DreINT0011238 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000102152 | FO834898.1
Description
NA
Coordinates
chr5:4264904-4269271:-
Coord C1 exon
chr5:4269223-4269271
Coord A exon
chr5:4264985-4269222
Coord C2 exon
chr5:4264904-4264984
Length
4238 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
TGAACTCACTGTGCGAACAGGGG
3' ss Score
4.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCAGTCAGAGTTCATTCTGTGATGATCTTTCTCCAGGAGTCGAGAG
Seq A exon
GTGAGACTCGGTTTCATGTTATAAATGTGCCTAAATATCATCATCTGTTCATATTGCAGCTTTAGTATGCTCTTTCCACACTGTAAAAAGTAGCGTTTCTGTATTTTGTGATTTATATATATATATTTTTATTTTTTCCCTGTTTAATTCTGCTTTTGAGTTGCATAATGAGAGCTTAATCTTTCTTCCAACAACTTTTAACCTTGAAAAGGGAACTTTAATGAACATCTTTAATATTTTGCAGTGATATATTGTCTGTGTTAGTATTATATATTTGTATTTATTATTATAAACCTTGTAATAAACTGCAGCACATGTTCTGTTATTTTACGGACTTATTTCTCTAGGTATTTCTTATACATTATATTATTTCAGACTACTAAAATGTCTATAAAAGTCACTTTGTTAAACTGCAGAGTTGAATTTTCAACATCAAAAGTGGACAGAGCAGAGATCAACATCCCATAATGGAGTTCACAACCGCAATTAAACTGAAAACATTTGTGAATTACTAAATACACAAACTGTTCATCAGGTGTAGAGTAAAAAAAAACATCTGTTATGCGATAGAAATAGTCTTTTTGGTGCAGTCTGCGCATTGGTAATGTTAATTAAAGCAACATCAACAAGTTGTAGATTTTTTGGAGAATGTGTCATCTTTGTCACTATTGAAGAAAATTTATGCAAATGAGCTCTTTTGTAAGGTATTTTTACTTAAATTTGATTATAAAAACAGTATTGTTTAAATTGTATTAGCAAATATTGAAATGAACGTACACTGTAAAAGATATCCGCTAATTAAGTTTCTGTATTTTCTGAGTATTTTACTTTTATTTACAGTTGAATTACATTATGGGATATTTTGGGATATTGATCTCTGCTCTGTCGACTTTTAATGTTGAAAATTTACAGTAAATTCTATAGTTTTGTAATAATTTAAAGGTTAAGAAATAATATATAGAGAAATAAGTCAGAACATGTGCTGGCAGTTTGTTATAAGTACATAAGTAAGACACTATGGGCTCTATTTTGACGGTCCATGCACAGAGCACAAAACGCAGGGCGCAAACGCTTTTAGGGCGTGTCAGGACGTGTTTTTGCTAATTTAAGGACGGGAAATCTGCCTTGCGCCGTTGCGCATGGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATCCGAGTCTCATCTCCCATTACCTTTAAGAGTCAGCTGCGTCACGCCAAGAGCGCATTCGCTATTTACAGAAAGCAAAGTAAGTCTAAGTGGAAAAAATGAGCATTTCACAAGCAAACAGTTCACAGTGTTTTTACAGAAAACTGTTAAGCAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGATCACTTTCACATTCGCTCTTGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGTCTATAAATAATTAATTGTGTTTGTTAAGCGCAAATATTCGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACTAATAAATGAATAATAATAACAAAATGTGCTCAAAAACCTGAGTTATATCCTAAAACACATGCTGTGCCCCATATGGTTTTAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATCAAACAAATATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGAATGAATGAACTGAAAAAGCCTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGGTTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATACTTTATATTTATATCCTATATCTATTCTTATTATATCCTATATATCCTTAATATTTACATTTTTTTATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGTGTATTAAGCAGTGTGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTTTAGTTTCTCAAAATAGCAACGCGCCGGCAGTGCGCCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGACCAGAACGCCTATGGGCGCACATATGAGCGCTAATGCATTTGCTATTTAAACAGTGCAGCGCAACGCCTCAAAACCACTCTTGCGCCAAGCTAAAACTACTAAAAGGTTATTGCGCCACGCCTTGCGCCACACTGCGCCGGGTGTATGATAGGGCCCTAAATATATGTACATACCATATACACACAATATACACTATATAATATATAAACTAGATAAGACATTATATACTTCCTGTATATAATTAAGTCACTTTATCTACAAGCTTTTTGCACTGCAAACTGTTTTGCATTTGCACAACTCTGGTTTGCACTTCTTCCCATATGCCCTTAATTGCAATTGTATTGTATACAATTTTTATTTTTTACTTATAGTTTTTTACAACTATATAATTAAATAATTTTATTTCTTTTAAAAATTCTACTTACATTAATATGATCTGTAAATTAGGCACCTAGGGTCTGGGAGTAACGCAATTTCGTGGTTAAATTGACAATAAAGCTTGCTTTAACATTTGACTTTGGCAAGGTTTTTGTAGAGCAATATACAACACCAAGCCAGACAGTCTATCACTTTACACTATTAAAAATATCCACAAAAGTCACTTTTTTCAACTTGTCAAAGTTAAAAGATGTTGGAAGAATCATCAAGCTCCCATAATGCAATTCAAAAGCAGACATAAATGAGGAAAAATAAAATCATGAATCACAAAATACTGAAAGCTGCTAATTTATGGATATTTTTTACAGTATATCGTAATAAAAGCTTTTGAGGTTTTTTTTTTTTGAAGTAGCTTTTACAAACTTGTTGTGTTACCATATAACCTTCATATTACAATCTGCCATGTAACTCTGTCATACCGTAGGTGAAAACAACTGAACAAAACTAATCTCAGCACTAAGTGTTAATTGTGTTCTGTTGTTTATTTGTCGTTTCCAGTTATAAATGTTTAACATCTTTATATATGTCCATTACACTGTATAGACACACAATAACATAAAACACTGGTTTCAGAAGAGTTTAAGCTTCATAGAGATATTTAACTGGATGCTGTTTCAAACCTAAAACAGAAGAAAGATACAGCAGCTCTTTACATGCAGGAAAAGAAAACAGGGACTAACAGGCTTTTAAGCTTAAAAAAGGCAAAAGATGAATCATGAAAGTTGTTCATGCAAAGAAAAAAGCCTGAATGGCAAGATGAAAGCTCAAAATTACAATTAAAAGTCAACATTGCAACATGTAAACCAATAAACTTACAAGTAATAAGTTGGAGTTTCGAGAAAATTGCAAAACAAAGTCTGAATTGCATGACAAAAACTCACAATTGCAAGATTGAATGTGAATCACAAGACATAAACTTAAAAGGAAAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCAACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAAAGTCAGAATTGCAAAATATAAGCTTAATTTTACAAGAATATGTAAGAATTGTGAGATTTATTCCTTAATTTCAAAAACAATCTGAATTGTAACATATAAACTGAAAATGACAAGATATAAACTCAAAGTTACCTAAAAAGGTCAGAACTGTGAGACAATATCTTAAGATTAAAAGAAAGAAGTCAGAATTGCTGCATATGAACTCAAAAATACAAGAAGACAATCGGAATTGCAGAATATAAGCTTTAAATGATAAGAAAAGTCAGAATTGTAAGAATTAAGAAAAGAATTATAAGACAAAAATTCAAAATTTCAAAATGTAAACTAGAATAAATAAATAACCTCAATAAAACCTCAAAAAAAGGTCAGAATTGTGAGATTTGTGCTCAAAATGACAAAAAACAGAATGTCAGAATTGCCAGATATAAGCTCAAAAATGCAAGAAAACATAAGAATTGCAAGTAAAACTTAACATGACAAGAAAGACAAAAAAACAGCAGTGCAAAATGTAAGCTTAGATTTACAATAAAAATGGCAGAATTGCAAGTCAAACTTAACATTACATGGAAAAACTGAACTCAGACAGTCACTCAAGATTTCAAGAAAAAGTTGCAAGATGTAAGTTCAAAAATACAAGAAGGGATCTACAGGACATTTACTCCAATTTGCAAGAGAAAGGTCAGTATTGTGATGCTGAACTCACTGTGCGAACAG
Seq C2 exon
GGGCCGCATGTACGCCACTCTGGGCCCCAACTGGAGGGCTCCTGTACGCAATTCCCCCAGAGGCCGCGGCCGGGCCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000102152:ENSDART00000171915:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.059 A=NA C2=0.714
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]