DreINT0018569 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058944 | SBK2
Description
SH3 domain binding kinase family, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:34416]
Coordinates
chr8:9994849-10004575:-
Coord C1 exon
chr8:10004373-10004575
Coord A exon
chr8:9995386-10004372
Coord C2 exon
chr8:9994849-9995385
Length
8987 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAGGT
5' ss Score
8.53
3' ss Seq
CTTCTATGGTCTCTCTCCAGGTG
3' ss Score
12.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACTCCAATGGCTCTGAAAGTGCTCCCGAAGGCCTCCACCAAACTGCAGGGATTTCTCAGAGAATATTGCATCTCTCTGCATCTGTCCTGTCATCCCTGCATTGTAGGATTGTTTGGCATTGCCTTCCAGTCCAACGAGCACTACGGATTCGCCCAGGAGCTCGTCACAGGACGGGATCTGTTTGCCATCATTCAGCCACGG
Seq A exon
GTAGGTGATCATTCATTAATTTTCTTTTGGTTAGTCTCTATTTTAGAGGTCGACACAGCGGAATGGACCGCCAACTATTCTGGCATATGTTTATGCAGCTGATGCCCTTCCAGCTGCAACATGGTACTGGGAAACACCCATACACACTCATTCACTATGACCAATTTAGCTTTTTCAATTCAACTATACCACGTCTTTGGACTGTGGGGGGAAAACGGAGCACCTGGAGGAAACCCACGCGGACACGGAAAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCAAGCCAGGACTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCAACAGCACTACCTGCGGCACCACTGCGACACCACAAACAAAAATAAGATTATTTTGCTTGTTTTAAGGAAAAACTCACTTGATTTTGAACACGTCAGCATTTTTCTCAGAAAACATATTTCTAAAGGCGCTGTTGACTTGAAATATTCACTGGATGTTGGTAACAACCAAAATAAATTCATATTTGCAAAGAAAACAAATCTAATTAGTTCACAAATTAAGTTATGGAATAAAATGAATAGACACAGGGGAAAAGTATTTAACACATGAAGAAAGGGAGGTGTAGAAAGGCATGGAAATCCCAGACAGCAGTTGAAATCTCTTTTTTTTTTAGCAACTCTTTGCCCTTCGTCAGTGTATATTAGCTTCAGTCCAACATCTACATTAACAGGATGATGATGATGAAACCAAAGTGGACATTTCAGTAAGACAATGATCAAAACACAGTCAAGGAAACTGAAATGCTTTCAGAGAAAGAAAATCAAGCTGTAAAATGGCCCAGCCAATCACCTGGCTCGCATCCAATAGCAAATACAAAATAAAGATTAGATTTGAAAGACGAGACCCACAAAACCATCAAGATTTTTACACTCTGTTGAAGTCTTTGAAAAACTCACACCTGAGCAAAGAACATGACTTCATTCTCCACATGAGAAGAGTCTTTAAGCTGCCATCACCAAAAAAGCCTTAAATATAAAGAATTATTTAGTCAATATCAATTAATGTCTACAATGCAAAAAAGCTGTTCTTTCTTAGACTTTAGTCTTGTTTCTGGTGAAAATATCTAAAAATCCTTAAGACAGGAAGCATTTTCTAGACAAGTCAAATATATTGTTTTGTTTTCAAAAATAATACATGAAAAAATAGTTAGTTTTTCCTTAAACCAAGTAAAATAGTTTTGTTTTAAACCGAAAACAAGATTATTTTTGCTTGTTTTATGGAAAAACTCACTTGATTTTGACTTAATATTTTTTGCTTGTCTAGAAAATGCTTTTGATTTTTAAAATGTTTAATAAATTTATTATTAAAAGTGACTTTCTCAAAGTACTTTAAATGCAAAGTCAAGACAACATACATAAAAGATACTACACTGGTAAAAAAACAAAAAAAAACAATAAAAGATTAAATCAAAAGCAACCCTAAACAAAAAGGTTTAAAGTGAAGATTTAAAAACAGCAAGAGACTGGACTAGAAACAAGAAAAAAAAAAAAAAACTCAATTTATTCATTCATTTTGCTTTGGCTTAGTCACTGATTTATCGGGGGTCACCACAGTGGAATGAACCGCCAACTATCCCAGCATATGTTTTACGCAGTGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCAGTACTGGAAAACACCCATACACATACACACTCATATACTACGACCAATTCAGTTAATCCAATTCACCTATAGTACATGTCTTTGTCATGTGGGGAAAATGAAGCACCCATAAGAAATACACGTGAACACAGGGAGAACATTCAAACTCCACACAGAAATGCCCAGCCAGGACTCGAAGCAGCAACCTTCTTGCTGTGACAGTGCTAACCACTGAGCCACCATTCCGCCAAAACTCTCCTTTTTTAGTTTATTAATATTTGTGCATCATTTACAATCAATCAGTTTGTCAAAAAATACAAAAGTACGGAACTTTATTTATGTGTGTGTGTATATACTGTATAACACAAATCACAATGGGAAAAACATAAAATAATAAAGTCATTATACTAAATTATGCACTATTTTAAATGATTGCAAAATGTCTTGTTGACGGATCTGTAACAATCTATTGGTTTGAATGAAAGTGGCAAGTATAAAAAAATTCAAATAACAATTACTTAGCATTTTCAATTAATTCTTAAAATGTTGTTGATTGATCCTTGCTCTAAATATTCTAAAAATGTGTAGAATACACTGTAAAACCCAACAGTCAACTTTAACTAATTAAATGAGTGTAGTGAAAGTTAATTCTACTCATTTGAAAAGAGTTTTGAACTCAGTGTTGAATGTAATGAGTTAATTAAATACCTCATTGCTTCAACTTAAATGAAGTAAGTTCGCAATAGTTTAGTTTTTTTAACTCAAATGGTTTGCTGAAATCGGTTTCCTCAAACAGTTTGAGTTGCCTTAACTTATTAGGTTTTACAATACTCAGTTGGTTTGAGTTCTCTTCATTTATTGGGGTTTACTGTGCTCAAACTGCTTCATTTACTCAAAAGGGTTAAGTTCACAGTACTCATTAGGATTAGATTTTGAACTTAAATGGTTTGCTGCAATCGGTTTCCTCATATGGTTTGTGTTACCTGAACCTTTTAGGTTTTACATTGTAGCTATTATAACCATGGAACTGTTGTTGCACTGAATGACATTATTGTCTTATGTTATTCACAGTAAAAACATATAAGTAATTGATAGAAACTGTACATTTTGACATTTGCTTTGACACTTGTTACACACACACAAACCTTCAGTTCACATACCCTTAAGTCTGTCATGCTCTATGTCTGTCATTGCCAGGCCGCTTCCAAATCAGTGTCCGACACTTGAGAAGGTTACAACTTTATCATCCCCAGACACTGTAGAGACTCTATAGATGCGGTAAATTTTATCCCAAGGGCCCGGGATGTCTGAATGCCTATAGAATGATGTTTGACAGATGCTGATAAAATGTGTTGAGGACATGAGAAGCACATTTGTTTATCTTTGTTTAGGGATAGCAAGAAAACAAAACAATAAATAAATAAATAAATACACAGCCTCTGTGACCCCCCAGAACTGAAGAATTTTCAAGAAAATATGAAGTTATTAAAAAAACTTTTACTAATCATTTTAGTAAATATTTTAATAAAAAGTACCATTTAAAGTATTGTACATAGAACTGAGAATAATCATGATTCAACAACGAAGAAAATGACATTGTTGAATCAGAACCATAACTCATTGTGAAAACGTACCCTTATAGATTTCTTTAGAGCGCGAATTATGTTGCTATGTATGCCTGCATTTCATCTTTAAAATTAACACTATGGGATGGAATGAAGCCGCCGATGGCTTTGTTTTTTCTGGTGCTTACCAGCTGATCTCTTACCTCCATGTGGGCGGCTTTTCCGTTGTTACCAGCTTTTCCAGTAGCTCATCACACATGTCAGTGAACTTGAGATGCAGACAGGAGTTGACCGCAATGATGGGGTCCGAGTCTAATGAAAAACGATTCCAGAAAGTAAGTAAAACAAAAGGCAAAAATAAAAATAAACAAGTAAATAACAGTGTGAAAATGTGGTAAAAATCAGACGAAGGCTTTTCTTTTTCTAGATTGGTTGGGTTTAGGGAAGGCAGTAATCAGGTCAATCGGTGCTTTTGAATACACTATCGGTTGGGTTTAGGATACGGGGTGATCGGGTCAATCTGTGCTTTGGAAAACACTATCGGTTGGGTTTAGGGAAGGGGGGGGGGTGTTGGTTGGTCGTCAGTCAGTCAGTCAACAGGGGCCTCTGGTGGCTTTATATGAGAACAGTAGGCAGGAATGGCACGCGGAAGAGAAATTTGAGATCTGAAAAAGCACACACAGCGGCCTCTGGTAGATTCGCGAAAACAAAAAATGACAACAAAAAAAAAAAACGTACCTCCTGGGACGTGTTTCACACTGTCCAGAAATGTATACAGGGATTATGTATCAATAATGAGCCTGGGCTGTGAATATTTGTTATTAATCATTCTTATTATTAAAGAAAAAAAAGTTTCCAAAACTAGATTCACTCAAAAACAAACATTTGCTGTTAAATTTACACTTAACACAAGATTTAGGTGATTTTGTCCTATAAAAGAACACAGTCAATAGCTACTGCTTCTTTGAGAGTAAAAAAAATGTATATACAGGTAAACCTAAACTAATACTTGTGACTCTTAATGATATACAGTGGTCCCTTGTTAATCGCGGTAGTTATGTTCTAAAAATAACCCACAATAGGTGAAGTCTGTGAAGCAATTCGCTTTATTTTTTTTACAACTATAACAATTAATTGTTTTAAGGCTGTAAAACCCCTCACTACACACTTTATACACTTTTCTCAGACAGGCATTGACATTGTCACTCTTGTTTAAAAACTTAAAGTTCAAACCCTCATAGAAAAATAAGTTCAGTAAGCAAAATGAAACCAAAGATTAAACCATCTGATCTTCTTTTATTTAATCTGTAATGGCACCCGACAGCCGTGTAACTTCTACCTTCCTTTAGCATATCCAGAAGTTCAATGACAGCTAGCGTTTCTGCAGAGCAGTTAGGCTAAGTGTTATTGCAGAGCAACACAAACAGCATGCAGAAGTATGTATGTATGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGCTTAAGGGGGCAATATATAATAATATTAATAATAAAATAATATTTTTGCTGAAATAAAAATAAATAAAAATAAAAAATATTATAGGAAATACTGTGAAAAATTCTTTGCTCTAATAAATATAATTTAGGGAAAATAAAAAAACTTATAAATAAAATTAAAATTCACAGGAGAGCTAATAATTGTGACTTTAACTGTATATATCAAACTGTCCCTTTAATTTTTTTTTATTGATTTTATCTCCATAGTAC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Seq C2 exon
GTGGGCATCCCTGAATGTGCAGTGAAGCGCTGTGCCGTCCAGATCTCCTGTGCTCTGGAGTTCATCCACCAGCGAGGCCTGGTCCACCGCGATATCAAGCCAGAGAACGTCCTGCTGCTAGATAACCACTGCCGACGGGTCAAACTAGCTGATTTCGGCCTTACGCAGAGACAAGGAACTTTCATCCGCTTCATCTCTGGGACTCTTCCATACATGGCTCCAGAATTGTGTAAAATGGTGCTGGAGGATGGCCAAAAAGAGCCCAAAGTTCCTCCACTCCGTGTCGAACCCTCTCTAGACACCTGGGCCTTCGCTGTTCTTCTCTTCTGCATCCTCACCGGCTTCTTTCCATGGGAGCGCTGTAATGATAGCGACGATTTTTATGAGGAGTTTGCAGACTGGCGTCAATCGGTGAAGAAATCGCCAGTGCCGTCGCAGTGGAAAAGGTTTACACCAGTTTGTATGCAGATGTTTAAGAGAATGTTAACAATCGAGTCCAATAAAAGATGCTCGATAACAGAGGTTAAAGGTTATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058944:ENSDART00000138411:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PD(65.8=98.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]