BtaINT0165183 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001486 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr10:53765781-53776714:+
Coord C1 exon
chr10:53765781-53765890
Coord A exon
chr10:53765891-53776490
Coord C2 exon
chr10:53776491-53776714
Length
10600 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TCTGCTTTTTTCTCTTGCAGTAC
3' ss Score
11.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCAAATACTTCATCAAATCAGTCTAAAAATGGAACACCTTTTCCAAGAGCCTGTCCAAAGTGCAATATTCATTTCAATCTTTTGGATCCTTTGAAAAATCACATGAAG
Seq A exon
GTAAAATTTTTCAGAATTTAATTTTAAAAAGGTTTGTAAATCCTTAAAAATACTGATTGATTTGTAGTAAATAATGATTTGTTCAGCTCTTAAGATAAATATTCTTGTAATATTTTCATATAAGGTAGAAGTTCATATTCATAATCATTGTTTTCATGTAAGATGAAGATCCCCTGGAGGAAGGCATGGCGACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGAAGAATTCCTATGAACAGAGGTGCCTGGTGGGCTACAGACCATCAGGTTGCAAAGTGTTGGATGTGACCGAGTGACTAAGCACAGCACAGGAAAAGATTTAAAAATTTCTTCTGAGTCATCAAATTTTAAAAACCAAGTTCATATATATTATGCCTACTTATCATATTCTAATTTTAAATGAAAATAATGCATTATTCAAAATATCTTATTTACTACCTTACGCATAGTTGAAACTTCTTAAAAATAGGCATTTTATAATGTGTTTAATGTTTCATATAATGGCTTCCCAGGTGGCTCAGTGGTAGAGAATCCACCAGAAGACTTAGGAAATGTGGGTTTGATCCCTGGATTGGGAAGATTCCCTGGAGAAGGAATGGCAACCCATTCCAGTATTCTTCCTGGAAAATCCTGTGGGCAAAGCAGCCTGGCGGGCTATAGTCGATGGTGTCGCGAAGAGTCTGACACTACTGAGCACTCATGCATGCAGTATTTCATATAAGTTAACAGTTCCTTTAGTTATCTTTTTTGTTCATGCTAATATGTGCATGTCACATTACACAATGAATATCTTAGTTTTACATTAATTTCAACACCCAGACATAAACTCCAAATGGTAGAGCATTTCATATGAAGTCATTGTTTTAACTCAGTCCAGAATATAGTTTGTGTAATGATTATAAATTAATTTGAGATTCTTATTGATACAAGAAGCTTCTGAAATTGGAGTTTAAGAAATTTTCAAAGTACAAATGAAATAGGTTTAGGTAACACTTCACTTAAAATATTTTAGTAGGTATTATAGTACCCTGCTATGTCTGTGTAAAGATAGGCTGTATTCCTCTTCTGTGCTGGGTATAAATGGAAGGAAGGGGTAAAGAGAAGAGACAAGACAAAAGGCAGTGTAGATCATGTGGAGAAAAGGAAGAAGGATGCAATGGTACAGAAATATCTCAGGAAAGATTCTTGCTGTTTTAGTGATTGACAGATCTCTTAAGATGGAGTATTTTATGAAAAACAGAAGTAGAAAAAAATAAAGGAACTTCTTTAGAAATTCAAACATTGTCTCTTCATTTACATACAAAACTGTATTTGGTCTGTCACTACTTTTAGCTTGCAGTATGTACTGTATGATAATTGCACTTTGTGCTTTGTTTTTATATGAGAATTAACCTGTAGAAATGCTTTCAATTTTACTATTTATGTAATATCTTGAGATATCTGGGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCATTTTGGACATAGGGGAAAAAAGAAAAGTGTAAATTCTTTAGTTATCTTTAATTATTTGAGTAGGTAATATATGATTCAAAATTTAAAAGTTCAAAAGTACAGGGCAGACAAGTAAAAACTCTTATCCTTGTCTCTTATTTACCTGGTTTTCAGTGTGACTCTCAAAGAAAATAATAGTTATTATTTTGTTTTTAAATCTTCCCTAGTCTTCTTTCTGCATAAACAAGTGAACACAAATGTTCTTATTTCATTTCTGTTTCTTATACAAGCTGTAGCATATTATATATATTGTACCTGGTGAGACTGGCAATTATTTTCCAAAATGTAGCTTTACTTCCAAAACATATTATACCCTTGTTTGTGATTACTCATATTAGAAGTAATCACAACTTCATATAATATTCTATAATAAAACACTATACAATATTTTTTAAAAAGGATGTAATCTCTTGAATGGGAAGATATCTCTAAGACATATTATTGAACTGAGTTGAATGTAATATGAATAATTTATGATATATTTATGTCATAAAAAATCTTACAGACTAATCACTAAATCTTGCTCAGGGAAGTATAAAATTACAAAGACTTTTTATGTTCTAGATTGTGTATTTTATACACAAACAATAATTTGTAATAGTAGTTTCCATTTTGAAAAAATAAGTTTTTTAGATTATTTGTAGATGATTTTATTTTGCTTTTTTAATAGATAAATAGATGACTATGCCTCAGAAATATTGTTTTCTTTCAATGAAAAATACCTAAAACATAATTCAAATATGCTATAATAATAAGAACCATATACTTATTTGAGACCATGGAGAGACTACTAAGCTTTAAAAACATCATTTAATCTTTAGAAAATTATTTTTCTTTTTTTTTAGAAACTAAACATATACTCTATCTTCTTTGGCTGCTCTTTGTTGCTGTGCATGGGCTTTCTCTAGTTGTGGAGAGTGGGGGTTACTCTCTAGTTGCAATGTGCAGACTTTTCATTGCAGTGGCTTCTTGTTGCAGAGCACAGGCTCCAGGTGTGCAGGCTTCAGTAGTTGGAGCACACAGGCTCAGTCGTTGTGGCTCGTGGGTCCTAGAGTGCAGGCTCAGTGGTTATTGTTTATGGGCTTAAGTTGCTGCATGCCGTGTGGAATCTTTCTGGACCAGGGATTGAACCCATGTCCCCTACAATATCAGGTGGATTCTTATCCACTGCAACACCAGGAAACTAGAAAATTCTTTGAGATAGACATTTTTATCATTGTTTTAGACCTAGTTAGTTGGTGTAACTGATGTTCAAAACTTTAAGGGTAAGCTCAAGTTCTCAAATACTTTTTACCACCTTTTGACAAATGTATGGGCTATTTAACTTGAAGACAGATATATTAGTTCTTTTTTAGGGTATGGAATTAGATATTTATCAACCAGATCTAGATTACTAATCACATTATTTAGATTTCTGTGTCTTCACTTAGTTTTTGTCTACTTGCTCTGTCATGGGTTGAGAAATAACATCTCAATCCACATCTTTCAGTACCAATATTTTCTTTGGTATATTGCAATTCTTTTTTAAGATTGTTGATACTGTTTGTGATACAGATGAATCTCTTTTATAACTATACTGTGAACGTATCCTTTAGGATTTTTATAAAGTGTCCTTTTTTGTCTTAAAGTTTGACGCGTTTTAGACTCACAACCTTTGTTTTCTTCTGGTTTCTATTTACCTAATGTATTCTTTGTTTATCCTTTTATTGGTATTTTCAACCCTTCTGAGTTGCTTTGTTTTAAGCACGCCTCTTGCTTTAAGTAGAGAGTTGTAATCCTTAGTAATCCTACATGAAAATCTTTTGTTTCAGTAGTTGATTTAAATTTCCTTATTTTCATCGATGTGATAGGTTTCTTTGATCTTAGTTCTGTCACAATTTTTTTTAACTAAGTTGAGTTATCTTTCTTTCTTTCACTCTGTGGTTGCTTTATATGTATGTAGTTTGGATTTTTAGAGAAGTTGTATGTTTGTTTTCATGTTTATCCTCATCCTTCAAGTTTGAATGTTATATGATTCCAGTAGTCTTCTATTCTTATGGCCATTCTCTCCCGTTAAAATGGATTAAAGTAGCTTTAAATTTCCTATTCTTAACCCCATTCATACTTTTTCCTCTGCTACCAGTATTAGTCAATATTAGCATTCTGAATGTAGTATTTCTTTGTACTATTAAAAATGCTCATACCTATACGTCTTTATTTGGTAATTCTAAATTATATTCCTTGATGTGCTGCTACCATGTGGAAGCAATCTGTGAACTTTCTTGATCTCATATTTATTGTCCTTTTACTTCCTTTCAGTTTTTATTTGTTGGTTATATCATTTTTCCATTGTTAAGGACATATACCATTTTCAGTATTCTTAACCTTATTTTTGTATTTGTTTTAATCCTTTTCCACAGTAAATAGATTCAGTGTTCATCACCAGTCTTTTTGTCATGGTTCCTTTAGGGATCACTTGTTTGATTAAAGTTCATTTAGTAATTTCTTCAAAAAGAGCCTGGAACAGTATTCTTTGAGTTCTTTCATGTTCAAGACATTTGACTATAGTCCTCTAAAACTTTAAATCTTAGCCTGGTTCTCATTTCTGAATTTTGCATTCTGTCTTTTGTATATTTTCTATACTTTGCTTTCCTCTCAGTTGCTAAATCCCCCAACCTTCTTCAGTGCACCTTTTTCATTTTTGGTTATTGGTGGTTTGTCATTCAGCTTTTTTTAATAGGAGTATGAAACATTGTTTAAAAGATACTTTGAATGAGATTTATATGTTTATTTTAAAAATCTGGTCCTACCTTAGTTTTCTGTAGAAAAAAAAGAAAATGGAAGAACAGCAAGCAGTTGATGATCAATTATGGATTTATGAGTATTTAGGATAATAAACTTTTATAGATGTACTAAATTAGACATTTCTGAAGAATATGAATCTTGCAGCATATTTTACCATAGATTACGTAGATTCTTTTGTAGATTTCAGAATAGCCTCAATTCTCAAATATGACTCAGAATAACTCTTCAATCTGAAAGCCAAATTTCTGAGTATAAAGATTATCCACAATTGTAATTAGAGACACTATTCTTTTATGTAATTTTCTGCATTATAATTTTCCTGATGTTTGAGATCCATCCCCATAGTAAAACCACAGATAAGCTGAGAAGTTTTGTCTGTCAAAATGATGTTACAGATGTACATCATTTGTAGTAAGACACATATTTTAAATCATTTTTCTAATAGTGCTGGTGAGTTTACTCTGATTGATCTTTTTCTCCATTTTTCCTTAAAGTCAAACCCAATGTTTTTAGACAGAACTTAGCTTTCTAAAGTTCTTTTAACAGTTCAAGTTTCCTCAGTTTGAACTCTTAAATATTATGTGTGTCTTAGGAAGAATCGATAAATATAGGTAGCAAAACCTTTGTCATTTCCCTCTTTTTATTGTGGTTTCATTTCAACTGTGTCTTTCAGAGTATAGACCACAGAGGATCATATTGTATTAGAGAACTAATG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Seq C2 exon
TACTGTTGTCCAGACATGATAAATAACGTCTTGGGGCTGGCTAAAACAGAAATTTCAAGTACAGCAAATAAAAATAAAACTATTGATTCAGAAAAAGGAAAACTGATTATGTTAGTTAATGACTTTTATTATGGGAAACATGAAGGAGATGTCCAGGAAGAACAGAAGACTTACACAACCTTTAAATGTTTCAGTTGCTTGAAAATTCTTAAAAATAATATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001486:ENSBTAT00000001949:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.351 A=NA C2=0.067
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=PD(3.2=16.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development