DreINT0001865 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000082979 | BAZ2B (2 of 2)
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr9:52416577-52419620:+
Coord C1 exon
chr9:52416577-52416720
Coord A exon
chr9:52416721-52419333
Coord C2 exon
chr9:52419334-52419620
Length
2613 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGGGT
5' ss Score
3.07
3' ss Seq
ATCGCCATTTCCTCCTGCAGGTA
3' ss Score
10.76
Exon sequences
Seq C1 exon
AATATTGTTGGCTGAGCTGGAGGGTCATCAGGAAGCAGGGCCGTTTCTGACACCCGTAAACCCTAAATCTGTCCCGGGATACCGCAAGATCATCAAGAAACCCATGGACTTCTCAACTATCAGAGACAAACTCGCCAGCAGCCA
Seq A exon
GTGGGTCTCACTTACTAGAATATATAGACTTGTCAGTTATATTATTGGGGGAAACTTTAACATTGCAGGTCTAGAATCAGAAACAATTAATGCAGTCATAAGTTGGCCTGCTCCCATTATTTACAGACTTTTGTTAATGGGTGTTACTTCATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTTTTTTTTTGCATTTCATTATTTCCTACAATGCAACTTTTACATTTTGTTCCTTATAAAAACGAAATTTTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTATTTATTTATTGTTTAATTTTAATTTATTGTAATTTAGTTTATATTTTATTCATATATTTTTGTAAATCTTTTTCACTTTGCATTGGTTAAAACGTGAGTTCAAAAATTTTTCAGTAGTTAGTTTAACAGATAAATTGCAATAATAATAATATAAATGTACTTTTTCTGAGGTGTTATAATGAAACCATAATTTTAATCAAAAAGTCACTGTAGCCAGAAAATATGAATTTGTTTTATTTGTATTTATTTAGTTTATTATTTATCTACTTTTTTTACTTTATTGTAATTTAATATTTTATTTTTATTCATATATTTTTTGCATTGCATTGCTTTTTGAACTCAAGTTTTAACCAGTCATTTTGGTCAAACAGATTCAAGATATTTTGCAAAAATAATAATAATTATTATTATATTAATTAACCAACATTTTAATCAGTCACTCTAGTTGAAAAATATACATTTAGATTTATTTGTATTTATTAACTTATTTATTTTTTTATTTAATTTGATTTAATTAGTATTAATTAATATTTTATTTTTGTATTTATTTTCATATTTTATTTATTTATTTTTTGCTTTGCATTGATTTTTGAACTCATCGTTTCAAACAGCTATTTTTAGTCAAACAGAGTTAAGATATATTGCAATAATAATAAAAAAACAATACATTTTGTTTCTTAATTAAACCATAATTTTAATCAAACAGTCACTGTAGTTCAAAAATATAAATTTAGTTTTATTTGCAATTATTTATGTATTTACTTATTATTTATTTATTGTTTAATTTTAATTTATTGTAATTTAGTTTATATTTTATTCATATATTTTTGTAAATCTTTTTCACTTTGCATTGGTTAAAACGTGAGTTCAAAAATTTTTCAGTAGTTAGTTTAACAGATAAATTGCAATAATAATAATATAAATGTACTTTTTCTGAGGTGTTATAATGAAACCATAATTTTAATCAAAAAGTCACTGTAGCCAGAAAATATGAATTTGTTTTATTTGTATTTATTTAGTTTATTATTTATCTACTTTTTTTACTTTATTGTAATTTAATATTTTATTTTTATTTATATATGTTTTGCTTTGCATTAATTTTTAACTCAAGTTTTAACCATTCATTTTAGTCAAACAGATTCAAGATATTTTACAATAATAATAATAACAATATACATTTTTAGTTTGTTTTAACAAAACCATAATTTAAATCAAACATTCACTGTTGTTGAAAAATATGAATTTAATTTTATTCGTGTTTTTTATTTTATTTATTACTTGAGTTTTTGTCACAATCTTTTATTATATTTTAATTTATAATTTAATATTACCTTTATATTTATATGTATTATTTTATTTTTATTCATATATTTTTTGCATTGCATTGCTTTTTGAACTCAAGTTTTAACCAGTCATTTTGGTCAGATTCAAGATATTTTGCAAAAATAATAATAATTATTATTATATTAAAAATAACGATAATAATAATGATAATATTAAAATAATAATAATAAAAGTATACATTTTTATGTTTAATTTACCAATATTTTAATAAAATTGTAATCATGAATTTAGTTTTATTTGTGTTATTTATTTATTTATTTATTTATTACTTTAAGATTTTTTTTGTTATTTTATTTTAATTTATATTTTATATTTTATATTTTATATTAATATATGTTTTTACGGTCACTGTAGACAATATTTATGATTTTTAAAAATTTAGTTATGTACTTATCATTTAATTTTTATTTTATATAATTATTTTATTGTATTTAATTAAATTTTATTGTACTGTAATTTATAGTTATTTTCATATTTATATTTTATTCACTTTTATTTTATTTATTTATTTTGCTTTGCTTTACCTTTTGAACTCACATTTTAGCTTCTCATTTTTGCTTAAACGTATTCAAAATATATTGCAGTAATAATAATAATAATAAAGTATATATTTTTTGTTTTTTAATGGAACCATCATTTTAATCACTGTAGTCGTAAAAAAATAATTTTTAATTTATTTCATTTTATTTTCAATAGAAACATCATTTTGACTAGACAAAATTTGGAGTCCAGTAGACTCAAAATACTTCTTACACACACACACACAAAGTGAATATCTCAGAAGTATATAATCAACTTAAATGAACCAACATATCAATGCATTTATGGTGAACCTTACAGTGCAAGTTAACATAACAATGTGCATTACATCACCTTTAATAATCACACATCGCCATTTCCTCCTGCAG
Seq C2 exon
GTACTTGAATCTTGAGACTTTTATTATCGACGTGAACCTGGTGTTTGATAACTGCGAGAAATTCAACGAGGATCATTCAGTCATCGGCCGAGCAGGACACGCGATGCGGAGGTTTTTCCAGAGGAGATGGACTGAGCTGTTGAGGAAAAACTCCACGAAAACCAATGTAAACTCATGAGACGCAATACACACACTCATTTTTACACCTCATTCACACACACCTCGCTCGCTCCAGCACAGCGACAACTGAAGGGAATTATCCTAACACTACCTGTACATATGACTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000082979:ENSDART00000097149:42
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.224 A=NA C2=0.068
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043920=Bromodomain=FE(57.8=100)
A:
NA
C2:
PF0043920=Bromodomain=PD(39.8=55.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]