DreINT0023142 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101203 | ZNF513 (2 of 2)
Description
zinc finger protein 513 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26498]
Coordinates
chr17:5776091-5787642:+
Coord C1 exon
chr17:5776091-5776695
Coord A exon
chr17:5776696-5787513
Coord C2 exon
chr17:5787514-5787642
Length
10818 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTAAGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
GATCTGCTGTTTGTTTGCAGTGG
3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCAGCAGCAATGAAACTTGTGGACTTTCACTTCTCCAGCTCACGGAGACACTTTAGCGGCACAGAAATCCACACAAACCAGTGATTTATCACGGAGAGAGGCTAATGTCACCGCTGCTGCTTACAAACTTACAAACACTGGACTTTTATTGTAAGTTCTGCTTTTGAGGCTAGCCGTCATGCTAGTTAGCCTTCGACTGACAACAGGATGAACTCAAATTACACCTTAAATTAGCTAGCTTTTATTTAAGGCAGGTAAATAAGAGTCTCCAAGCTTCAGTTTGGCGATGTGGAGGTCACATACTTGTGAATGACCGCGTTTAATAGCTTTGTATGTGTGTAATATTGATAGTTTATTATTAGCTCGCGCTAACTCCAGTAGTAACAGTTGTTTGGACATGGTTTTTGGGGATATTTGTGATGAAGGGAGTCTGGCCGGGTGTTTACGAGTGATTTGAGGAACTCTTTGTTCACGGGAGGAAGATGAGGAAGAGGAAGATGATGGCGATGAAGATCAGCTAAACAGGGAACTGCTGATTATAAGGACACACAATCAGGACAAAAATGCCCAGGAGAAAACAGTCCAATCCTCAGCCTGTCAAGT
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGGAGCTGAAGATGGAGTGGCTGCTGGTAATAAGGAAAGCCTGGTGCTGGAGAGCGACTTCCTCCTCGGACAGGAACTGGGCTTTGGAGAAAATGACTACAGAATTGTTGGCTTTGAAAGGGATTCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101203:ENSDART00000168326:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.136
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]