HsaINT0187188 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197050 | ZNF420
Description
zinc finger protein 420 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20649]
Coordinates
chr19:37090995-37130311:+
Coord C1 exon
chr19:37090995-37091121
Coord A exon
chr19:37091122-37127127
Coord C2 exon
chr19:37127128-37130311
Length
36006 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGG
5' ss Score
9.31
3' ss Seq
TATTCTCTCTTATCTTTCAGACT
3' ss Score
11.11
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Protein Impact
Alternative protein isoforms
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains