Special

BtaINT0164937 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr1:70345762-70372608:-
Coord C1 exon
chr1:70372260-70372608
Coord A exon
chr1:70345888-70372259
Coord C2 exon
chr1:70345762-70345887
Length
26372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
GCTTTTTTTTTTTTTAACAGATA
3' ss Score
10.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGTTATACTTAAGCATGAACATTGACGACAAACTGGAAGGATTATTTCTTAAATGTGGCGGCATAGACGAAATGCAGTCTTCCAGGGCAATGGTTGTAATGGGTGGAGTGTCTGGCCAGTCTACCGTGTCTGGGGAACTGCAGGAATCGGTGCTTCAAGATCGGAGTATGCCTCACCAGGAGATCCTTGCTGCAGATGAAGTGTTACAAGAAAGTGAAATGAGACAACAGGATATGATATCACATGATGAACTCATGGTCCATGAGGAGACAGTGAAAAATGATGAAGAACAGATGGAAACACATGAAAGACTTCCTCAAGGACTACAGTATGCACTTAATGTCCCT
Seq A exon
GTAAGTAATTCCTTTATAAGATATTAAACTTAGTTAGAAACATAATTAGTTTTCTGTTAAGTGATACAGTCATTGAAGAAATTTCATAAAATGTTTAAAATCTGAATATAAATAGTTCAAATGTGTGTTCTAAAATAAATATACCAAATATTGATAAAAATCATGATAAGGCAAAATTAAGTTTTTGTATTATGTACATTTTAGAAACATATTTTCTGGATAACATTTGTCAGGATTACTGTGTGTTAAATTTTAAGTGCTTAATTTTGAAGGATACTTTGTTTTAACTTTCGGATTTCTCCTTAAAGAATAGAAGGATTGGAAGAAAAAAAAAGTATAAGGATTGAATCTGGAGCATAGCTAGAAAAAAATCATGTACTTGAGAATTTTTCCTTCAAATTTTGTAACTGTTGGCAATTCCTGCCTTCTTTTATTTTTTCATTATCTTTAAAAAGTATTTCACCCTTTCAGTCTTTCCTGTTTAACCTTGATGTCACAGGTCATCACCTAAGATACTCTTTTGTAGATACCTGTTAATTTTTTTTCAATTCAAAGGAGCATTTATTGAGCCCACATTAAGTGGGACATGCTTACGATATTATGAGATGCCCTTCTTCTGTGTATAGTTTCTGCTTATCCCCAAGTGGATACATGCTATGTTTCACAGTCTTTGTAGTTATTCAAGCTTCTGTAATGGAATGGTAGGCTTGTTCAGAGAGTCACAATCTTTTTAGAAAGTTGTACATTTTCTGGGGAAAAAAAAAACAACAACAGTAACAAACAAAAACAGTGAGCTGGACTTGTTGCTTCCCCTGAAGGTTCAGGGCTCATTTGGTGCTTCAGTCACAGGCTCTTTGGAACAACCAGCAATGACCTCTTTATAATCTTCACTCCAAAATTATCTTTGTGAAGTGAATTGTAATCAGCTCTGGCCTCAGTGATTTCTTTCTCAGTACTGAGCGTATTTAATTCCACATCAGTAAGCAACGCAAAAGTCTGTGTGTTCTTTAAGTACAAGTCAGTGATAGTTTCTGTATTTTGGTCACTGATCAAGTCTAGTAGTTCAGTGGTTGACTGACTGTAGGTCAGTAGTGAATTTTGGGAGTAGTGTGGGATGAGTCACAGCCAGGGCAAACCAGGCAGAGGAGCAGGGCCTTCCTGAGCATGGTGCTGATGCAGGCGGGGAGTCTGAGAAGCTGAGTGGTTTTTTTTGCCTTCTTGTGTCTTTATTTTTACCTGATGATCAGCAAAACTACTACTGTCATAAAATCTTCTATTCTTTATGTGATATTAAACCTCATCCTTTCAGTACTTCTGATATACTGTGCTTTTTCTTTTGCTTTAGGACCTTCATGTATCCTACTTGTAATATTCCCCTTAATCATAACCCCTCTCTGTTTTTTAAACTGATTAGTGCTTCATCATCATCAGCCTGCCACTTCTGTCCAGTCTAGGTTTACTCCCTGCAGTAGGGACTTGTTCAGTTTGTCTGTAATAGATAGTAGGCTCTTTGAGAGCATGAATTTTGTCTTATTTTTCATTATGGCCCATGTGTTAGCACATGATGTGAATGAGTGGATAACTACTTACAGTTGTGTTCTAATACATGTGCTCACCAACTTTTACCTAGTCTATTGCAGTAGCCTTTTCCTTTTTCTACCTGTTGATGGTGATGAATTACATTACTTAATTTTTTAATGCTGAATCAGCCTTGCATACCTGGAAGAAATCCCACTTTGTTGTGGTGTATAGTATTTTTATACATTTTTTAAATTCACTTTACTAGTACCTGTTGAGGATTGATAGATTGGTCTAGTTTTCTTTTCTTGCAGTATCTTTGTTTTGATGTTAGAGTAACCCTGGTTTCATAGAATGAGTTAGGAATATTCACTCTGCTTCGGTCTTCTGGGAGAGATTGTAGAGAGTTGGTACAGTTTTTTCCTTGAGTGTTTGATGGAATTCACCAGTGAATCTGTAGGGCCTGGTACTTTGCTTTTTGGAAGGTTAGTAATTCAGTTTCTTTAATAGCTATAGATTCAGATTGTATGTTTCTTCTTATGTGAGTTTTGACAGATTGTATCTTCTGAGGAATTGGTTCAGTTCATCTAGGTTATCAAATTTGTGGGCATAGAGTTGTTCATAGTATTCTTTTATTATCCTTTTAGTGTCCATGAGGTCTGTAATGATGTTCCCACCTTAATTTCTGGTATCAGTAATTTATGTCTTTTTGTCTTAGCCCGACAAGAGGCTCGCTGCCTTTTTTTTTAAGTATGTCAACAGTTGCTTATTTATTTATTTTTGGTTGCACTGGGTCTTCCTTGCTGTGTGCGGGCTTTCTCTAGTTGCAGTGAGTAGAGGCTGCTCTTTGTCTTAACAGTTTTTAAGCATATAGTATTACATCCAGTGTCAGCGTACAGTTAATTGCACTCTCGTTGTACAGTAGATCTCTAGAACTGTTTTGTCTTGCAAAGCTGAATTTCTATACCCACTTAACACCAGTTCTCCATTGTTACCTCCCCCTAGTAAAAGCTTACTAATTTTTAGAGAATTAGCTTTTGATTTTTTTCTGTTGTTTTCCAGTTTTCAATTTCATTGATTTCTCCTCTAATTTTTTTGGTATCTTTTCTTATATTATTTTGGATTTAATTTGCCACCCATGGTTTTTGGGCTTCTCAGGTGGCACTAGTGGTACAGAACCTACCTGCCAATGCAGGAGACACAAGTTCAGTCCCTGTGTTGGAAAGATTCCCTGGCAGAGGGCATGGCCACCCACTCCGGTATTCTTGTCTGGAGAATCCACGGACAGAAGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGTTGCAGAAGAGTTGGACACGATTTTGCTACTAAACACACACACACATACAGCGTTCAGTAATACAAATTTCTCTCTAAGCGCTGCATTCACAGTGTTCCACAACTTTTGATAAGTTGTATTTTTATTTTCATTTGGTTCATTTTATCTTTTTTTTCTGAGATACGTTCTTTGATTCATGTGTTATTTGAAAGTGTGTTACTTAATCTCCCAAGTTTTGGGGATTTTTTCAGCTATTTTTTTGTTACTGATCTATAGTTTTAATTCATTTATGGTCTGAGAATGTATATTGTATGATTGTTTATTCTTTTACATTTATGAAGTTGTGTGTTTTGTGTGCCCTAAATGTTTGCCTTGGCAAATGCATGTGAGATTGAAAAGAATAAAATAGTCTGTTGATGGTAATAGCTTTCTTCTTGGACTGATTGTAACCTGAGCCATACCTGTCTGTTTTTCAGATGATTTCTATAATGATCTTTTCAAAATGAGATTTATACTTATCATTTTCCTCCCAGAAAATTTTCAGAGGTTTCTTTTTGCTAAAAAGCTGAAATGCACTCTTTTGCTTGGGCTAAAAGAGCCTTTGAATCAGGTCTCTTCTCATCTTATCCAGCCCCTGCAAGCCCTACTGCCCACTTCATAGTTTAAGTACATTGAAATTAGATTAGTTGCCCAGGTCCAGTATGATTTTTTCTCTTCTGTACATGTTGGATATACCTGTAATATTCTTTGTTTGGCAGTCTACTGTTTTTCACTTCTCAAAACTTTTCCTTTGTGTAATTTTTCATTATAATAACTATCTTTTCATTTCTTTGCTTGTGAGACCATGAGGTCTCTTTTCTGAAACTTGTATTTTAACTTTATGTTCTCAGTAACTGGGCTGTGGTAGGCAGTCATATATTTTTTGAGTGAAAGAAATCTTTTTTAATTGAGAAAAAGTTTGAAGTGAAATGTAGATCCTAAGTTACAATTCAGAATTTTGACAGCTGCATAAACTTATATGTAACCCATAACGCATCAAGATATAGAATATTTTTATCATCCTGGAAAGCTGGAAAGTTTGTTTTCTTCTTGGTCAGTCCACTCCACAACAATTGTTCTGATTCCCCTCCCCGTACCCCACCCTCCCCATCATAGATTAATGTTGTCTCTTGAGAAGTTTGGGCTTCCCTGTTGCCTCAGACGGTAAAGAATCTGCCTGCAGTGTGGGAGACATGGGTTCAGTCCCTGGGCTGAAAAGATTCCCTGGAGAAGGGAATGGATGTCCACTCCAGTATTCTTTCCTGGAGAATCCTGTGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTACCGTACATGGGGTTGCAAAGAGTCAGACACAGTTCTAATGTGAGAACTCTGTATGAATGGAATCATGTGTAACGCTTCTCTCCAGCTTCTTTTGCTCAGCATAGTGTTTCTGTAGTTTTCCATGTTGGTTTAGTGTTATCAGTAAGTAGTTCATTCTTTTCATTATTGATTAACATTCTGTTATACTATCCTAAAATTTTATTTCCCTCTTTATGGTTATTTATTACCTCTAGTTTTCAACCTTTATGAATAAAGTCACTGTGAATGTTGTTAAAAAAGTCTTTTTTAATTTCTTCTGGGTACATTTTTATAGAAGTTAAGCTATTTCTCTTCTGTTTTCATTTTGTTTAATCTAGTTTCTATCTTTGCATCAGTATTACTCTTGATTGGTATATTTTCTATACAAAATCCTGAGATCAGGTAGTGTAGGTCTTCCAGTTTTGTTATTCTTTGGCAGATTACTGTGACTGTTCTAGTTTGTTTGCATTTTCATGTAAAATGCAGGATCAGCCTTTCAGTTTCTGTAAAATGAACTATCTGGGTTTTAGTTGGGATTGCATTGATTGTATATATTGACTTGATAAAAACCAGCAACTAAAAAGTAGAGGCTTCCAGTCCATGAACATGATGTATTGTTACGTTTATTTTGCTTTTCTCTAACTTCTCTTGGCATAGTTTTTATCAGAGTTTCTGGACATATTTATTTGGTTAAGTTTATCCTTAAGTATTCCATGTTTAAGATGTTATTGTAAATGGTGTTTAAAAAAAAAATTTCAGTGTCTAATTGTTCGTGACTAGTACATAGGAATGCAGTTGATTCTTTTTATGTTGACCATGTATCCTGTGA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TAAGCTGATAGAATTATTAGCTAAATAATCATTTATGGGCATGTTTTTATGCCTGAGTTCTCCTTGATTTACAGTTCTGATGCTGCCCACATTTCAGAAGTTTATGCAAACTTCCAGTTCTGTATTCTGTCAGTTTGAAATCCCTAACTTATGTTGCATTTTCCTCATGAACCCTTCTACACAGCTATGTCTTCTGACTTTAAACTATAAGTCTGTAAGATGTTTATAACCTTTAGCACCCCCTTTTTAAGTGTATTTTTTGAAAATATAGCCATTAGCACATTGTACTTTCTGGAGTATTATCAATATATATATTTTTTAATCAAGATTTTTTTTTAAACGTTATAAACAACAGAAATTTATTTCTCACAGTTTTGAAGGCTGGAAGTTCATGATCAGGGTGCAAGCATGGTTGGGTGAGCGTCCCCTTCCAGGTTTCAGACTTCTCGTTGTGTTCTTCTGGTTGAAGGGTCAAGGGTTTTAAATGTATTTCAGAGCCTGTTAAGTTGAAAGTTTCTTAGTTTTAATATACTTGTGTTTTCATTTCAAGGATAGTTTGAAAATGTAGTGGTGAGGAGTGGGAGACTGTGTACCATCAGTTCTGATGAGCATTGATGCTACCATCGCTCCACATATTAGGACATATCTTCACATCTATGAGAGCTGAGCTCTAAAGATGAGATAACGTTTTGACATCTTAATGCTTGTAGTATTTCTTTGCTTATTATGTAGTTAGAATTGTCTTGTACATAGCTGTGGCCTAAAACCATGTGTAATTCTGAAAAGACATATTTGGTGATGGTTTTTTGTAGAGCCTGGGAAAATACTGGTTAAGATATTGCCAAAAACATTGAACTTAAAGATAATTAAATTTTATTGTTAGATTATCATTCCTTTTTTTGATGAAATTACCTTTTAGAATTTTTTGTTGTTTGTGTGATGTTTTACCAATTGACAAATTGACAAATTGAGACCCATCATGAAGTCTGGTCCCCTAGTATTTTACTGATTTTGGAATTTCACCTTTTTTTATGCTTTTAACCTCAGTTTTCTTAAATATGGGAGTGAAATTGTATCCTCACTTCTACTTTATTCTCCTAGATCTTATTATTTTCTCCCAGGACAGCTTTAATCTTTTTTTTTCCAGATAAATTTTTATAAAATCCTAGTTTATGCCTTCAATTTATATACTGTTGATTCTTATATGTCAATTACCTATTGAATTCTTCAACATACTATTTACTTGCACACACAAGTAATCTTTCTGGGAACATCTGTATGTAGATTTAGCAAAGAATTAAGCATGCAATGGCTGTTTGTCACAGTGGACTTTTTGTTTATTTCTAAAATTGGCTTTTTTTTTTTTTAACAG
Seq C2 exon
ATAAGTGTAAAGCAGGAAATTACTTTCACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACAAAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAACGGAAACAGCGTTCTCCTGCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000040031:ENSBTAT00000000628:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.604 A=NA C2=0.595
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development