HsaINT0186259 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163848 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:12933]
Coordinates
chr3:125006947-125032500:-
Coord C1 exon
chr3:125032152-125032500
Coord A exon
chr3:125007073-125032151
Coord C2 exon
chr3:125006947-125007072
Length
25079 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
GCTTTTCTTTTTTTAAACAGATA
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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AGGATTAAACATAAAATGGCCTTTTGTCACAATGAACTTTTTATTTATGTCTAAAATTGGCTTTTCTTTTTTTAAACAG
Seq C2 exon
ATAAGCGTAAAGCAGGAAATTACTTTTACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACAAAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAGCGGAAACAACGTTCTCCCGCAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163848-ZNF148:NM_021964:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.658 A=NA C2=0.595
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)