BtaINT0165475 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000038050 | ZNF420
Description
zinc finger protein 420 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20649]
Coordinates
chr18:47700143-47715568:-
Coord C1 exon
chr18:47715442-47715568
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
12592 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
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9.14
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3' ss Score
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Exon sequences
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038050:ENSBTAT00000054598:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development