Special

HsaINT0187188 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000197050 | ZNF420
Description
zinc finger protein 420 [Source:HGNC Symbol;Acc:20649]
Coordinates
chr19:37581897-37620651:+
Coord C1 exon
chr19:37581897-37582023
Coord A exon
chr19:37582024-37618029
Coord C2 exon
chr19:37618030-37620651
Length
36006 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGG
5' ss Score
9.31
3' ss Seq
TATTCTCTCTTATCTTTCAGACT
3' ss Score
11.11
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATTAGTGATGTTCAGGGATGTTGCCATTGACTTCTCTCAGGAAGAGTGGGAATGCCTGGACTCTGCTCAGAGAGATTTGTATAGAGATGTGATGTTGGAGAACTATAGCAACTTGGTATCACTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
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  C1=0.000 A=NA C2=0.084
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C1:
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A:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains