BtaINT0164937 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000040031 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr1:70345762-70372608:-
Coord C1 exon
chr1:70372260-70372608
Coord A exon
chr1:70345888-70372259
Coord C2 exon
chr1:70345762-70345887
Length
26372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
GCTTTTTTTTTTTTTAACAGATA
3' ss Score
10.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAAGTGTAAAGCAGGAAATTACTTTCACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACAAAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAACGGAAACAGCGTTCTCCTGCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000040031:ENSBTAT00000000628:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.604 A=NA C2=0.595
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development