RnoINT0167991 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000055631 | Zfp280d
Description
zinc finger protein 280D [Source:RGD Symbol;Acc:1560796]
Coordinates
chr8:78893331-78898065:+
Coord C1 exon
chr8:78893331-78893440
Coord A exon
chr8:78893441-78897841
Coord C2 exon
chr8:78897842-78898065
Length
4401 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAAT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
TTTTTTTCATTCTCTTCTAGTAT
3' ss Score
10.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACAAATTGCTCATCAAATCAATCTAAAAATGGAACAACTTTTCCAAGAGCATGTCCCAAGTGTAATATTCACTTCAATCTTTTGGATCCTCTGAAAAATCACATGACG
Seq A exon
GTAAATCTCTTCCAAAATCTAATTTTGAAAGTTTGAAAATCCGTAAAAATATTAATGACTGATTTATAGTAAATGATTGTTTGACTTAGTAAGTTAGGAATGAAATCTTCTTATATTGGATAAATCCGTAGAGCTTAGGTAAAAATTTATATTCAAAATGATTCTGTATGATAGTAAAATTCCGTAGTTCATATATTTACAGTATGTGTTTATTGTATTCTGATTTTAAACACAATAATATATTGATTAAATCATATTCTGATTTGTAAAACCTCTTTGTGAATTCAATCTTTTATGACTTAAAAATTCTATAGTTTATATATATGTTAATATGTGAATTCCACACTAGATAATGAAAATAAATTATATACATTATCAGTATTCAGACATAAACTTCAAATGTTCATGATTTTCATATGAAATAATTGTTTTGATAAATCCAGAATAGTTTCCATTATCATAAATTAGTATAGAGTTTTTATTGTAGGAAGCTTTCAGTTTAGGTTTGAAGAAAATTTCAAAGTATGTGTGAAATACAAAGTTTAGGTAACACTCCTTCAAATATTAGCTTTTATTGTGCTCTGCTATGCCTTTATAAAATTGTTCTGTAATCTCCTTGTTCCCACTCCCAATGTCAGGAAGGCAGGGAAGATAAAAACAGCAGTTCAGAATCATGGGGCAATTTTTCAGGCACAGAAAGGCAAGTACTACATGATCTAAAAAAATTATCTCAGAAGGTGAAGTAGTTTACTTGAGATTGAGGAGGTTAAGGAAGAAGGGTTTGGAGAGGCTAACCCTCAGCATTATGTTATACATAGGAAGTAAGTTCCTTATGTTCTATAAGAACACAACACTGTAAGATGAATATAATCTAAAGAACACATTGTGTATCAAAAAGAGGAGAGGCTTTGTGAATGTACTAATAAAGGATGAAACTTAAGATAGCGGACGTAGTAATTACTGTTACTTGATCATTACCCAATATAAACATGAGCCACATCATGTTCAACTTCATTTTTATGAAAATGCCAATTCTCCCCTCCCCTCCACCGAAAAGATTTAGGAGCCGGAGAGATAGGTAAGTGGTTAAAGCACTTGCTTCTCTTTCAGAGGACCTGGATCTGGTTCCTACCACTTACATGGATGCTCATAGCTGTGTGTAACTCAGGTTCCAGGGTAGCCTGACACTCTAACTGGCCTCTTGGGCACTATACACATGTGCACATACAGAAATGTAGGGAACACACATAAAATAAAAACAAATCTTTTAATAAAAATGGTTATGTGGCCCAGCAGTTGTTCTGTTGGTTTTGGATCCTATGTAGTTGTGCCCTCTGTAGCTTATTATCTTTATATAAAACCTCAATCTAAACTTAATCCTTGTTTCTCAAGTTGTTCTTCTTGCCTTTTGAATGTGTTAGGATATTTTGATTTCCCTCAGAAGTGGTCCCTTACTCCATTTACTGTTCCGTGTTTTTTTGCCATTTTTTAAATCTGTTTTTAATTAAGGGTCTAAAGCTAAAATATTATTAAAGAGGTATTACGAACAAGGCTTTTGTACTACTTTTAAAACTGATCCTTTTGTGTGTATGAAAATAAAACAGCATTTAGTTGATTATTTGTTATGTATATTATAGTTTATGAGCATGTTTGTGAAGCCTTTAACTCTTATAAATAGTAAAGTAGATATTTCTTGAGGACTTAAACCTACCTCTTCCATAGGTCACTTTATAGCTTCAGGAGAATAATCACAAACCAAGTATAACATGGCATGGTTTCTCCTGATAGCCAGGTCTAACATTTACCTATAAAATCAATAATGACCATTATTAATTGGAAGACTGAATTAAAGAATTTTATAAATTCCAATTTTCCTGAGATTGTTGTGATTTTCCCTTTTGGGGGGGTTTTAAATAAGGTTAGTCCTGTCCTTCGATACACATACTTAATACATATATTTTAAATAATTTCTTTCTTCTAAGTCTCCCTCCCAACACCTATCTTTCTCTGATTTAACCCAGGCCCATTTGCTGCTGGGCAAGTGCTCTACCACTGAATTACAGCCACAGCTCCTGAGTGATTTTCTACAGTGTGGTATAGTAGGTTTATTCCACACAATGCCTCTTTTCCTTAAAATTAAAAATAGCATTATTTCTATTAGTCTTATAAAAGTCTTTAGAAATAGCTTCATTTTGTTTTTCTAATTTTGAGTTCATAGATGTTACATGTAACTCAGAAAAGTCAAGAAATAAGCCTGGGCCTTTTATCCCAGGACTCGGGCTAAAGCGGGCAAATCTCTGAGTTCAAGGGCAGATGGTCTACTTAGCAAATTACAGACCAGCACTGTCTCCAAGAAGGAAAATACAGAAACATGAGTAACAAAGCCTTTTCTTACCTCTGCTTTTTTTTTTTAATATTATTATTATTTTGGTAGTGGTTCCATTCTATCCCAGGGGAAAAGATCATTTTATTAGGATACTAATATACTTACTTTCTTTTTTTTTACCTTTTTCTTTCCTTCAAAACAAGATTTCACTATGTAGCCACAGCTACGGCTGACCTGAAATTCAGTGACCAGGCTGGCCTTAAACTCACAGGAACTAGTGCCTCTGCCTCTGCCTTCTGAGTGTTGAGATTAAAGGTGTAAACTACTGTTCCCAGCAAATACACTTATGGGTACAACTTTAACTTGTAAATATAAGTTAGTTCCTCTCTTGTGAATCACTTTTATTCAGTATTTTTCCTACTTCTAGATATATTTTAAATGTGGTTTTGTTTTGTTTGTTTTGGGGATTTGGTTGGTTGGTTTTTTTTTTTTTTATGTTTTTACATTTGTAGATTTAGAAATTGAAAAGATAATTCTAGCAATCAGTTTCTTTCAAGAGTACTTGAATCTCCAGAACTCACATTTTAAAAGGTCCACGTGATGGTTCGTGCCTATTGGTCCTAGCTAGGTGGATGGTTCTTTAGGAATGACACTGAGTTTCATTCTCTTCTAGTATTGTTGTCCTGACATGATAAATAACCTTTTGGGATTGACTAAAACAGGATATCTGGCCTTCATATAAATGTGCATGTGTATGTGCTTACATCCATATGTGCACAACTGCATTTACATGAACGTGCATATGCATGTGTATCCACACATACACAGTAACACATGCAATATAAAGGATAAAAGCTGACAGTGAAATGAAGTGGGAATAATGTGACCCTGCAGAAGATGCTTGTAGATCAATCTTCTATCACAAGCCTAGCTCCTCACATTATACTGAGTGTTTCATGAATGATAATGATCCAAAGAGTCACATGTGGCAGAAGAGGAAGTGGATGCTGTAATTATAGCATGGAGTAATTGTGTTCTATTTCAAATGCTGATTTAGCACACTTAAGCGTTAATGTTACAAAAGTATTACCTGGGTTTGTTGTTAAAAAACAAATATCTTTCAAGCCTTCCCTTGTAGAAACTGCAGTTCAAGGTGGTCTGACGCAGTCTAGAACGCTTACAGATTTTCTGATAGAGATTTTTCTAGGTTTGCCCTCAAAGAAAAACTCATTAAAAAAATCCTACAACTCAAAATTATGTATAATAAAGTTAGCTATATCTTGATTTTAGAAAGCTCATGTGGAAAATATATTGCAACTAGTTTTGTGACAACTTTACTTTTATTGCTTAGAAGTAAATGTCTTCTTCAAATATTTTTAACGTTCAGGATTCCAAGATATACTAACTGCATTTATCTTCATGTCCCAAACATTTTTTAGTACTATGAGTCTAGAGTGGCAGTTTAGCTGTGTAAAAGTCTAGTTCTAACCAACTTAGGAAGTTTTCATATAACCTGATACATCAAAGCATGTAACACTTTTTTCCTGTATTGTTGACATGGTAATGCAATGAATGATTTTTGGTTAAGAAACAAATGACTATTAAACATGTATCTAAGCAGATAAATTGCATGGGAAAAGTTTAAATAGCCAAATCCTAGTCTTAAGGCTTTTTTCATCTCTTTTTAAATTTTTGTTTTGTTAAGATAATGTTTATGGGCTGGCGAGATGGCTCAGCTGTTAAAGGTGCTTGCCGCCAAACCCGACGACTTGAGTTCAATCCCTGGAACCCACGTGGTGGAAGGAAAGAGCCGACGTCCGCAGGTTGTCCTCTGACCTCCACAAGTGCACTGTGGCATTCACACCCATACATAGCACATACACTAAACAAATAGTCTACTTTTAAAAGAATGTTTACTTTTCTAAACTTTTCAGAATATTTCAGAATAGCTTTCACTATTCTTCCAGATATCTTATAAGAATAGTTATACATGGTTTGGCAGTAGTTGAAAACATAATTGGTTTTGCTGTTATTTTGTAATAAATAAGGTATCTTTTTTTTTCATTCTCTTCTAG
Seq C2 exon
TATTGCTGTCCAGACATGATAAATAACTTTTTGGGATTGACTAAAACTGACAATTTAAATTCAGCAAATGAAGCTAAGACTCTTGATTCAGAAAAAGGAAAATTGATAATGTTAGTTAATGACTTTTACTATGGAAAATATGAAGGAGATGTCCAGGAAGAACAGAAGACTCATACAACCTTTAAGTGCTTCAGTTGCTTGAAAGTCCTCAAAAATAATATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000055631:ENSRNOT00000089335:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.249 A=NA C2=0.101
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=PD(3.2=16.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]