCAATGTTGTGGTGGTGGTGGTAGAAGCCCTTAGCAGAATATACTGCCATTTGGGGGGATTTGAAAGCTAGTCCTGTGTTCTGACCTAGTCTTTCAGTTAGAAAAGGAAAGGACAGTCTTCTGCAGGATTGCTTTCTCATAGTGAATTCGAAAACTCAACGTTAACACTTAGGCAAATTATTTATACTTTTTCTTTTGATTCTTGTTATTTCTTTATATTTATTGTCAGAAATGGTCCCCGAAAATATTGGCAACTTTTTAAAAATATCATCTAGTGACAGGACACGCTTGTCTTAACCACGACGTTTGATTTCTGACTGAGATAGATAATATTGCAGAGGTGTGAAGTGCACGTGTGTTTTTGTGGGCTTTGTACTTCTTTGTGTGTATTGCTTGTGCTGCTTGTGCTCCTTAGTGTTCTGTCATCATGTTCTTTGGAGGCTCTAAGGTGACACAGGCAGTTTTAGTTAGTATGTTTTTGCTACTTTGCTTGTGCCCTGAGTATCAGAAGCCTACCTAGCTCGTGAATCTTAAAAGGTACCTGGTTTTTTCCTCATAATGTCTTCTCCCTGACTTGAGGAACACAGTGGAACTAGGCAAGGCAGTAGTTTTTGGAAGAGCAGCTCACCATGTTTCTAGATGAGCCTCTGTGTGTGCGCAGAGCCTGTGTACTTGGATGTGGTGCTGTCTTTCTTATCATGGCAGCAGTGGAAACAGGCGGAAATGAGGAGGCAGGAGAAGTTGGGGGGGGAGGGGGGCTGATTAAACAAAGTAGACACTCATTGTTCATTAACAGTAAAGACATGGTCCAGGATTTTCCTTATTTAGGGGATAAATCTTTTCATATTTTAAGATACTATTTCTACTCAAATAGAACTTCTGGTTAAGTAATTGCTGCTTTGGTTGGTTAATTGCAATTGTAGCCAGGATTATTACAATAGAATATTATTGGATATCTTTTAAATGTCTGCATTATCTTCAGTCATGACTGCCTTCTTGAATATGTTTTGTAATATGTAATCATGAAATCTAGTACTTTGCACTGAGTTCTTCAGAAAGTATTTCCTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTCTTTATACATAGCCACAGTGTCAAGAATTCTCAGATGACCTGACTCTACTTTAATACTTAGTATACTTTAATGACAACTTTAAAACGTCGTTTTATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCACACGCGCTCGTACAGGTCAGAGGACAACTTGCAGGAGTTAGCTCTCCCTTCTACCATGTGGACCATAGGGATTGAGCTCAGAGGATCAGATTTGGCTATAAACTCCCCAGCCCCAGCTCTAATGACAACAACTTTTCTTTCTATTTTACTTGTTTGACTGGGCTTCTTTGGCTGCCCTGGAACTTGGTCTGTAGACCAGGCATGTGCATAGTGAGCCACAATTCTAAAATAGGAAGTCAAACATGGGCACTATCTAATATATAAATTTCTGATTAAACTTGGTATTTTGTTTTGTCTTCAGATGAGCTTAGTTAGTGTGAGTCTGTGTTTATTTCTTCCTAATGTAAGCACTTTTTTTTTTGTCCAACAATCTGAGTGGTTTGGTTTGAGACATGATCTCAGTGTTCCTGATTGATGACGGCATAGAATTAGAAATATAGCATAGGCAGGCTTTATGTTCATTGTGATCTTCCTGCCTTGTCTACGTGCTGACTGAGATTTTAAGTATTCACCATCAAACCCGGTGTTGATTTATATTTTCTTTCTTCCTTTTTTAACATTTATTTACTTGGGTAAAGAAGGGTGCACAGGCAATGACATGTGTCAGTATTCATTCTTTGTATTTAGGTTCAGCCAGCCTTTTAAGTAAAGAAAAACTATTTTGAGTGTTCTTTCTGTTCGATTGCATCAGGAACATGTTACAATAGTGCCTTTATTTCTAATCTATGATACCATCACAGGTTTAGGTATTGCCTCTCAGGTATCTCCATTAATAAGATAACTTTTCTTCTTATAATTAAGTAATCAATCTATGGGCCTGTTGTCCAGCTACCTGCTGCAGGTTGTCATATTCATGTGTGTATGTGTGTGTGTAATTTCTTTGGAGGCTGTTCGATATTTTTTTGTTTAACATGATGTTCCTTAAGGATTCTATGTCAAGGAGTCCCCTCCACTTGGGTACTATAGAATCCTTTTATTATACAGTGTGTTGTAGTCCATTGACTACTGTCTTTTGGGGACATTATTTTCATGAATTTGACCAATGGGGTCCTTTTATTCCTGAGTCTTTTTAACATTCCCAAATTAGTCAATGTGCACTTTTAAGATTTCTTTCCCTGGACCAAAAAAAAAAGCAAGCAACCATTTCCTTAGGGATCCTTATGGTTTCTTATAAATGGGCATATCATTTAGAAGCTTTGAGTGTTTTATAGTATTTTATTCTCTGGATAATACTGTATTTTGATGTGAGTATGGGGAGCATTTGTAATGTTTTTATGCTGTTCTATAAGTTTTTTATATTTAGTGGGAGGGGCAAGCAGTGTAGCTGTGTGGATGTCACAGGACAGCTGGGAGTTGTCAGCTTGGGGGCTAGAGAGATGACTTAGTGGTTTAGAGTATTTATTACTCTTGTAGAGGACCCAAATAGGGTTCCCAGCTCCAAAGAATTCAGCCCATCTGGTCTCCCCAGGCACTTGCACCAGCATTGACATACACATATGTCCTCCTAACACAGAGAGTGGCATTTTATCATGTGTGCCCTAGGAAGTGATCCGTCAGGGCAATGTGCATACCTACCGCTTCAAACACCATTCCTTTGTGTTCAAATAATCAAATACCTCACAGCTAACTATCTTGAAATATTTTCTGTTATTAACCAGAATCATCCTGCTATATATATTAAACATTAGAAGATATCTTGCCTGCACCTTAAATGCCACACTGTATACTTTAAACACTATTTTATATACTAGAATATTATACAGTAACAGTGTCAATCAAAAATAAAATTGGTGAGCCAGCACGATGGCTCAGTAAAGATGATTGCCACCAGGCTGTAAATTTTAAAAAGTACCTGTTTTTAATAGTGTGTATACATTGGTGTCTGTTAGAGTAAGGGTAGTAATGCCTGCCTTATGATGTCTTCCTAAACTGTATCTGCCACACTGCGTTCCATATGGTGGACTCTCAGATTTAAACAATACTCACCTCTAAGGTGTTTGTGGTCAGCTAAGTTTCATTTTTGCTATTTCTGTGAGGCCTTGGTTTCCAATATTGATTTTTAAAAGATGATTTTATGTCAGAAACATGTTTTTAATTATTAATAATATAAAAGTAACTTTACTGGTTTTGTTTTTTAGTTTATCTTTTTATATTAATTTATTTTCTAATCATGTTGCCCAGGCTGGCCTGAGCTCCAAGTCTCAAATGTTATCCTGTCTCAGTTTTCCAAGTAGCTGAGACTCTGCATGTATCACCATACCTGCCAGCTAAATTGATTTTACTCAGCAGGTTTGAGACCCAGTTCTGGTTCTGGTTCTGTGTGTGCACTTGCACTCAGGTATGCACAGGTATACACTTGTCATATGGAAGTCACAGGACAGCATTTAGAAGTTGGTTGTCTCCTTTCCCCATTGATTCCAGGGATTGAATTCAGTTTATCAGACATGAGCAGCAAATGCAAACCTCTAAGCTATCTTATAAGCCTTTTGTGGCTCTTTATAGTGAAATTTAAACTGATGTTCTGACTATATATTTGAAAGCACCATTTGTGCTTTTTTGTATTGTTTTGAGTTTTTTGTTGTTTTGGTTTGAAAAGTAGAAGATGATATTAATAGGACTGCCTAATAAAATTCATTGAACTATAGAATTTTTCTTAAGACCAATCAAGTATTCTCTTATCTGATCACGTGGTTATCACTGGTATATCTATCTGCCTTTTTCTTTTTTCCGGTGTTTTCTTCTAACACATTTTCTTATCTTAAAATTTCATTAGTGTTTTATAATCTGATAATTTGACAAAAATTTAAAAAGGCTTTTCTAAAAAAGTTGTCTGATTTCTTTTTCTGTGTTAACTTTGTCAGTTTAGAGTGTCTTTGGATTCTGGTTACTCATATATCTTAGCTCCTGTCTTCCAATTCATTCATTCATTCATTTCATTTCATTTCATTTCGTGTAGATGTATTTGAGTCAGTAGGTCAAAAGTCATTCGATTATAATAGATTAAAACACTATCCCTTCATACTCATTTTCTCCCCCTGCCCCGTTCTCCATACTCTCTCTGTACTGAGGTGCTATCTGCTATGCCATCTAGTGCTGAGCAGGAATTCCAGGCCCAGTTCTCTTGAGTTTTGTGCTGTTTTGCTGTCTTGGTCTTCCTTCACTTCTTGCCCACCTCTTATATATGTTTAAGGAGCTAAAGGAGTCTGAATGGTGAATAGGCAGTGCACTGAGTTTTAAGAAACCTGCTCATATATACGCCAAACTTCAAACTTAAAGTCTTCACTAAATATCAGTGTCTATGTATGTCCATTGTTGGTATAATGTGTTTATTCAGTATAGACTACCAACAGTGTAAATTAACAGAATCTATATAGTAAATCAGATAACCGTGCTGCTCTCATGTTTTGGAAGAAAGAACACTGTATTGATTCTTGGTCCATGGTCTTGTAACTTGTCCTTTTTTTTTTTAACTGAATTTTATTATGTTGCCTCCTAAATTTGCTTGCTCATTTCTTGTTTTTACCATTTATACAATCCATAAATTGGTCACTAGGACTTAAAATCTTATTCTCCTTATCTGTTATTGTCTTGGTTTGTCAGGTCGTATTATTTTAGGTTGTAAGCTTAACCTTTAGTGTCTGAGCCTTAACCTTTAACGTCTCCCCAGCCTAAATCTTACTTTATGAAGCGCTTCTGCATTTTTCATACTTTACGTTCTTCTTCAAAAGTCAGGGTTTTGTGAAATGTGCTCAGAGGGTCAATAGGTTCTGGAACCCACACAGTTGTCAAACACATTCCTTCGGTTGAGCAGTAAGCATCTTTTAAGTGAAGGGCAACATCTTATGCTTTTCTTATACATCTTTACAACACCTGACTGTCAAGTAAATATTTAAATGACTTGCTGTAGAAGGTTGGTAAGTCTGGGGGGAGGGAGAGATTTCATGAGATAAGATACATATATAATTGTAAATATGCACATGTAATCTACCTTTTGACATTTTTTGAATTTAAATTTATAATTGACATTTAACTTGTCCTTTTATAATCATATAACATAATCTTTGTTTCGTTTTATTTGTAAG
Seq C2 exon
GTACATCTTATTCAGGTTATGAAGCAGCCGTATATTCAGCTGCGTCTTCCTACTACCAACAGCAGCAGCAACAACAGAAGCAAGCAGCAGCAGCAGCTGCTGCTGCAGCAGCAACAGCTGCCTGGACAGGGACCACCTTTACTAAAAAAACACCATTCCAAAATAAACAACTGAAACCAAAACAGCCTCCCAAACCACCCCAGATTCATTATTGTGATGTTTGTAAGATCAGCTGTGCTGGACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022201:ENSMUST00000122941:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.221 A=NA C2=0.173
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PU(52.0=15.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types