DreINT0011239 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000102152 | FO834898.1
Description
NA
Coordinates
chr5:4256192-4264984:-
Coord C1 exon
chr5:4264904-4264984
Coord A exon
chr5:4256289-4264903
Coord C2 exon
chr5:4256192-4256288
Length
8615 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
ATGAGATGTCCTCTGTTCAGTCC
3' ss Score
4.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGCCGCATGTACGCCACTCTGGGCCCCAACTGGAGGGCTCCTGTACGCAATTCCCCCAGAGGCCGCGGCCGGGCCCTCAG
Seq A exon
GTACACCTCTCCATCCTCTGGACCTCCGCCCGCTCCACCTGTCCTGGCATGCACTGTCTCTTCCTTCACATTACTGTAGTCCAGACTGTCACACGTCTCTCGACTTCTGTTTTCTCCAGAGTCTCATCATCTCAGACTGCTGTTATAGCACTCAGTCACTGCATAATAAAGCTCTGTCCACAACAACACGAGTATTTTCTAAACCAGTTTTTTTTCTACATGGTTTGGCTGTTTGTCCACATGAAAACGCAGGGCTCTATTTTGACGGTCCATGCGCAGGGCGCAAACGTTTTCAGGGCGTGTCAGGACGCGTTTTTGCTAATTTAAGGACGGGAAATCTGCCTTGTGCCAAGGCGCATGGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATCAGAGTCTTATCTCCCATTCCCTTTAAGAGTCAGCTGCGTCATACCAAGAGCGCATTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTCTAAGTGGAAAAAATGAGCATTTCACAAGCAAACAGTTAACAGTTAACAGTTTTTTAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGATCTACTTTCACTTTCGCTCTTGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGCATATAAATAATTAATTTCGTTTGTTAAGTGCAAAGATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTGATTTCTAGCAAACGAATAAATGAACAACAATAACCAAGTGTGCTCAAAATACTGAGTTATTTCCAAATACACCTGCCATGCCCCATATGGTTTTTTTAGCCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATGTGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGCCTCCTGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAACCCTTTATATTTATATCCTATATCTATTCTTATTATATCCTATATATATCCTTAATATTTAAATTTTTCATATGTAAAGACTCTGCGCCGGAGTCGCTATTATGAGAAACTATAATAGATTTTTCATTAGACCAAAACTAACCCGGTGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCATAATAGCGACGCGCCAGCAGTGCGCCTCAGAACGCCTTCCTTTTTACCTATGGGCGCACAAATGAGCGCTAATGCATTTGCTATTTAAACAGCGAAGCGCAACGCCTCAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTATTGCGCCGTGTCTTGCGCCACATTGCGCTGGGTGTATGATAGGGCCCGCAGTAAAAGTGAAACTTTCTGAAAACATTTGTGGTTTTACACTTAGGTAATGTGTGGTCTTGTTTCCACTAACCGTGTTAAAAGTTATGCATTACAATATTGAGTTACTCCCCTAAAAAGTAACTAGTTGCGTTACTTTTTATGGAAAGTAATGCGTTATGTTACTTGAGAGTTACTTTGCAAAACCATCCTTTGTTTCTGTAGGAAGTGCATTCTCTTATTGAGTGTGTGATTCATTGAGACTAGGGGTCTGAAAGCACCTACTACTCAGTAGGAACTGAATTTGAATTTAATATTTGACCATTCTATACAAGTATATACATTGCGAATGCGAGTAGTATGAATGGAACTTGAACGTACTATACATCCGCCATTTTGTCATGATCACGTGAGTACCCGTGTCAGATGTGTCACTCCCATTCATGAATTCTTTCGTACACTAATCATGGGATAGCGTAGCATCCATCCGATGCACTTCAGAATCTTGCCGGAAGTAGTAGGTCATCCGAGTACTTCTCACATACTATTTTTCAAATTCTTTGAATTCGGACAAACTGCTTTGCTCGCATACTGATTTTAGCGTACTCTATAGTGTGGAAGTATGCGATTTTGGACACAGCCTATGTTCATTTCAATTCTGCAGTTTATTCTTCAAAAGCTTGTTAATTAAAATAAAAAGTAACTCGCACCAATTATTTTTTTTAAGTACCTCAAAGGGCTCTATTTTGACGATCCAGGTGCAAAGCGCAGGGCGCAAAAGCATTAAGGGCGTGTCAGAATCCACTTTTGCTATTTTAACGACAGAAAAATCCGCTCTGTCCGCGGCGCATAGTCTAACAGGGTTGAGCTTATTCTCTTAATGAGTTATAGGTAAGCCCACACTGCAGATTTGTAGCCCATCATTGATTCTGTTTATTTACTTGCGTAAATGTGTGTAAATCAATATTTATTCCGTTTTTAAATTGATTTCAGAATTATTATTGACTAATAAAAATATTCATATGATTTATGTACAATATAGTTTATAAAGTAGATATATTATTATATGAGAGACTTGCTTTTTTTCACCAAATAATGTGGATCTAATTGAATTTGCAAGATAAACATTAAATGTCAAAAAGGGATTACTTTTTAGTTCATATATTAAGGTTTTAGTTATGATACTCCCAAAATCATTCCACATAAATCCACAGATTTTTAGCAAAATTCTGCGCAGAAATAGCAAAAACTATTCGCAGATTCTGTCTGGCCCTAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATGAACCAATCAGAGTCTCATCTCCTGTTCCTTTTAAGAGTCAGTTGCGTCGCTCCATAGTGCATTTGCTATTTACATGCCGGACTTTGTAAGTGGAAAAACTGAACGCTTCTCTAGCGAGAAAACAGTTAAACAGAGCATCTGCAGCGCGAGAATGAGAGATGAGCCTCCTCATTCTTTACTTTCACTTTCACTCTCGTGGATGAGGAAACGTGTTGTACGCACAGACATCCATTAGCCTATACATCATTATTTTCGATTGTTAAGTGCCAAGATTTGTTTCAAAACTGTTTCTAAATTCAGTTCTAATCCCCAGCAAACCAATAAATCAACAATAATAACTAAGTGTGGTCAAAATAACGAAGTGTGGTTATATCCAAACACACATGCTATGCCCCATATGGTCCAAAACCTGTCATATAGGCAGTGGTTTGTAGAAAATAATCATTTTTGTAATATTTTAATTCTTCGATTCTTTTTCACTTGTAAAGATTTTTGCGTATCGCTGTACATCCTGTGTGTATTAAGCAGTGGTTAAGCGAGGCGCACAACTAACGCGCTCTGCGCTGGACTTTAGACCTCCTCCCAGCTGATATATTGAACCATCTATTTTAGTTCCTCAAAATAGCGACGCGCCAGCAATGCGCCTCAACACGCCTACTTTTTTAGACTAGAACGCCTATGAGCGAACATATGAGCGCAAATGCATTTGCTGTTTAAACAGCATGGTGCAAAACATCAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTAGCAAACAACAATTGCGTCGCGCCTGGCGGCCCAAGTAGTATTACTTATTTTAGTATTACTTAAAGTATTACTATACAATACTTAATTATATACAATACTTACTATACAATATAAAAAAGTATTTAGTGATGTGTTACTTTAATGCAGGGGTGGCCAATCCTGTTCCTGGAGAGCCACCTTCCTGCAGATTTCAGTTGCAACCCATATCAAACACACCTGCCTGTAATTATCACATGGTGTTCAGGTCCTAATTAATTAGTTCAGTTGTGTTTGATATGGGTACCTCTAATGTACCCCCAACATTAACCACTAAAATCACAGCTTTTGTCTTATGTTGTCAACTATATACGCTTGTTTTTTCCTTTCTGATCGTCAAACACAGCTGGGTTCACACCCAACGCCAGAGATATAATTGAAGTGAACTGCGTTCACTCAAACTGCGTTCACTGCAAACGCATCTCCATCTTAGTTATCACATTTGCATTGACTTGGCATCTACTTGTGCAAATACTTAATTGCAAGTTTGAATAGAAGCCAGCATAAACAGCTTTTTGGCTCAGTGTGTAAATAACATGCTTCACAGTGCCTTTTTATGTGGACGAAGAATTAAAAAAACAAAAAACTAAGGTGAAGAAAAGTCAGTTTATATAAATACCCGTGTACATGTGGACATGGCCTAAGAGGGAAGAGGGTCTGTTTACACCTGTTCACTTCATGTGCTTTCTCTGACCAGATTGCTGTCTGATTGCTGAAAATGATGCCATTTACACTAAACAGATGTACATTTGATCTTCAAATCCTAAACTATATGCAAATTTAACTAGGTTTCATCTACTAAACTGTCAGATGTGCCAATTTTATTGAATTATAAATTTATATGTAATTAAAAAAAAAAAAAAATTACAAAAACGTAAACTTGTAGAGCTTCATTGACATGATTTTATATATAAAGGCTACAGGAGGCTTCACTTGTATTCCAGTGAAACATCAGCACCAGCACACGAGAGATGAATACTGTCGTTACAGGCTACATTTTGTGATTAATACATCATATGAAAGCTAAATAAATATTATTTCCATGTATGTATGGTTTGTTAGGATAGGACAGAACTTGGCCAAGATACAACTAGTTGAAAATCTCGAATTTGAGCGTATGAAAAAAATCTAAATATTAAAGGTGCAGCAGGTGACTCTCCACAATGCTAGCAGCTTAGCATAAATCTCTGAATCACAGTCTCTCCCCTGCTGTCTAGAGCCACGCCTCCTTAAACACAAGCACAGCAATGTGTTCTCATGTTAAAAGCTAGTGCTTGTCCGGTGGCGTGCAAGCCAAACTGACATGCGATTTCAGAGCAAATATTTAGAGTTGCATGGTAAACAATATAGGGAGGGACTAGGCGGAATAGCGGCATTTACTTGTGTTTTGGTGTTGAACTAATTAAAATCTACATCATCGATGCTGTAAAACAGGGGTGACCAACCCTGTTCCTGGAGATCTACCGTCTAACAGGTTGCAGTTGCAACCC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Seq C2 exon
TCCGTCAGTTACGGAGGTCACTGGAGACGCCAGTTTGTTCACGATGCAGGGGGCAATCAGGAGGAAAACCATGATGAAGGAGGGCAGGAAACCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000102152:ENSDART00000171915:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.714 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(17.0=57.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]