DreINT0010179 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052766 | EVI5L
Description
ecotropic viral integration site 5-like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30464]
Coordinates
chr1:44550094-44557723:+
Coord C1 exon
chr1:44550094-44550234
Coord A exon
chr1:44550235-44557606
Coord C2 exon
chr1:44557607-44557723
Length
7372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TCTCTCCATTTTGTCTGTAGTAC
3' ss Score
7.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCAAGTGACGCGAGCCCAGGAGGCAGAGGAGAACTACGTTATTAAGCGTGAATTGGCTGTGGTCCGGCAGCAGTGTCATACAGCCAGCGAGAGTCTGGAGAAAGCACAGGATACTATACGTGAACTTCAGCAACACAAG
Seq A exon
GTAATGCAATGTAATGTGTATTTGAAGAGTTCAGATGCAAAAGCCTGTAAATGTCATCAGAAATCTTCCTCTGATATGAGCATTTTTATTTTTAACATGTGTATTTTCAGATATTTCACTGTTATGGTGTTGAATATGGTGTTTTCATTGACTTTAAAATCCAATGACACCATAAAAACACAGAAGACTGAGAAAAATGCTCATTTTAGAAGAACATTTCAGATGACATTTAAAGGTTTTTGGATCTGAATTCTTCATTTAAATAGTGCGTTTATTGTGTATGGCCAAATCGCTTCACAATCATAAGGGGGAGTGGGAGACGGGGGGGTTGTAGGGGTGTCTCCACACCACCAACCGTGTGCAGCATCCATTTGGATTAGGCCCTTATGGCTAAGGGCAAATGGATGGAAATTGGCCAGGTTACACCTCTACTCTTTACAAGAAGTGCCATGGGATTTTTAAATAAACCAAAAGTGAGTGAGCACTTTGGTTTAATGCCTCATTTGAAAGACGGCGCTTACTGACAGTATAAGGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATTAGGACTCACACAGACAACAGGTTGAGTGCCTCCTGCTGGCCTCACTAACACCACTTCCATCAGCAACCTAGTTTTCTCATAGGGTCTCCCATCCAGGTACCGGCCAGGCTCAGCTCTGCTATGGCCGTGGTAACAGATGCATAGCTGCAAGTTGGGTTTTGGTGCTGGTTCAATATTTGCTGACCTCACATATGTTTATTAAGGGTCTTTTTGAATATAGGCTGCACAAAATGACTGGAGTGAATTGCTCATCCATCATTTGAAGATTGTCTGACACTGCATATGTGTATACACAAAGCACAACACTGAGAACACTTATTGTTCAGGAAGTCTGATTAAATATAGATGATTTAAACCGTTTACATCGAGCATTTTATAATTTATGGCCACTTTTTGAGGAAATAATCGATGCAGTTACCCAATGAGTACCGCCACAGCTCTAAAACGCTGTTAGTGTGAAAGCATTGCAACACAGTCCTGCCACTCCACTTACGCTTTCTCACTGCTTATGCATGCAGTGACTAACAATCACAACCCTTCAACAGAAAACCCCCCGAAAAGGCTTATTAAAGCAGAAAATCAGTTTGGTTCACCCACTTGACATTTTTAAGCTTATCATTATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGATTATAGGCTTAAAAATCCAGTTTGATAAAATGTATTCAGTTTTTATATTAATTTTGATTATATCATTGAATAATAAACAATTGTTTTGATGATTTATGTACAATAAAGTTTACATCTTTTAGTGGATGTATTATATGAGAGACCAGATGTTGCTTTATTTACCAAAGAAGTAGTTCTAATTGGATTTCAGTTCAATTCAGATTTTTTTGTATATCTCTTTTCACAATAGTTAATGTTTCAATATTATTTGCATTTTAAACTTTAAATTAAACTTATTCTTTAATTTATGTCGTACGTTTTCAGTTCCTATACTTTCAAAATCATTAATCTGCAGATTTTGTTATGCAAAATTCAACGCAGAAATAGCAGAAAAGTCGAGGAGTACACTGACAGAAATGCATCACAAAATTCCTTCATTTTGTCCAACACAAATCAATTAAGTTAACTTAATAGTTTTTACACATTTAAGTGGATTAAACTTAAAATAATTTATAATTTATAATTTATAAAATAATAGCTATGTCCCAAAAAAATGTAAGAATTGTGCTTAACACATTTTAAATAAGTAGTTTTAACAACCAGCAAACATTTTTAGGTGCATGAGGAGTGACATTGTGATTCACTTTGACACTGCTTGATGCCAATTAGAACAAGTCAGATGCTATATGAAAGTAGTACTTTTAAAACACTATTATGTTAACTGTATGCATGTCTTCAGTTTATTCATAATCAAGCTATCGGCTTATACACAGCTCTGAACTGGGTCACAGACAGGTCATTTATTATTTACTGGCAGGACTCTCGCACTAGTTTGACCGTTTGAAGCCATCGTTTCGTTTCTTATATTGTTTTCACAAGTTGTAAGAATGAATGCTAAAGCACTGATATCAAGCAGATGGGGTGTTTTTGGAGTTTTCGCTTTTTTACTATAGGTGTGAGTGACTGGTGTGTGTGAAAATGTTGGGGTGTGGTGTGTGTCATGCTGAGTGTGAGCCTGGTGTGTTTCACACACGGAGCAACACTGTATGGTCAGATGTATTTTCCTGTGTTACACTCAGAATTGACCACTATCTGATAGCGGTGCTGATGTTGACAGAACTAGTATCATGTACAACAGCTACATTTTTGTTCTTTGTTATTTTTTATTATATTTTATGAATAAGACAGTCTGTTTTTCTAATAATTGGAATGTAAATCATGTACACTACCTGACAAAAGTCTTGTCGCCAATCCACGTTTTAGGAACAACAAGTAATACCTTGACTTCTAGTTGATCATTTGATATCAGAAGTGGCTTATATGAAAGGCAAAGGCGTCTAGATTATGCTTATTTTACCCAAATAAAATATAACCATGCCTTAAATTTTAATGACTTACTTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTTTGACAAATGTCTTGTCACAACAGAAATAATGTACAGTGTTGCAGTGGAAAAAGGTTTAATATTGTGTATGACTCCGATGAGCTTGGAGGACTGCATCTATACATCTCTGCAATGAATCAAATAACGTATTAATAAAGTCATATGGAATGCCGAAGAAAGTGTTCTTGCAGGACTCCCAGAGTTCATCAAGATTCTTTGGATTCATCTTCACTGCCTCCTCCTCCATCTTACCCCAGACATGCTCAATAACGTTCATGTCTGGTGAGTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTTTTTGCTTTCAGGAACTTTGATGTGGAGGCTGAAGTATGAGGAGCTCTATCCTGCTGAAGAATTTGCCCTCAGGCTACCTCAGGCTGTTGATTATTGGGTCTATGTGGGTTGCAGTAGGTCTTCTGCAGTATTTGTAAAAATTGGGACGCTGTTCAACTGATAATTCATCAGAAAAAAATACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAATTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTGCTCTTACATCTTGCATCAACGACAAGACTTTTGTCAGATAGTGTAGTGTTGCTTAAATTGATTCAGAGCTGAATGTTGTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATACAAGTATATAACTAAATTTTTAAATAAGTGGATCATAACCTTTCCTCAATGTTGTTTTAAAACTAGTGAATTTACTTCACCAATTCTTGTCCTGGGACAATTAAAAAATAAAGACGTTTTTGATCAACTTCAAATGTTGACTACTGTATAATTAAGAAAAGAAAGTACAGTGTAAAAAAATATATGAAAACAAATGCCTTTGTTACTTTTACTTAATTTAATAAGCTTGTTTTTTTAGTTTAGTTTTAGAAAATTTAACATGATATTTTAAATCAGTTTGACTAATTTTAGTTGAAATGACGAGTAAATTAGTAAAAAAAAAAAAAAGTAAGGCAAGAAGAATTATTTTACAGTGTAGTTGTATATGACAGGGATTTTAGCATATGTAAGTGTGAATGTTTTTGGCTATTTATATTCAACCTAAATCTGATTAATGGTTTCATTACCCAGAGCAAAGAAGCTTGCTGTGGTTAACATGAAATGTTATTGGTGGTCTATTTTTCACATGCTCTTTAAACACACACACACAAACACATACACGCACTAATATACATATTAAGCTGTAAGGCTTTAAGTATAAACATACAGTGAAATTTCACAGGTAGAATCTGGATGTGTGTTATTACTCATTTACTACTATGAAAGGTTAATTTCTGCTCGGAAAGGACATCAGTCTGTTTTGTTTTGTATTTAGCTAAGAGTCCAGCACTTTTCAAGTAAAACTGAGGTAGAATGAGCGAGAGTCTTTGTGATTAAAGTGCGATCTGAGTAATACGGGTATGATGAAGTGACTGGAAAGCCTGGAGGGAGGTAAGAAAAACAGAAGTAAACGTCCGTGGGAACTAGTGTTCACACAAGTCTCCAGGGCAGGCCACAGCCCCCTCTGGTAGGCCACAGTATGTGCACGCAGAACACAGCAGAGGCGCATTTACATCAACACTGATAGATAATGCGAGAATTATCTAAATACATTTCCAGAATCGGTCTTTCCGAGTACACGCTTACTGAATGACTGGTTGAGTTCAAGTTAATAATCTTAAAATTAATTGGAAAGAAGAAGATACTGAATCGTTATATTATGACATGAGAATCTACGGTAATTTTATCACATTGAGGGATTATTTTAGGCAATTAAACATAACCTTTTATTATTTACTTCTTAACAGAATGCTGACAGCAGTGAGATTTGATGTAATTGATTCAGTGTGATTTTGTTTTTTACATATACATCTAAATCTAAATATGAAGTAATGTTTCTAGTCCACTATTTGCCTAAAAAAGTTTTAATCTAAACAATCTATCTTGTTTTCATGACAGACTTATCATATTTGGGCTAAGGTTGACAATTTTTTGGGGTTATTTCGATAACGGTGCTAAATTGATACTTTTAAAATGCTACCGGTGCCAAAATGTTGCCCGAACTGCTACTTTTGAGTCACAAAATTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGACCCCTAAATATATAGTTTTTGCGATCAAATTGATACTGCGGTGAAAATGCTACTGATGCCAAAATGTTGCCTGAACTGAGTCACAAAATTTTATTTATATCACTTTTATAATGTTTGTTATGTTTTGTATCATTTGAAGCTAATTTCCTCTCCATATTTGTAATGGTTGTTAGGGGCATATATAAGTA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Seq C2 exon
TACACAGAGGAGTTTGTGAGTGGCCTGCAGACTCAACTGGAGCAGTCTCGTCTACAAGAAGCTGAACTACTTGGTGCTCTAAAAGAAATGCAGGACAAAGTGCTTGATTTGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052766:ENSDART00000125037:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.177 A=NA C2=0.128
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]