DreINT0001921 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000042329 | BCR (1 of 2)
Description
breakpoint cluster region [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1014]
Coordinates
chr8:30551604-30561050:+
Coord C1 exon
chr8:30551604-30551744
Coord A exon
chr8:30551745-30560928
Coord C2 exon
chr8:30560929-30561050
Length
9184 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
TCTTATTCTTGTCTTTGAAGAAT
3' ss Score
7.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCTCCTGAAGCACACCCCATCCAGTCATCCAGATTACCCTCTGCTGCAGGACGCCCTCCGCATTTCCCAGAACTTCCTCTCCAGCATTAATGAAGAGATCACACCCCGCCGTCAGTCCATGACAGTGAAGAAAGGAGAG
Seq A exon
GTCAGTGCCAGCCAGATCAAAAACTGTCTAATGTATGTACTCACATTTTTTGAACATTTCCTCATTTTAGAAGTCCATTGAGCCGATCTCTGGATCTGGCGAGAGCACCTTTAGCTTAGCTTAGCATAAATCATTGAATCAGATTGGACCATTAGCATTTCACTTCAAAATGACTACATTTTTCCTATTAAATACATTTTTCCAATATAAAAGGCTTGCAACTTCTGTAATTATATTGACCATGAAAAGATAATATTTTCTAGACTAATATAGCTATGAACGATAGTCTCATTCCAGCGTAATAATCAGGGAACTTTCCTGCACTGCGTGATATAATTGCACCCGCTGCAGCCATGGTATTGCCTAAGTTTTTTTGATAATAGTTATTGTGAAAAGCACTATACAAATGAATTTGAATTGAATTAACCTATGCTGGAATGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAATGTAGTGTAGTATAGTTCCTAGCCATACTGGCCTAGTTTTCAACCTTTTAGGACACATGCCCCCCATTGTTTGTCCAATTTCACTCGTACCTCTCCACCAGCCCTCATAATGCATGTGTAAACATCATTCACACATTACTTGCTGCATTTAAAGTGTGCATAATAATTAAATTGAACCATAACTATATAGCTTGCCTGATTCAGTGTGATGACTGAGCCTGTTTCTGTGAGGACAACATGCTAATCCGTGGTTGGATTCCTGACGTGACTAAATCATCTTCCACTGACAATAAGCGTGAGCCTAGTATACCTGCTTTTGATGTACGGACATGCAAAAATTGCTGCTTCGCAAAGCCAAGTTTGCAGAGCCCTGACAGTGTGGTTGAGTCAAACGTTGAGTACGTTTACATGGACATACTCTGATTTTAATACAGTTAAGACAATACTCTGGCTGCGTCCGAAACCGCCTACTACTCAGTAGGCACTGCATTTAAATTTAAACGTGCTACTCGGCCGTTAGAAAAGTACGTTCTATACAGTATGAATGTGAAAAGTATAAATGGAATTCGGACTTACTATATCCGCCATTTTGTCATGGTCACGTGACCTACCTGCGTCAGTTGCGTTGCTTCAGTCCCATTCATGAATACTCTCACGGGGCATTATGGGATAGCACAGCATGCATGGGATGCACACTTCAGAATCTTGCCGGAAGTAGTAAGTCATCCGGGTACTTCTCGCCTACTGATTTTCGAATTCTATGAATTCGGACATACTACTCGGCTCGCATACTGATTTTAGCGTACTATATAGTATGGAAGTATGCGGTTTCGGACGCAGCCTCTGTTTAAGAGTTTACCATGTAAACAGCGATTTTTGATTACCTCAATCCGACTAAAGTCATCATTAAACTAAACAGAAATGGAATTAAGACATGTGAAGTTTGCATATGTTAGTGACATTATCGATGTCTTGTAAGACTCTTTGCCACGTTTTGCAAAAAGATCCACACACACGGCTGTCAGTAAAGAAGTATTTTCTTTCCATTTAGTGTGCAGTATTAAATTAAATTAAATTAAAACAACTCTTCCACCAGTCCTTACCAAACTCGTGTCCAATACCTCAGTTTGTCACAGGGGCATGAATCAAATGTTCATGAGTGAAAGTGAAACTGCCGAACTGAAGGTAAAGTCGAAAAATTAAAGATGAAACACCCAAAATTACATGAAACTGCATGGAATACAGTCAAATAGCATGAAACGTGGATAGCCTGGTGGCGCAACATTCAAAAAGCCCTTCATGTAAACATCTTATTTATAGTACTGTCTTATTCAGATTAAGGTAAATAACTGGATGTCCATGTAACGTAAACGCACTGCGCACTGGTGGTGGATGAGAAGATTCCCTCCTACAGTATGTGTAAAGCGCTTTGAGTGCCCAGAAAAGTGCTATATAAATGTAAGGAATTATTATAATTATTCATGTTATTATTATTATTATTTGATCTTACTGGAATTGTTCAAATATGGATTTGTTTGCACAAGCTCTGCATTTTATCAAAAACATGTAGGCAGATGAGGTTATTAAAGAGATAATTCAACTAAAACTGAGATGTCATAATTTACTCACCCCTTACTTGTTCCAATCTTGTATGAGTTTTTTTTTTTTTCTGTTGAACACAAAAGAAGACATTTAAGATAAACTTTGTAAACCTGTAACCATTGACTTCTATAGTTCTTGTTTTTTCGTATATGGGAGTTGTTGGTTGCAGGTTTTCAGCTTTCTTCAGATTGTCTTCTTTTGTGTTGAACAGAAGAATGTAACTCATGAAGGTTTGGAACCATTCGAGAATAAGTAAATTATGGGCCAATTTGAATTTTTGGTTAACCATACCAAAAGTAAACAGATTTTTCAGTTGTCAGTTTAATTGTAGTCGAGCTTGTAGTCATTTGTTTGTGGGTTTTTGTAATTATTTAGGTAGTTTTTAACGCTTCAGTTAACATTTCTTTCAACTCGAGTAAAAAAGCCAGCCCAGGCCAGGCCAGAAGGAAAATCCTCTCTCTCAAGCTTCTGCAATTATCAGTAATATTTTCAGAAATATTCATTGGCTCACTCTAGTTACAAAACACATGGGTCCCGTCAACAATATAATCATCTCCCGCCTTCCTGTTCCCCTTCCTCCATTATCAGAGGTCACTTTTGCGAAACGAGAAGTATCTCAACACCCTTCCCCGCTTCAGAATGAACACAAACCCTCTGAACCATGAGTCAGCTGACCTGATCCTACACTTCCTCGCACATTACTGGAAAACCGTGTGGGAAGTGACTCTCTGATTGTAGTCTTGTGAGCATTTTTATTACAGAAAATTCAGAGAATGAGTTCAGAGATAGCGATTGTTTATTATTTGAATGATTACAAAAATGTCTGACAAAATAATCTGATGGGGAACAATACAGCTGACTTAATCATATTTCCAGTAAATATTTGTGCTTTGATGAAAAAAAATATATATTGCTTTGCTGGAAATCGATGATAAACATCATTACACGAATATGTGATAGTATTAATAAAAATACTTTATTTTAGCATTCATCATTACTGGTAATCATCGCCAGGCCCAAGATATATCTGTTTCTCCACTGAGTTGCGATATGCTCTTATGACTATTAATGGTTTCTGAATTTATTTTATCATGGATCACAAAAGGAAAAGTTTCATTTTATAATGTAATGTTGTGAATAATGTTGAAAGCTTTCTGTCTTCAAACAATATATGTCTATACAAATAAAAATTGAGACCAATTGAAAATTCGAGCTAAATTTACAATATGTTGTTATTTATTTTTAGTAAAGCATTTGATTCTATTCTTTTTTGACATATTATACATATATATTCATGTAATATACGTAATCACTGTTTGTATTACTGTCAAATATGTCATTTTAATTTCAGAAGAATAATTGGATCTATGTTTGGTGTAATATGCCTGATTTAAAATCACAACAAATAAAAAATGTAAATAAAATTCATGAAACATTTAAAGAGTAAGACAAATATTACTTTTATACTCAAACCTATATCTAACAAATCCTGTAAAACTGACAATTTTCAAGTCTCTTATTTTTTTCCATAGCCATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAATGACATTATCCGTCTTTTTGTCAGAAAGATGCCTAGAAATTTATAATTAAATTATAAAAATCAAGTGATTCTATTTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTCGGGATCATATAGTTCCATGCATTTATTTGTGTTACGCTCACCGGTCACTTTATTAGGTACACCTTACTAGTTCTGGGTTGGACCCCCTTTTGCCCTCAGAACTACTTTAATCCTTCGTGGCATGGATTCAACAAGGTACTGGAAATATTCCTTAGAGATTTTGCTCCATATTGACATGATAGCATCACGCAGTTGCTGCAGATTTGTCGGCCACATCCCAAAGGGGCTCTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGTGGAGGCCATTTGAGTACTGTGAACCTATGGTCATGTTCAAGAACCCAGTCTAAGATGATTCACGCTTTATGACATGATGAAGCCATCAGAAGATAGGTACACTGTAGTCATGTTGCCTCTCTATCAGCTCGAACCAACTTTAAACATAAGGCGTAAACACACACTCGCTGAGGCCAGGTCACAGGTCAGAAACAGTGTTTTGAAGGCATCTACACACACACACACACACACACACACACAAAGAGAGAGACAGACATTAAGGGCATGAAGAGAGCAGATGTCTTTCACATATGTCACACACCCTTCAATTAGAGACAGTTCATTCGGTCACTCAAGAGTGCAAATGCACATCCAGTTGTAAAGGATGACCTGAGAGGGAAGGTCTTGTAGGAATCATACTGTATATCTTGTATATACATATAAACCCCTACATTTATACACAGCTGGGCAGACAATTTATTTAATATCATACTTCATTAATTACATTAAGAATTGCAAACAGTTTTCTAAAATCTTGTGTTTAAAATTGAAAATGAGGTATTATTTTCTTTAACATTTATTGTAGAGCCCTGCACTGGCCTTAAATCTAAGCCCAAGCCTTGCCCTTGTCCAACAGCTTATCAATTTTTGGCCTGTGGCCGACCCGAAGCCGTTTTTTTTTCCGCCAAACAGCTCATGCTGTTACAGCCATTAAAATAGACCAGATTTGTATTTGATAGAAAGTTGATGCTTTTTCGTCTGGTATTATCAGAATACTTTAGAGAAATGTTTGGAGGTTTTTCTTTGTTTTTTTTTTAAGTAGAAGTTTCTGTTTTTAAATGACATTGATATCCAAGCGGTATGTGTTACACATTGGGTTTACTCAAATTAATGTTGTGCATTGTGCATAGCCAGTTGGCTCATCATTTAAAGTTGTCACAATTTGAAAAGGTGACTAGACGTTTGCGTTTCCTCTAGTGTTTATCATAGTTTTAGGTTCTCCATTGCCAATTTTTGTCTTTATGTTCTCCATTATGCGTGGCTGGAAATCTCTATGCGCAAGACATCACTGGAGCTTCTGGACCGCACGCATTAGATCTCATTAAACTTTTTAAAAAGTTTTTTGTAAAGCAGGCCTGAAGCCCGATATGCATGCTAGCTATATGTGGGGCTCTAATTTGCTGGTTTACATTTCTGGCAACAAATCTGAACAAAAAAGTGGGCTTTTTTTTGGCATGTTAGACTTAAGAGTCAAAAAGGGGGATTTGGGTATCACTCCATATCTTTTAAAATACTGCAAACTGAATTTTTAATAGAATAAAATCAGACAAATCATTTATGACAATATGACTACACGACTATATCCTTTGATAAAATGCTTCAAAATTTAGATATGAATAAAACTCAAAACTAAAAATAAACAAATAGACGGGAAGATTTATGACTACTAGAGAGAGGGAGAATCTTTTTGAGAGAACAGAAATAGAAAATATGTGTAGAAATTAAAATTTACACTGTAAAACCCCAAAAAATAAAGGTAACTGAAACCATTTGAGGAAACTGATTGCTACAAACCATTTAAGTTCATAAACTAATCCTAATGAGTACTTTGAACTGAATCCATAGTAAATGAAGCAATTTGAGAACAGTAAAAGCTGATGAAAGAAGAGAACTCAAACAAGCTGAGTACCTTAAAGTCCAATAAGTTAAGGCAACTCAAACTGTTTGAGGCAACTGATTGCAACAAACCATTTGAGTTAAAAAAAACTATTCTATATGAGTACTGTGAACTTACATCATTTAATAACTTAAGTAGTGTTGTATTTACGTATTTAACTCATTACCTTCAACACTTGAGTTCAAAACTATTTTCAAATGAGTAGAATTAACTTTCAGTCAATTTTAAGTTAACTACACTATTTTCATTTGATAAAGTTAACTGTTGGGTTTTACAGCATACAGACACTTTTGAGTGTTTTTTGTTTTCTTTAACCCAAACTGGGTGAAAACTGACCGGCACGTTTGTGTTGAAGACAAAGTGATCTATTTAATATTGTTTTCAGTCCATCTAGAGTTATATATGGATGTGTTTTTATATTATTCGTACTGTGAATAATCTTTATGTCTTGTCATTGCTGAATAGTCTCAACCCTGCTCACTTTTTTTTATTTTCATCCCATCTAGCCTTGCTTGTCCGAGGTTGAAACCCCCTCAGGCTCCCGTCAATATCATGAAAATAGCTCGTGTGACTCACCCACAATAGCGCAATTTCTTAAGTGTGTCAGGCCTCCTTATGAGTGAATGAGTCGGAGTCTCTCATTGGCTGCTGCTCCTGCTCACCTACTTTAAATGACCTCAAGCCTCAGGGAAAACAGCGACTGCCACCGATTGTGAAGGGCAGCCAAACGATACACGAGCGCCCTCTATTGGTGAACAACTGAAACTAAATGGTTCAAGATTTAAAAAAAAAAATTTATATATATATATATATAACATCGTGGATGATTACAATTTTGGAGTTGTCAGAATATTATTTTCCATTCCTATTTGACTGTGGTTACTAATTTAAGTGTTTTTTTTGTGTGTTTAGTGTAGCTTGTTTGTTTTATTTCAGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTATGGGTTTGAGGAAATGTTAATAGGTGCTGTTTGTTTGTTCAAACACATTTTCAAAACTCTAAACACAATTAGTGTGGCCATACCATTCACACATTCCATGTTGTTTTCACCTGATATGCAGTCAGTGAACACATTTCCACACTGCTTATATCTTCTGAAAAGACAAGCTATACCACCCAACAAAATAACACACAACATCCCTTAATAGCAAAAACAATATTCCTAACCTTATACAGTATAAAAACCTCTGCTTCTGCAATCATATCAATTCAAAAACAATATCAATATCAGAAATATATCTCAGCTGATAATAAACAAACAACTAAATAATTGACACAACGCTGATTTATGTTTTTATGTTATTTATGTTTTTTTATTCAGAATGCTCTTGTGCGTTTCATGGATATTTTGTTCACTGGAAGCAGTACTGTAAAACTTGCTCTGTTCTATCATACCATGCTTTTACTGTACCTCCTGTAGTTAACAGTAAAGGGACAAAATCTTATTTACTCTTTACTGGAATGCTTTTGAATGGAAACTTTACTGTACCTGTGGACATACAGTACAGTTCCCAACCAAGACATTTTGTCAAAATGGTGCATTGCATGTTTTGCATGCAAATACCTGTAAAATTGTAACAGAATTCTCTACAGATGATGTAATGTCAACAATAGCCAGTGTTTTGAAACCTGCTGTACTTTGATTGACTGCATGTACCTGTTGAAGGGAAAACAAGTGTTAATCTTTGACAGAATATTTTCATTTTGAGTCAGATTTTCAGTGTTTTGGTAAAGTTGGTGTGTGCAGAAAAAGATGTGCTCTATTTTGAAATGAAGAGTTATTATATATGGTATTTACAGTTTTTTGTTTTACGATTGCTTACACACTACAATTAAACTTTGCTCACAACCGGCAAAACCTTACACTCAAGGAGCGAAACACAAGGCTAAATCTGCACAACTGTAAGCACATAGTCAGCTTTATACTTTTTGCTAAACATTACACACAGTGATTTGCAAATCACTAAACACACTTGGATGTTTTTGACACAGAAATGTTTCATGATGGAATTACCTTGCAATTTCAAAGCAAAGGCTGAACACAACCATCAGGTGTGCAGGCACACCATTCAGCTGGAACCACAATAAAAACCAATAGGTGTAAACTTCACTAGTCAATAAATATGTTTACAGTAGTATAGCTATAAATATTAGTCTTCAATAAATATGAAAGACAATGTCGCAGGAAGAGAAAGCACGAAAGGGAGGAAGATTGGTAAAAAGGAGGCGGGATGGGTGATGTTGTTTTTTATTTTTTTATTATTATTTTTTATTATTATACGTCTCCAGAAAGCTGAATAAATAAGCTTGACATTGTTGTATGGTTTGTTAGGATTGGGTAATATTTAGCTATCAGTCTATCACTGTTTAGATAATTTAGTATGTTCATGTACTTTATAGCAATACCTCTGAAACAAATCAAACGCAAATTATATCAGTATTAGTCAGTTAGAAAGGAGTGCTTAAGATTGATGCAATTTTGGCAGTGTGTTAATGAAGCAAACAGATTCATATTGAATAAAGTGTGTGTGTTCAGTACAGTTTAAATTTAGCAAAATAACTAATGTGTGCTGCTGTTTGTGTGTGTGGATGTGGAAATTGTGTGAAGTGTTTTGACAAAATGAGCCTTAATTTCAAAGTTGTGCTTGAGCCAATCGTAAAAAACTGTAACGAAATGTATTTTTGAGAAGAAAATTAACCATTTGGCCAATTGTGTTTTGTAGATGTGTGTGTGTTAGGAGTTTAGAAAAAACATCTGAAGTATGGGTAAGCGCTTGTCAGCGATTGAAAAAAAAAACTGTAATCATTTTATGTTCAGTCCACTTATATTTGTAAACAATACGTTAAATAATTCCTTTATGTTGTTCCAAATACAAATCGATTGTGTGGAACCGAGCACTTTTTACAGTGCTGTCAGAAAAGGGTCCATTAGTTTCGGTGTTATTCTTAATACTTTGTCATAAGGGAGTTGTCATGATGGCGCCCACAACGATGGTTGCCTCCGTGTCATGCTCTGCAGTCTTTTTTGAGTTTTTGTTAGTTTGTCTTGTCTTGAGTCACAGGGTTTCACTAGAGACAAATTGCTGGACATTTGGACGCATACACCACCTAATCTACCCGCTATACACTTTTTATACACATATACACACTTATTTAACATACTTTACGTGCCAATTTGCACATAACAGTTGCACAAATAACGTTGTATATAGTAATATATCTGCACATACACTTGTAAGTTTGTATATTTGCATTCACTACTTACTTATATTTTTAAATATATTTATTATCTGTTTTTTTGTCCTGTCTCTGTAATTCTGTTGCACTTTAGGAGCTCTGTCATGTAAACAAATTCCTTGTATGTGTGAACATACCTAACAATAATGCTCTTTCTTTCTTTCTTATTCTTGTCTTTGAAG
Seq C2 exon
AATCGACAGCTTCTTCGAGACCAGTTTATGGTGGAGTTAGTAGAAGGTGCACGAAAACTGCGACACGTCTTCCTCTTTACCGACATTCTGCTCTGCGCTAAATTGAAGAAACAAACTGGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000042329:ENSDART00000137009:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.213 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062115=RhoGEF=PD(16.7=66.0),PF0016924=PH=PU(1.8=6.4)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(24.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]