DreINT0016699 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101293 | PKN2 (1 of 2)
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr6:25342625-25347395:-
Coord C1 exon
chr6:25347210-25347395
Coord A exon
chr6:25342735-25347209
Coord C2 exon
chr6:25342625-25342734
Length
4475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTTGAG
5' ss Score
-17.25
3' ss Seq
TTTTTGTGCTGGTATGGCAGATG
3' ss Score
6.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACATTAGACGTGAGGCTCATGGGCTGTCAGGACCTTCTGGAGAACGTCCCGGGTCGCTCGAAGACAGCATCTGTTTCTCTGCCCGGCTGGAGCCCTAGTGAAGCACGCTCTTCATTTATGAGCCGAGGAAACAAGAACAAATCTGGCAGCAGCAGAACCCTCTCCAAGTCTGATGATCTGTCCA
Seq A exon
GTTGAGTGGCTTTGCTCTTCTTTTATATGCAGATGTGCAGAATCGAAGTTAAAATCAGAACTAAGGAACTGTGTTGTTGAGCTGAACAAATCAAATGATATAAATTGACACGTGTAATCTGCATTGATATATCTTGAATGTTACTTTCAAAGTGACTCTTTATCTATAACATTTTGAATTAGGGCTGGAAAATAATTCAATATCAATATATATCGCGGTAGATTTTTTTATTTAATAACAGTGATATGATTTTTAAAACCATTTCCGGTATTTCTAAATAAATTTGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTATATATAAGATCTTATACATGCTACAAAATGAGTACCCTGAATACAGATGTAAATACACAAGCTTCCACAAGTAAGAATGCAGATGAAATAGTTGATAAGAGACGAAAGAGATAAGAGAGGAAAGACTAATGCAGTGGTGTGGAAATGGTTTGGCTTTTTAAGTTCCGATTAACTTATAGTTTCGGTGCCCTGCAAAATATGCTGGAGAGTGGTGCCGGCTAGCAGCGGGAACACATTAAATCTGTTTCACCTGATAGATAATACTGAGAGTCAGAAGATAAGGCATCATAAAAGTTTTAGCCTACCTGTTGCCTCACTATCACCACCATCCACTTCCCCGACACCAAAACCAGCGGTGTCAGAAAAGAAGGCAATGACGCAAACACAGATGGCTTTGAGGTTTTAATCAAGTTCAAATCAAACTTTGGTTATCAACACGTGCATATACACCTATAAATTATAAATTACAAGCCTATGCCATGTATGAAACATGTATGAAACTTGCACATATACATATAAACTTGATGTATGCATGCACCCACATACACACGCACATACATATAAACTCAATCCTTTCATATACTCCCACATTAACACACGCACATACATATAAACTCGATCCTTGCATATACTTGATCCTCGCACAAACAAACACCCAAATTAACCCAAACTCGCTACATGCTGGTATAGCACTCCAGCAAACTGACAGAATAAAATTTACCATCATATTTATCAGGAATCTGTTTATTGATGAAATATAAAGAATGTGATTTAACAGAGGTATTAAATCTGTTAAATAATGAAAAATGTATATAAAATTTATTAGAACTATTTTATGTTAAACCTTTTAGTTTAATTAAGTAATTACATACACAAATGTAAATAGACAGATAAGCAACCAGAACTAAGAATATACTCATCTGTTTGTAAATGCTAAATATAAATAAAAAGTGAACATTCATTTTTTTTGTACTTTTTTATAAAAAAAAAAAAAGTTATGAGGCTGTAGCTATTAAAGACTTTGCAAATTCAGTTTGCAGACATCTGTAGGTACAGACATCTATTGTGTGCGTTCTCTGCAGTTTTTTCCTATCTTTTTAATATTGTCCATATCGATATCAGAATTATATTGTATCGACTGAAATTAAGAAATATATCGTGATATAATTTTTGCCATATCGTCCAGCCCTACTTCGAATATAACACTTGCTATGTTTCTATCCACCTATTTTTCTGTTTATTTTGGAATGTCGCCTGAATTGATGCTTTATAAAAACATGACATTTTCAAAATGTGCATAAAAATCTATGCACACAACTAATTAGGATACATTTTTAAACGATCAAAATACATATATATTACAAGGTTTAACAAATAAATTACAGCATATGCCTCAAAAAAAGTTAAAATGGGCATAATAATGGGACAAAAAATGGGCATGATAGGACTGCATTAATGGATAAGCCAGCGGATCAACCCACATTGCACAACATCTGAAATGTTGTTTTAGTCATACTAAAATCCCGTAGCCAAGTTCTGTTATCAATGTTTTTCAGTATTATTACCTCACAGAACTGTCTTAAGAGACTGATTCCAGTATGCGCATTAAAAAAAAGGTCATGTGATGATAAAAATGTGTGTAAATGGACAAACCAGCAGGCTGACTGCATTGCAAACCATTGTAACCTCAGGAATCAAGAGCGTCTGTGCTCCGCGTCTAACACCTTCAAACGCCACCGCGTGTTCACTTTGTGTTAGGATGGCCTTCTGAAGCACAAGTCACTTATTAGATGAAGAAAAGATTGACACAGCTTTTGCTACTGCAGCAGATACAGTTTTTACTGTTGATATTTGGCGCCAGTTAATCAGGAAGTTAACATTTTGTTCGCTTTGACTCGCTGGATGGAAACGCTGCTTTATTTGCATGTATATTATGCATTAATCCAGTTTTGAGCATAAAGTTAATTCTAATTTTTGGATGGAAACATAGCTACTGACTAAAAAGCTACATTTCCATGACCTATAATGAGCACAAGGCAAACAAACAGAAGATGTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTCGCATGTTGTCACATCTGTTTCAGACACAATACTAAAGCCAGAAATGAATTGATTTGCTTTATTTTTTTCAAGGGCCTGATTAATCTTTTTAGTTAGCCCATGACATTAATGCCATAGTAATTAAAACATTTAAAACTTATTTATTTACAAGTCTAAATACAGCACATGACTAAATAAAGGTTGCAGAAAGTTAAATTGATTCTTACCTGTAATTATGCTCTTAACCTTACCGTACGTTCACACCAAAAGCGGCGAGAGCGTCAAAGTAGCCGGAAGTCATTCATTTTCAATGAGAGCCGGCGGCGATAGGCGACGATAAGCGGCGAGGAGCAGCGCAGCGCGTTTTCGCCGGCGTGAGCATCGAGGAGAGTTGAAATGAAGTCAACTTTATGGTAATGAGCTATGACGCGGTTCGGCGGCAAGCAATCAGAATGAAGACGTCCAACGCTTGATAGCAGTTCAGGGAACACAGACCTGTGAACTTTGGTTCCGACCACAGTTGTTCCCAAGGGTTTGATTATTTCGGTCGCCGGATTTCCAATTATTTACAATGTTTTCTTACAGGAACATACATTAAATAAGTTACTGATGTTCATTAATGTTATATAAATTTATCTTAAAAAAGAGGGAATCTCACGCGATGTGACAGTACAAAACAGTATAACGTTAGCTGCTTCAGGATATTTCAGACATATGGACACATATTGGATAAATAGAGCAAAGCCACACCACATGCAACTTGATCTTCCATTGTTTTATGAATTTGATAAGAAGTGCGCAACATTTTCACGCTAAAAACATGCCTTATGCAGGAATGTAACTGATATGCTGCAACGGCTCCTTTAAGTACGAGATCAATGTAGCGAGTTTTGACACTCTCGCCGCCGGAGCTGAAGGCAGACAGCGTTGTCGCCAGGGCGGCCAGAGCGACCTTGGACGCTCTCGCCGCTTTCGGTGTGAACGTACGGTTATTGGGTACAGTTTCAGTCTTGTCAGTGACCACCTATTCTATGTAATATAGGCTATAAAGAAAAAAATAGTTAATTCTAACTAGCAAACAATATAGCTGCAAACCTCTTGTTGTTCTGTTCTGATGACCTTTAGGGCCTGTGAAATCACAGGATTTTAGCCAAGAAACAGCCTGGCAACTGCATTTGGCTTAAGTGACTGCCAGTTGACAAGCGAGAAAGTGTTTTTATTTTATTTTTAATTACATTTATTAAGTTATAAAATAATTATTCTGTAATACTGCTGTATAGTTAAAATGTTTACTGTATTTTTTTATTAAAATTAATGCAACATTACTGAGCAGAAAAACTTCTTCCAAAAGCAATTAAATTAAACTCGTCACACTACAATGTTTCATCATTCAACAAACTAATAATGAACAATACTTGTGCAGCATTGTATGATCAATGTTCAACATTTACAAATGCATTGTTAAATCCAAATGCATGCTTGTTAAGTTAATGCACAGTGAGTTTACATAAACTAACAATGAACTAACATTCCTATAAACTAACAGACCTATTTTCATTGACATTAGAAAAGATTATTAATCATTGTAATAAATGTATTATGTTTTGTTCATTGTTTGTCTTAGTAAATAAATTTATTACCATTAATTAATATAACCTTATCGTGAAGTGTTGCCATTAAATTACATTGTTTACCATAAGTTTTCATTATTATTACAGTGTATATTGTAAGTAGTGCTTTCAATTGATTAAAATATTGATTTACTTACCTTTTTAAGTTTAATTCAAATGCTTGATATTTAATTCAAATTTTGTATTGCAGATTTTTATTAACTTAATCATTTAATTGCATATACCAGTATTTGCTTTATACTTAAATTGAAAAGTATTAGATAACAGATTACAAGATTGCAATAAGTAAATGTATTAAGTAATCCCTAATGAATCTATCCCTAATAAATATATCTGTTTTTTATTTCTTTATTTTTTTTTTTGTGCTGGTATGGCAG
Seq C2 exon
ATGAAATCAGTGCCGTTCTAAAGTTGGACAACACAGTTGTGGGACAGACCCATTGGAAGCCAGTTAGCAACCAATCTTGGGACCAGAAGTTCACGCTGGAACTTGACCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101293:ENSDART00000169030:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.429 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]