RnoINT0167793 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001789 | Zfp148
Description
zinc finger protein 148 [Source:RGD Symbol;Acc:62063]
Coordinates
chr11:70550852-70570814:-
Coord C1 exon
chr11:70570466-70570814
Coord A exon
chr11:70550978-70570465
Coord C2 exon
chr11:70550852-70550977
Length
19488 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
GCTTTGTTCTTTTTAAACAGATA
3' ss Score
9.5
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAAGTGTAAAGCAGGAGATTACTTTTACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACAAAAAACAAGTGAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAGCGGAAACAACGCTCTCCTGCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001789:ENSRNOT00000002435:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.550 A=NA C2=0.595
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]