HsaINT0016847 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000123636 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:159318979-159324954:-
Coord C1 exon
chr2:159324811-159324954
Coord A exon
chr2:159320419-159324810
Coord C2 exon
chr2:159318979-159320418
Length
4392 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
AATTATTTGTTTTCTTTCAGGTA
3' ss Score
11.56
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGATTCTGACTGAAATGGAAACTCATGAGGATGCATGGCCTTTTCTACTTCCTGTAAACTTGAAACTTGTTCCTGGTTATAAGAAAGTTATTAAGAAGCCTATGGATTTTTCCACAATTAGAGAGAAACTAAGTAGTGGACA
Seq A exon
GTAAGTAAATCATTTCAGTTCACTAAATATTTATTGAATACCTGATATATGCTAGGCATATTTTTAGTGAGCCAAAGATATTTTAATTAACAGCAAGATATAGGCCCTGCCTTTGAGGCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGGTTAGAGTAGAATAGTATAGAAGAGAAACCAACTAAAATTATTTAAGAAATTAAAAACCCGTGTAATAAACCTGCTTTTGACATTGAAAGAGCACCACAAACCCAAGCTGAAGGTAAGGAAAAGTATCAGGAGAGCCTCCCAAAGTAAGTAACATATAAGCCGGAATTTGTATTTTGCATCCATGGAGTATCAACCACACGTCATATGGATTTAACAAAAATTGACTCAAATATTGTTAGATTATCACAATGTAGAAATAGAAGATCTTTGGAAGCTTTACATATTAAGAGCTTTAATGTGAGTTATTGGAGAATACCAAAATTCCATTTATTAAATGCGGGAGAGAAAGCTTATTTGCTTTTCTCTACCATATTCTCTTTGCAATCCTATTCCAAGAATAAAGTTACTTACTTTGGGAGGCTTTCCTGATACTCATACAATATATATTTTAATTACATTGTTATTATCCAGTATATTATTTAGTTCTTCCTATACATTCTTTTGGTGAAAATAACTGTTCTCTATGATTTATATTCAATTTAGAAGAGTTAAATAGAACTTATAATGATCAGCATCCCTCACATATATCAACTGATTTACTAGATTGACCAAATGACAAATTTATTTCTTTGGAGGATGAAATAACAGCCGTCCAAAGGTTTATGTCTGTTTTGTTTTATTATTTTTTAATTACAGAAGGGACCTGCCTAAGTTAAGGAAGCGTTTAAATGATTGATTGGTACTGATTGGTTCCAATATGCAAACACTGTTACCTAGATATGGACTAGTTCTTTTGTTTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTGAGAGAGTTTCACTTTTGTTGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGCATCTCGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCACGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTATAAACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTCCACCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACCTCACCCAGCCTCTTTTGTTTGTTCTATCAAAATAGTTGTCTAGGTAGATGGCACAATGAAATTTATAACTAACATGGCCAAGAAAAAGAATTACACATGAAGACTTTACTAGTATTTAAATTAACTCTTGATTTTAACTTCCATGATCTTCCAATTCCTGGATAAAAGATTAACGTAAACCTCAAAATTCCTAAAACAAATAGGCTTAGAAATATTTATAACAAAAAAATGCTACAAAATCATATGGGCCAGGCAAGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTGGAGGCAGATGGATCACTTAAAGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAATCTCATCTCTACTAAAAGTACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGGATGAGGCACAAGAATCACTTGAAACTGGAGGTGCAGGTTGCAGTGAGTTACCTCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGATTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGCTACAAAATCAGAGCTCCTTTGAAAAATGAGTCCCAGTGAATGGAGGAAGTCACAGGGGAAGAGAAAGAGAGAAGGAAACAGTCTGTGTATTCCTGTTTGTGATGCCAGGTGTGTGGGAAGCAAAATTTCAGTGGATTCAAGCTCCTCGAACTCTCCACTTTGAGTTGTTTGATTAAACCCAAATTAATGAGTTGGAACCAAAACTCACAAACCATATTTCAAATTTTTAAACTAGAAATTTTTAGAATAGAGGGAGGGGCCTACTTACATGAATTTTTCTGAGTTCCATTAGCTGCCCCATCCCATAAAGGAAGGACACACATATGAGTTGTATACTTTTTTCACCTAGAATCTCACCTAGAATTCTCTCCTGGACTCCACTCTCCCTAATGTTAATCATTAACCTTTTCTTAGGGTAAGGAACAAAGGCAGAAGTAGTTCTCAAATCAACTTTAAAATATTTTGTAAAAATCATTCCCACACAGATTGTATGATTCCATTTAGATGAAGTATCTGGAATAGATAAATCCATAGAGACAGATAGAAGATTGGTGGTTGCCAGGTACTGGGAAGAGGGAGGAATGGGGAATAACTGTTTAATGAGTATGATGTTTCCTTTCAGGGTGATGACAGTGTTTTAGAAGTGACGATAATACAGTGTTGTGACTTAAATGCCACTGAACTGTCCACCTTAATATGGTTAATTTTATGTGAATTTCTTAACCTCAGTAAAAATAAGCAAGTAATTCCTAGGAAAATGGATGAGGTTACATAAGGGCTGACTTAACTCTGTGAGCACATTACGCATAGAGAAATATTTCTTTCATTATCGCACAGAAGAAGCGAGTGAAAGGTCATACAAGATATTTCACCAAAGAAATAGAATTCCACTTTGACAAGATCTCACAGCGTCAGTGCCTCATAGGGTATTTCTCTTTTTTTAATTTTTATTTTAATTTTTGCAGGTACACAGTAGGTGTATATATTTATGGACTACATGAGATACAGGCATGCAATGCATAATAATCACATCATGGAAAATTGGGTATTCATCACCTCAAGCATTTATCCTTTGTGTTACAGATAATCCACTTCTACTCTTTTACTTATTTTAAAGTGTACAATTAAACTATGATTGACTATAGTCTCCTTGTTGTGCTGTCACATACTAGGTCTTATTCATTCCTTCTATTTTTTTGTACCCATTAACTATCCCCACCTCCCCACTGCAGTTCCCAGCCTCTGGTAACCATCCTTCTACTCTGTTTCCATGAGCTCAATTGTTTTGATTTTTAGATCCCACAAATAAGTGAGAACACGTGATGTTTGTGTTTCTGTGCCTGGCTTATTTCACTTAATATAATGACCTCCAGTTTGATCCACGTTGTTTCAAATGACAAAATCTCATTCTTTTTTTATGGCTGAATGGTGCGCCATTGTGTTTAAGTACCATGTTTTCTTTATCCATTCGTCTGTTGATGGACACTTAGATTGCTTCCAAACCTTGGCTATTGTGAACAGTGCTGCACCAAACATAGGAGTGCAAATATCTCTTTCATAAACTGATGTCCTTTCTTTTGGGTATATACTCAGCTGTGGGATTGCTGGATCACATGGTAGCTCTGTTTTTAGTTTTTTTGAGGAACCTACAAACTGTTCTCCATAGTGGTTGTACTAATTTACACTCATGAGATATTTTTAATGGTTACATTATTTTAGTATACAGATTGTCATAGGTTAGAATTAACTTAAAATTTGCATTTCTAAAAGCTATCTTTTAAAATGTATTGAACTGGCTTGAGTTGGTTTGAAATGACCATTCCCTTCTTACTAATAAGCTTATGCAGATTCATTCACCTTTCTTTTCTCTTTTCTGTTTTTCTACAGAGAAAGAGAATTGGGCTTATCCCGCCAGAAAAGCACAGAAGCCACAGTGCTTCTTGTTGAAAGACAGACCCTCATAATGTTACCTCTAGTAGAAAGATAGCATATGCTTGTTTTGCTTGTTTGGGTTCATCATACTCTATTGCTTGGGCAGAAGAGCACATATGAAGAGAAGAGAAATGGGAAATGGGGAAGACAACGCAGAGCACCATATCTTGGGGTGTATATAGAAGCTACAGGACAAGTGTAATTTTTATCATTGCATGGGGAGCATTGACATAATTTCTACTGCAGCTGAGCATTTTTTAATATGGATAATAGGATTCTGCAAGTGATACATTTGGTCAGAGAACTTAATAAACTAGTCAAGTGGGATAGGTCCTGTGACAGAATTGTGTGATACAGGTCAAACAGGAGTTGGGTTATGGGGAAAATGCCAGTTGAAATATGTTTTGATCTTTGGAGAAACCTATTTTTTCATTTAACCTGTTCTTTAAATCCAGTATGTTCCAGAACATACAAAAATGTTTAAATGTTCCATTTGTAAGAGGATATCATGTATTTTATATCAATTTAAATGCAGTTATCCTAATCATTTTTCTTTCATTTTTACCCTTTATTAACTCTTCATTTGTTTACAAAACAAATCCACTCTATGAACGCAATCTCTAATTATTTGTTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
GTATCCAAACCTTGAAACCTTTGCTCTAGATGTCAGGCTTGTTTTTGACAACTGTGAAACATTTAATGAAGATGATTCTGATATAGGCAGAGCTGGCCACAATATGAGGAAGTATTTTGAAAAAAAGTGGACAGATACTTTCAAAGTGAGCTGAAGTTATAATAATCTCTTTATTTTTTTCCTTCTAAACAAGGACAAATGAGACCAGCAATGTGAACTGTATTTACATAAACGTGCAAGGCACATACATAATGACTTTCTTTTTCCTTAAGTATAAAAAAAAAGTATCAGAAGAATGATACCATTTTTAAAGGCTTCATTCCTACAACAACCAAGGCCCTCGGTTATTGGTTTGTGTGATTTATCAGCTAATTTAGGTAGAACAGGGAAGCACACCCAAAGAATTTTCAAAGGAAAGGGTGTTATAGTGCAATAGCAATTAAAATATATCAAATCGCACTGAATACTCAACACCAGAGCTCTAATGTGGGAAATGGTTCTCCTTTCCCTCTCAATAAATATCTATTTTTCATTTTTTTACTTTGTAGTTTATTTTTTAGTGAATGTATTTAATTTTATGAATTATTTATGATTAAACCACATCCAGAATCTTCGTTTTCTGTGAAAAGGAAGAACTAGAAAATTGCTTTAAATCTTGAAAATACAAGGAATGTTTTAAAATATAAAACAAAGCCAAGTTAAACTGTTTACACTGATGTGCTATAAAAGCACCAAAAAGAAACTTTACTGTAGAGTTACAAGTACATTTATATATATATGTTGCTGCATCACTTGTGTAGTTAAATTGTATTTCAAAACAGTGAAAAAATTGACATGTATATACTGTTCATTCTTGTTTATATTAAGTCTTGTTTTAAATATGTATTATGTGTATATATTGTTTGCAGACATTATTGTTCATGCCTTAGAGGATTGTAGCATTTTATTTTCGTCTGAAGGTAATGATAGCTATACAGTCTGTACAGTAATTATCCTCTACCAACACTGTGGCGTCTCCTTAATCTTGGTAGTGCCTGCCTTTGAAACAGGGTGTAGGGGATATTAGTTTTCCATTTTTCTATTTTGTTATATAATTTTAAGCCACCAGGGCCTAAATTAAAGTATAATCATTTGTATCCATGTGGAATAAAATTGTGACAATTTCCTACGCACACAGTATTTTTTCATAGAAACATTTCCCTCCCATTTGCCTTGCCTCAGAAATAAATTTAAAAGACGTTTGTAACCACTGTGTTTTATCTACTGTGTGTTGTGGTGGCCTGTTGGAGGCAAATAGATCAGATTTTTTTTGTACCTACGTAAGAGTACTTGAAGTTTTATTTAAAATAAAATGTTGTGGAAAAGGTAGCATTCTTTTTTTAGGAGTGTTATTTTTCACTATGTGTGGCACGGATACAATAAAAGACTTTTACAAACTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123636:ENST00000392783:36
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.039
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043920=Bromodomain=FE(57.8=100)
A:
NA
C2:
PF0043920=Bromodomain=PD(39.8=63.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development