DreINT0001917 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000042329 | BCR (1 of 2)
Description
breakpoint cluster region [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1014]
Coordinates
chr8:30537846-30551237:+
Coord C1 exon
chr8:30537846-30538031
Coord A exon
chr8:30538032-30551129
Coord C2 exon
chr8:30551130-30551237
Length
13098 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
CGTTTCATCTTCCCACTCAGGCC
3' ss Score
8.62
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCCAGCCAGCTTGGCGTGTACAGAGCTTTTGTGGACAACTATAAGATTGCAGTGGAAACGGCTGAAAAGTGTTGCCAAGCCAATTCTCAGTTTGCTGAGATTTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000042329:ENSDART00000137009:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062115=RhoGEF=FE(32.8=100)
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=FE(18.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]