DreINT0023179 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104169 | ZNF638
Description
zinc finger protein 638 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17894]
Coordinates
chr7:19384917-19390449:-
Coord C1 exon
chr7:19390289-19390449
Coord A exon
chr7:19386352-19390288
Coord C2 exon
chr7:19384917-19386351
Length
3937 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
TTTCCCCCTAATTTTTCCAGCTT
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGCGTGTTGGGTTTGATTGGTTTTCCTGACTACGTCTCTGTTTATGCTCGTGAATCATTTGATCACGCCTGTGAGACGCAGGCCGACCGTCCCCAGAAATCGGAGCGTTTTCCTCATCGCATGAACTTCCACCGTAAGATTTTACATAATAAAGTACTAG
Seq A exon
GTATGTTACTGTAGTTCATCTCAACTTTGTTGGGAGCCATTTTCATGCAAATATGATGATGATTGTGTCGAATAAGATGATTTTTCTGTCGTAAAACGACGACGTATACTGCTATCGGCTTCAACTGTACTCATGACGAAGCTGCAGAGCCATAGGCCTGCATGTGCTCGGCTTGTTTCACGAGCAATCTGCTCACCAGATCACTTTTTTCGCGTGATTCACGCATTTAAAAGCTGCATTTATTTTATATGAGATGCACTGACCACGTTAACACTCAATCCAGACTAAAAAGCTACCATTAAACCGACTGACGGGCGATCTTGCAGTTTCGCAATGGGAGCGTTATAGTTTGTTTATGTTAGGTATGTAACCCTTCACGACAAGTCGGTTACTTCACTGTGCGTTTCAGCAGCTGTTTTAACCATGTTAGGTAAAGTTTGTTTTATATTTGCACATTTTAGAAAATTTTGTTTACCAATATTGGCATATTGTTTATTTTCCTATGATTATATTAAACTATAGTTGGTCTAAAATCATATGCATGACTTCAAATTAACATTAGCACTATTTACTTTGCCATTGGATGCTAATGTGATTTAGAATTAGCAAATAATACTTTTTCTGAAATTCTTTTTTTAAGAAGAAACTCCGAATGTGCTAATATAATACCAACTTTACTTCAATAGAAATTATGTGACTCAAGATCTGCAGATGGATCCCCATTACTGTGAATGGGGAAATGCAGGAGAGAATGGATTGCAACATCACATTGTTTTTATATGTCTGTCTTCTAATTTTGCAGCAGATTGCTCCTGTTTAGTGCAGAGGTTAATGTTTAACACAGGACATGTGTAGGCCTGCTATCTGAAATGGCTGCTTGCTGTGTGAGGCGGCCTATTAATGTATTGTGGACATGTTGTGTTCAGTCGCTGGATGGCGGCCTTTCTATTCCTGTATTTTTTCTTTAAAGGGGTGGTCCAGAATGTTATTTTTAAGGCTTGGTTGTGTTAATAAGATGCAAAGCAATGTGTGCTCATGTTTAACTTGAAGGAAATCGTGTTATTTTTTCATAAATCTCACTTTGATTATACACAGCTACTCAGCTAACATGAAAACGACTGTCATATTTCCTAGTTCCTCTAAAAGGCCCACCCTCAAGTGACTCTGATTGGTCATCATCATAATATGCTGTGATACGCCGATCGGCTTCACGTCACGCCCTGACAAGCACGCGCGTTTTGTGTAAACAGTCAGTCAGTCAGTCAACACGTGTCTGTAACGAGTGAAAATGGGATGCGGCTCCTTTAACTGTTTCTGTGCCTTTTAGTGTGTTTATGCGTGTATACGATGAAGTATTTGTAACACGAGAAGCGCATGTGCGCGGGAGAGATTTTTATTGTTCTTTTTCTCTCATGCTCGGATTAAGTTATTTTCTGTGGTGACAGAATAAAGCACAAGATGTGAGATGAGACCTTTGTGAGCCTGGATTGATTTGTTTTTGATGTTACACTCCAGTTGGGAAATCATTGCTGTATTTTTTTTAAATCAATGCGTTACAGGACGTCTTTCATGCATATGCGGAATATGCCTGTGTAAGTAAACATGAATCGTTCACATATCTTTTGCGACTTTATTGTCCGAGTTGTAAAACGCATAGCATAGCTGCCTATAGAGAGAAATTCTGCCGTCTCACACAGAGAGACGCAGGTGCTGGCCAAGAGTGCGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGCGTTTACAGCCGTTTGATAAATATGGATTTGTAACGTTAGCTAAGTCGTTAGCGGTTACCATAATTTCCCGTTGTTTACATCTTTGCTACAACACACCGTTAAAGTTAGACACTGTACATGTCATGATCAATTTTAACAAATAAAAACACTTACAGGTCATGACTCAGAGTTCACAGCGTCTCCTTGCTCCATCTTTGAGGAGATTTTAACTGAATCCAGCACTGAACTGGGAGAGATTCTGGAAGCTGTGTTTTGTCAAATCATGCTTGCTATGTATTTTATAGTTCTCTGGAACATAATTAATATTGAACTGTAAGCACTTCTGTGTTTGGGTCGTGTCATTTGGAAGCCCAACAACAGAAACAGAACAGCTCTGTGGAAACAGCAGGATGGCATTTCTCTCTCTGCAGTAACGTTACAGCGCCTCTGGCCACGGCCTTTACCTGCGCAGTGTGGGATGCGCAATAACGAACTTTTGTGATCTCACAGGGGGCGGAAGTATTTTTTGTAGTCCCCAAAATTCGTTAATTGTAGGCGTTGCTAAGCTAACTCTGTACAAATCAAGGTCTCCCTTTGCATTAAACTTTGAATATTTTACATTCAGAGATGCTGTTTATGTTCACACAGCTACATTACACATCAACTGAAGTTTAAAATATAATATCGTAGTGGACCACCCCTTTAAGAAAAGTCCTGCAAAGTCATGACAGTAAATCCAATACATACCCCGAGACTATTGGCCTTGCAGTTTCACAGTTTAAAATGGTTTCATGTTTAAAATTCAGTAATTAAAAAAAAAATGTGTTCAGAAATTATCAGCTTACATTAAAGGAATATGAAAAGTCAAGATAAAATTAAACCTTAACGATTAACATTGTACAGAATTAGCACAGGTTTTCTTCATGAGTAAGTGTTTTTAGAATATTTTGTAAAAATGTAATATATGTTGAGGAGTGAAGGCCCTGAAATACCCACAGTGAAGACCTTAAGTGTAAATGTAAGAATATATTTGAAATACCTGATCAGCAATGTATCCTTATGTACCCCAATGCCACCTTTTTTACTTTGATGTTGTTTGAAAGGACATCACACCATTTAGGTTTTTTTTTTAGTTTTTTTTTTCTTGAGGTGTATTGGGGATTATAATTACTGAATGACTGAAGTTGGTTTTTTAATTGAAGTTTGCAGGTTTAAAAAAAGCTTAACCACAGACTGGACAAATTCAGAATAAGGTCAAAAACATGCATTGATCATTAACAAATTTAAATAAGTTTAATATAAGTTTAATCTCTATTTTACTGCAAGTTATTCAAGTTTATAGCAATGATGCCAAATAAAGAAAAAGAGTAATTTTCTTGCAGGATATATTTGTCCTACTGAATATTTTTTATTACTTTTTCATAACTTGGAATTATATGATGAAGGTAGTAATTGTTGTTTCCTGTTGACTTAACAGTTTTATTTTGTATTTTATTGTTTCTTGACAAATTTACTTTTAAAGAAAGTTAACATAAAAATGCTAGATTGAAATGCAATTCACAACATCATATTTACTTGGTGCTTCTTAAAGCATCATAAGGCCAAGCAAACATTTAGGTGCAATTTGTCCTTTTTTTTTTCTTTTTGGAGAAAAAATTATTTATATAACAATTTTTGTACATACAGAGAAAATCAATTTAGTATCTTTCTTATTTTTTACATTGTTCGTGAAGATGAGTCACCCTTGTTGACAGGGATGGACAATATTGACCATCCAGACGGTTTCATTCTGAAAAACCAGTATTGATATAAAAAGGATAACTTACCTCTCAGGTTATTAATAATTAGCAGTTGTTTAATGTCTAAAATAGTCTGGCCTATGATGTTGTTCTGTCTTAAGGCATGTTCGTCCTTCCCTGTTCACATTTAGGCAAAAAAAGGAAAGAAAACCACTAAAATCCATGCATGAAAATGTAAAGATACTCCTAAACTGTGATATTGTTTTCCTTTGTCTGTCTTGTCTTTTTTGCTTGCTGTTTTTCTTCTTCAGTGAAGACATGGAAACCTGTTTAAATCCCTTGAAGCTGGAGATTTGAGAGTATATGACAGAAGGGGAAAATGGGCGCAGCCGTTTTACAGTTTTTGTATGAGGACCTGACGACGGCAAGCCAGTAATCCATTTTGTGTGTTTTTCCCCCTAATTTTTCCAG
Seq C2 exon
CTTTTCGTTGTTCTTGGAAAGTTGCGTGCACCCTGTTCCAAATTCCGTGAGACATTTTGGGAATCTGCCCATCTTAAGCCCTGTCTCCCTGCAGTTGGCACAGATAAAGACTCAGTTGGCACTGCACCAGCTGAATGCAATTGTTGGCACAAGTGTCACTCCGGCTGCAGTTCCTACAGCTGCTTTGACCTTGCTCAACTTGCTTAAGGTCACTATGTCGCATCCATTATACAATCCTCGTGGAGGACCTTTCCCCAGCGGTCAAAGACCCATCGTGCCCAGCCAATATGGTCTTGTGTCACAGCCTCGAATGGAGATGGGTGCAGCCCGTCTTGGCCCAGGTACCATGTCTGGTTCTCGTGCAGGATTGTTGGGCAGCTCGCCCTTCTCAATGGGACAAGGTCAGTCGCAGATTTCAACAGAAATCGAAGCTGCCATTGACCGTAACCTTCGGGGAGCCCGTGAGGAAGTGCGCATTATTTCGCAAATGCTCCAGCAACCCAAAAAAGCAGATCCTCGTCTGAGAAACGATTCCATGGATGAAGTGCTTTCCTCCAGGGGCAGCGGGTTTTCAGGGTCTTCGAGATCAGATGAGGTGGACTGGTCCATGTACCAAGCCCCAAGCAAGCTCTTTTCATCAAGCATGGAGCGCCCTTCCAGTTCCTCACCGGTGTTCAAGTCTGCAGGTTTTGGTGGAGGACCAAGTGGTTTGAGCAGCCAACGTCCGCCGGAACAGCGACCAAATCGCTACACTTCGGAAAGTGCCACCAGCATCCTAGCAAGCTTTGGACTTTCTAATGAAGACCTAGAACTTCTAAGCCACTACCCAGATGATCAGCTGACTCCTGACAACCTACCGTTTATTTTACGGGACATTCGTATGCGTAAGGTGAAGAGGGATGTTGATGAGAGACCAGACTACAATAAAGTCATTGACTATGGACATTCTAGAAAATTTGACTATCCTGAGGAGAGCTCAGAAAGTTACGCGACTGAACACCTTCCTAAAGAGACTCCAAAGTATGCTAGTAAGGTCTCCAGACCAGCCTTCACTGCTAGTAACATCACAAAGCAACCTCAGATGTGCCAATCAGGTCCAGGCCCCATACATGTTTCAGAGCTTCATAAACCTTCACCAGTTGATCCGAGACCCACTAAGACGATCCCAGCGAGACCACCTGCTTCCCAGCCTGCTCTGACACCTTCCAGTCGACCTCCTCTCCAGGTACCATCTCAGCTTGGTGTTCTTCCTATGATGTCTGTTGATGACATGCCTGGAGGTCCCAACTGGATCCCGTTCCTGTCGCCACCAGTCAGCATGCCCCCAATGAAGAGGCTACCGACTCCAACCATGATGAATGATTACTCTGCAGCTACTCCAAGAATCTTTCCTCATACATGCTCTCTATGTAACATTGAATGTGTCCAGATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104169:ENSDART00000160936:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.828
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]