DreINT0005753 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000055338 | CAPN1 (2 of 2)
Description
calpain 1, (mu/I) large subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1476]
Coordinates
chr21:27457919-27460752:-
Coord C1 exon
chr21:27460584-27460752
Coord A exon
chr21:27458003-27460583
Coord C2 exon
chr21:27457919-27458002
Length
2581 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTTAGT
5' ss Score
-2.8
3' ss Seq
CATATTGTATTGACTTTCAGATT
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGAATGGCTGCTATGAGGCTTTATCCGGAGGCAGCACATCTGAAGGCTTTGAGGACTTCACCGGTGGAGTGACTGAGATGTATGAGCTGAAAAACGCTCCACCAAACCTTTTCAGCATCATCACACGAGCTGTGGAGAGAGGCTCCCTCATGGGCTGCTCTATAGAT
Seq A exon
GTTAGTGTTGAAGAGCAACTTATCCATTCGTCATTCAAAACACTTTGACCTAAAAAGATCTGTAATATAATACTGTATAATGATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAGGCGATGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGTAAGAAGGTCACTGGTTCGAGACTCGGCTAGGTCAGCTGGTGTTTATGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCTTGTGTTCGTGTGAGTTTCCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTGGGCTAAATTGTTTGTCGTGAATGAGTGTGTATGGGCGTTTCCCAGAGATGGGTTACGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAGGGCACATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGTTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATTAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATATATAATATAATAAATATAATAAAACAAATATAATATAATAAATATAATAAAACAAATATAATAAATACAAAATAATATAATAAAATAAATATAATGAAATAATTATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAAAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATAATCATCAGTCTTTTAAATCACTATGTAATGTAATATGTAAGGCATAATCAATGGTTTTTATAAATGACCTCGGTTATTTCATGGTCATTTGTCAGGTTATAACCTTAGACAAGTTAAAACTTTTATTGCTCTTTGCAAGACAATATTCGACCAAACTTTTGTACGCTCATCATTCACCCACTTTGAATCAGTCACAGGCCGACAGAGAAATAGCACACAAGATAAGGGCATATCTAATAGCTCATAGTAAAGTGTTAACTACACAGTATCTCTTTGCAAATATTTTTGAGCATATTTGCAAGTTGGTTAATCGCATTTACTGGTGAAGCACATGTCTGTGTTTCTGATTCCTCGATTTCGAGTCATTTCCAAATTTCAGTAAGGGGAATCAACTTCTCTTTTCATTTTAAAAGTACTACTTAAAGTTTTGACTTTTTTGCTAATAATGATCAGATACACTTCTGTGAACCGATTCGGATGGTTCACTTCATTTAATTATTAATTATTTTGTGAACAGTTTGCTGTTTTTAAATGACAGTTGTGCACTTGTTAGTGCAGCATGAATACAACGAAAAATCAGAAACAAAGTTGAGACAGTATGGAAAATGCAAATAAAAAAAGAATGTAGTGATTTCTAAATTTATTTTGACATGTATTTCATTGCAGACAATACAACAAACATTATTTAATGTGTTTCTTATAATTTTACATTTAAAAAAATCTAAATAAACAAGTATTCCAATTTTGGTTCTTGCAACACATTTAAAAAAAAGCTGGGAATAGAGCAATTTAGAGCTAGTAATCAGGTAAATTGGTTAAATAATGTGATTTGAAACAGGTGATGTCAAAAGGTGATTGCAATTATGATTTGATACAAAAGCAGCATCCAAGAATGGTCTAGTCCAGACATGCCCAACCCTGTTCCTGGAGATCTGCATTCCTGCAGATTTCAGTTGCAAACCATATCAAACACACCTGCCTGTAATTATCAAGTGCTATTCGGGTCCTAATTAATTGGTTCAGGTGTGTTTGATCAGGGTTGGAGCTGAACTTTGCAGGAAGGTAGATCTCCGGGAACAGGGTTGAGCACCACTGGTCTAGTCCTTTAGGAGCAAAGATGGGCTGATCGCTACTTTGCCAACAAATATTATTTGCGTTTTCCCTACTGTCCCATCATATTTGGATTTGGGGTTGTATAAAGAATCAAAAAAGTATCAAGTCCATCAATTCCAGAACTCAGAATCAGGATTGATTCTGGCAATTCTAATTTTGGAAATTAGCAACCCTATAACGGAGGCTCTGGCAACTCACTCACTGAGTTACTTTGGTTACTAACTAATGCATGAGGGTAGAGCATTAATTTCATTGAGTCACACCATTCAGCTAATATAATATAATATAATATAATTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAGAGTAATTTGAATGAGGCAACACTGTGGTGCAGTGGGTAGCACAATTGCCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGATTGAGCCCCGGCTGGGTCAGTTTGCAGTTTGCATGTTCTTCCTGTGTTTGCGTGTGTTTCCTTTGGGTGCTCTTGTTTCCCCCACAGTAAAAACACATGCGGGTGAATACTAAGCCGGAAAGAAAATGAATGAATTTTGAATGACTTTCACTGGAGGGTCAATGGACGGTATAATGCTATTAAATAGCATAATAAAAGCTTCTATAAGCATGCTAACCTTTATATTACCTTTTTGGGACTATTGTTCAATATTCAAACCCATATTGTATTGACTTTCAG
Seq C2 exon
ATTACAAGTTTTTTTGACATGGAGGCCATCACCTTTAAAAAACTAGTGAAAGGCCATGCCTACTCCATTACCGGAGTGGACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000055338:ENSDART00000077657:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(18.7=100)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(9.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]