HsaINT0186748 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:25953]
Coordinates
chr15:56974452-56981348:-
Coord C1 exon
chr15:56981239-56981348
Coord A exon
chr15:56974676-56981238
Coord C2 exon
chr15:56974452-56974675
Length
6563 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTCTCTTTCAGTAT
3' ss Score
12.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACAAATACCTCATCAAATCAGTCTAAAAATGGAACACCTTTTCCAAGAGCTTGTCCAAAGTGCAACATTCATTTCAATCTTTTGGATCCTTTGAAAAATCACATGAAG
Seq A exon
GTAAAACTCTTTCAAAATTTAATTTGTAAAAAGTTTGCACATTTCTAAAAATACTGATGATTACAGTAATTAATGGTTTGTCCAGAAATAATCTCATTGGTATTTCCATTTAATTTAAATAAAAATTTACATTCATAATGATTATATAGATTCTCAAATTCCTTCTAAATCCTCAAATTTTAAAACTTAAATTTGTATATATTATAATGTATGCTTATTGTATTTTAATTTTAAATAAAAATAATGTATTAATCCGATTATTTTATTTATTAGGTCATACTCTTCAAATGTCTTATAAAACAGGCATTTTATTACGTATTTACTTTTGCATATAAGTTAAAAATTCCGTTACCTTATTTTTGTGTCCATGTTAACATGTACATGTCACATTACACAATGAAAATCTGAGTTTTACATTTTAGTTTTTAACACTCAGGTATAAACTCCAAATGTTGAAGCATTTCATATGAAATAATTGTTTTAACTCAGTCCAGAATATAGTTCATATAATTGTGTAAATTAATTTGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCATGCTGGAGTGCAGTGGCAGATCTCTGGGGACTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCAACCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGAATTTGAGCTTTTTATTGGTACAAGAAGCCCCTGAATTTAGGTTTTAAGAAATGTTCAAAGTACTAGTGAAGTATGAGATTTAGGTAACATTTAAAGTATTTTAGTAGATATTATAGTATCCTGCTGTGTTTGTGTAGAGATGGTCTGTACTCCCCTTGCATGCCCAGTATAAATGACAGGAAGGGAGAAAAGAGATCAGAAAAAAGGCAGTGTAGATTATATAAGGAAAAGAAGGAAGGAGAGGGGTGCAATGGCAAAGAAGTAACTTAGGAAAAGTTTTTGCTGTTTCAGAGATTGACATATTTTTATTGAAATTCAGCATTTTACAAAAAAGGTAGAAAAAATAAGGGAACTTAAAAAAGTTATAAATACAGTCTTCTTATATACGTACAGAGCCATATTTGGTCTGTCCTTACTCTCAGAGTATAGCCCTGGATAACTGCACGTTGTGTTTTGGTCTTATAGGAGAATTATCCTGTAGAAGTACTTTCAATTTTCCTCTTCTGTGTAATGTTTTGATGAGATTTCTGATGTTTTTTGTGTTTTGCATTATAGATGAAGAAAACAAAGACTACATTCTTTATCTGTTTAATTTTTTAAGTAGGTAGCAATACAGTCACATGATTCAAAATTAAAAAGCCTGCAAAGATATACATGTGAAGAATCTTATCTCTGTGTCTTTTTTTACCTGGTTCCTAGTATGACTCAAAGAAAATAATTTTTTATTAGTTTGTTTTGAATGCTCCCTGGGTTTCTTTCTGGATGTACAAGTAAACATGAGTGTTCTTATTTTCTATTTTGTACAGAAATTGTGGCATGTTATATATATCTCTGCATCTGGAGAGAATGGCAACATTCTCCAAAATGTGGCTTTTATGTGTTACTTCATGGTTTGTAATTACTTACAGTAGAAACAACCAGAACTTCATAGAATTTTCATATTAATATAATAGAACATTATGACATTTTAAATAAGGAAAGTATCTCTGTCATTGTAAGAAATTGTATTTCTTACAACTGAACTAAGTTGAAGATAATATGAACAGTGTATGTGTTTATATCATAAGGAAATCTTGAAAGAATAGTCTCCAAATCTAGGAAGGGAAAGTTTAAATCTGTGGGGACTTTTTATTTTCTAGTTTATATATTTTTATGTATCAGCTAAAGTTTTAGTGTTATAATAACTTTCATTTTGAAAAGAATGTGATTTTTACATTATTTGTGAATGATTTTTTTGCCAACTAGCATATAATGTTTTCTTTCAATGGAAAAATATTTAAAATATCAAATATTCTACAATAATTAGAAAAATATACTTATCTGAGACTATGTGTCAGACACAGTACTAAGCTTTAAATACATTATTTCATTAATCCTTAGAAAATTCTTTAAGATTATTTTTTCTCATTGTTGTATAACCAATTAACTGGCGTAACTAGCTTTCAAAACTCAGTTTCTTTAATGGTAAAGCCCAAGTTTTCACAAATCCTTTTTGTTTTGTAAAGTATAGGGGGTATTCAATATTATGTGGAAGATTGAAAATAGGTATATTACTTCTCCTTTGGGGTATGGAATTCGATATTTATCAACCAAATATAGCTTATTAATTATATTTATATTTCTGTGTCTTCACTTCCATTTAGTCCACTTGATCTGTCCTGGATTGGGAAACACCACATTTCAGTCCACAGCTTTCATTACCAGTATTTTCTTTCATATATTGCAATTTTGTTTCAAAGTTGTTGCTGTTGTTTATGATATAGAAGAATCTAGCTTTTATAACTATATTATGAGGCCGGGAGTCATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCCAGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAGAACTTAGCCAGGCATGGTGACACACGCCTGTAGTCCCACTGCTTGGGAGGCTGAGGCGAGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATGGCACCACTGCCCTCCAGCCTGGGTAACAGAGTGAGACTGTCTCAAAAATAAAATAAATAACTGTATTGTGAATGTATCCTTTAGCATTTTAATAAAATATCCTTTTCTTGGTTTTAATGGTTAGTGCCTTTTAGCCCAAATTCTACTTTGATGTTAGACTCACAACCCCTGTTATGGTTTCCATTTACCTGGTGTATTCTTTGTTTAGTCTTTTATTTTCAACTCTTCTGAATTACTTTGTTTTAGGTGTGCCTTTTGCTTTTAGCAAAGTTGATTTTTCTTTTGTGATCCTATATGAAAATCTCTTCTTTTAATAGTGGGTTTAGATTTACCAATATGATAGATTTATTTGGTCTTAGTTCTGTTAAAATTTTTCTTTCTCTCTTTTTTAAAAGCCTTTCACAATGTGGTTGCTTTATGTGTGTGTAGCTTAGGTTTCTAAGAGAGTTGTAGTTTTGTTCTCCTGATTATGTTTCTAATTTTAATGTATAACTCCACTAGTCTTCTATTCCTTTAGCAATTCTCTACTGTTCTTTTCTATGAGGAAGGATTAAAGTAGCATGAAACTTCCTGTTTTTAACCCACCCATCTTTCCCTTCTTTTTTGCTACTTGATTTTAGTCAATATTGTCTGAGCATTTGTTTACCTTTGCTGTCAAAATGTCTATACCTATATTACTTTATTTGGTGGCTCTAACTGATATTCCTTTATGAACTGTGAGGCAATCTATGAACTCTTCACCTTGTACTCTTTGTCCTTTTATCCTCTCCCAATTTTTATTTGTTCATTGTATTGTTTTTCCATTGTCAGGGCATATGACATTACATTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTACCTTATGTCATATTTGTTTTGATCTTTTTCTACAGTAAATATAATCCACTGTTCATCATCAGTGTTTTTGTCATGGTTTATTTCGTTTTCTGTTTGGCTGAAGTTCATTCTGTAGTAATTTCATTTAGGAGGAGTCTGAAAACATCTTTCTGTGAGGTCGTTCATGTTCAAAGCAATTTGACTGTAGTCCATTCTGTAAAGACAGTTTGATCTAATATAAAGTAAATTGAATCCCACTATCAGGATTTTGTTGGTATAGCTCCCGTTTTCTAGTATTCAGTGTTGCTTTTGAGGAATCTGGGACAAGCTGAATTATTTTGCCTTTTATAAGTGGTTTGATCTTCTTGTTTGGCAGTCTGTAGCTTTTTGGTTGTCTACATTCTTTATGTTTTGAAGACTGATAATTTTATAATGATATAACTTGGTGTTGGGAATTTTGGGTGAGTCCTCTCTGGCATACACCTTGTTCTTTCAACCTGTATATTTGGATTTAGCACAGTTTATTTGAATTGTATTTTAAAATATTTATTCCATACAATTTCATCTCCAATATGAATTTGTTTTATCTTCTTTCCCTGACATATGTCTTTTTTTTTCTAATCCTTAATTTTTTTAAATGGACTTTTCTCCTACTAATATGTTTCCTTTATTTTATTTGCAATGTCTACTCACCACTGTATTCCTTCCTAATTTGTCTTCATGTCTCTGATTTTATTTTTTTCCAATACTTTCACCCTTGCAATGTCTACTCACCACTGTATTCCTTCCTAATTTGTCTTCATGTCTCTGATTTTATTTTTTTCCTATACTTTCACCCTTGATTTTGCCACTCTTTTTTTTCCTTCTAAATATCTTGTTGTCTTGGCATCTTTTCTTGCTTTGTGGTCTTCCAAATAGAGGCAGTTGCTTCATTATGTTTTTAAAATTTGTGGCTACTGTTTTCATCTGCAACTGCTCCACGGCAGCATAATTCTGATGTTTTTGTTAGAATTTTACATTTTTCTGTTATTTGCCTTCTTTTATTACATGGTATTTTTGTTTAGATGTGAGTGCCTATAGTGTTTAACAAGTTGGATTTTCTTGGGCCAGCTGTTTTATACAAGTTCCTTTTAGGAGGAAGCATAGGTTGCCAGGATAGTCTCACAGCTTGCTAGCTGGTTTAAACAGCTTTTTGCTGGGCAGAAGGCTTCCTGCAATTGTGACTTGTGTGTCTGATTCTTTATGTAGCACCGCCTTTCTGCTTCTCTGTACTGAATCAGGTCTGGGGTACTTCTGCTGCCATCCTTCTTGCCTCAGC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Seq C2 exon
TATTGTTGTCCAGACATGATAAATAACTTTTTGGGACTGGCTAAAACAGAATTTTCAAGTACAGTAAATAAAAACACAACTATTGATTCAGAGAAAGGAAAATTGATCATGTTAGTTAATGACTTTTATTATGGAAAACATGAAGGAGATGTCCAGGAGGAACAGAAGACTCACACAACCTTTAAATGCTTCAGTTGCTTGAAAATTCTAAAAAATAACATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871-ZNF280D:NM_001002843:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.351 A=NA C2=0.051
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=PD(3.2=16.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)