DreINT0023644 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100524 | abca3b
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-2]
Coordinates
chr3:12529848-12537319:+
Coord C1 exon
chr3:12529848-12529982
Coord A exon
chr3:12529983-12537124
Coord C2 exon
chr3:12537125-12537319
Length
7142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAC
5' ss Score
7.56
3' ss Seq
ATCTGTGTTTGTCTCACTAGATG
3' ss Score
10.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCTGCTGTTAGCAGAAGAAGCTCTTCAACCTGAGGACCGAGACGTTGCAGAGGAGAGGAAGAGGGTTTTAGAGTGTCAGCCGGTGGTGGAGTCTATGGTGGGCAGCCCGCTCGTTGTACAGGAGCTCAGCAAG
Seq A exon
GTACACTTCTTCAACAGTGTTTAGCTACATCCTAAAGACCAAAAGTTCTATGTAATCTATATTGTCTGACAGTTTGACCATTGTAAATAACCTGATTCCATCGTTCTTATATAGTCAAATAGCACATAGATATTTATTGATTTTAAAGACTAACATTATTATTATTTATTTGACATGGACAGCATTTGTTTAGGTGTTTTAGCTGATTTGCTAATTCTTTACACCTGTCCAAGTGAGGCTTGACATATAATGAAAATATAATAGATACATATACACAACATCATAATTCTTCACATGAAATTACTATAAGGCAAGGCAAGGCAAGGCAAGGCAAGGCAAGTTTATTTATATAGCACATTTCATACACAGTGGCAATTCAAAGTGCTTTACATAAACAGGAATAAAAAAGACAAGTTTAGGAACATAAAATGTAGACAATAGACAATAAAAATTATTAAAAACAGATAAAAACAAATTAAAATGAGTTAAAATAGGTTATAAAAGAATGAAAAGGAAAACGAAAAACATAATAGTGCGATCTGTCGGACGCAGCACAGTGCTCATTCAGTAAAGGCACAGCTAAACAGATGTGTTTTCAGTCTTGATTTGAATGTGCCTAATGTTGGAGCACATCTGATCATTTCTGGAAGCTGATTCCAGCAGCGAGGGGCGTAGTGGCTGAAGGCAGATTTACCCTGCTTAGATTGAACTCTTGGAACTTCTAGTTTATATGATCCTAAAGATCTGAGTGATCTGTTAGGTTTGTATTCAGTGAGCATATCTGTAATGTATTGAGGTCCTTGGCCATTTAGTGATTTATAGACCAGTAATAATACTTTAAAATCTATTCTGAATGTAACTGGCAGCCAGTGTAGAGACCTGAGGACAGGTGTGATGTGCTCTGATTTCCTGCTTCTGGTCAGAATTCTGGCTGCAGCATTCTGGATGAGCTGCAAGTGTCTGACTGTCTTTTTGGGAAGGCCAGTGAGGAGTCCATTACAGTAATCCACCCTGCTACTGATAAAAGCATGAACAAGTTTTTCTAAATCTTCACTAGAAACAAAGCATCTGATTCTTGCTATGTTTTTGAGATGATAGTATGCTGATTTACTGACTGCTTTGACATGACTGTTGAAACTCAGATCTGACTCCAGCGTCACACCAAGATTCTTGACCTTATTTTTTGTCGTTTGACCTTTAGAGCCTAGGTACGCATTCACCTTGAGAACCTCATCTCTGTTCCCAAACGCAATGATTTCAGTTTTCTCTTTGTTTAACTGAAGAAAGTTTTGGCACATCCAATTTTTAATTTCATCAATACATTGGCAGAGGGTGTCAATGGGGCTGTAGTCATTAGGCACTAAGGCTAGGTAGATCTGAGTGTCATCAGCATAGCTGTGGTAGGAGATTTGATTCTTTCTCATTATTTGGCTCAGAGGGAGCATGTAAAGGTTGAACAGGAGAGGTGCCAGAATCGAGCCTTGTGGGACTCCACATGTCATGGGTGTCCACCTCGACCTATGATCACCTATACTGACATAGTAACCTCTCCCTTCAAGGTAAGATCTGAACCATTTGAGGACTGTCCCAGACAGCCCAACCCAGTTTTCCAGCCTATCCAGAAGTATGCTGTGGTCGACAGTGTCAAATGCAGCACTGAGATCGAGCAATACCAACACTGTTATTTTACCTGAATCTGTGTTTAGACGTATATCATTGATTATCTTTATAAGAGCGCTCTCTGTACTGTGATGTCCTCTGAAACCAGATTGAAAATTGTCTAAACACCCCCTGAAGTTTAAGAACTTGTTAACCTGGTTGAAAACAACCTTTTCAATGATTTTGCCAATGAAAGGGAGATTTGAGATTGGCCTGTAATTGCTCAATAGGGTGTTATCCAGGTTGCTCTTCTTCAAGAGGGGTTTAACAACTGCAGTTTTAAGTGAGTTTGGAAAAATCCCTGATAGAAGTGAAGCATTTACCACTTTTAGAAGATCCATTTCTAAACAGGTAAACACCGTTTTGAAGAATGATGTGGGGAGCGTGTCAAGACTGCAGGTTGATGTTTTTATAATTTGCACCATCTCTTCTAAGATTTTACCGTTAATTGCCATGAAATCAGACATAATGTCTGACTTCTCAAGTTGTGGTTGAGTTTGTTTGATATTGACACAACTTGGCTGATTGGATGAGCTGATTGCCTTTCTGATATTATTGATCTTATCAGTAAAAAAATTAGCAAATTCGTTACAATTGCTTACAGAGAGGAGCTCACTGGGAATCCGACTGGGGGGGTTTGTGAGCCTCTCTACTGTTGCAAAGAGTGTGCGAGCATTATTTACATTGTTGTTTATAAGGTTTGAAAAGAAAGTCTGTCTAGCAGTTTTTAGTTCCACATTAAAAGCCTGAAGACTGTCTTTATAGATATTATAATGGACTACTAGTTTCGTCTTTCTCCACATACGCTCAGCTTTCCTGCATTGTCTTTTCTTCATTTGGACTGCTCTTGAGTTTCTCCAAGGGACTCTCTCTTTGCCAGTTCTCTTCCTAACTTTAACAGGAGCGATGTCATTTATTACATTTTCAATTTTAGAATTAAACAAATCAAGGAGAGAATCAACAGAGTCTGCAGATATACTTGGTGCTAGCGATATGGCCTTCATAAACTGCTCACTAGTGTTCTCATTTATGCATCTCTTTCTGACAGAGACAGATCTGTCTTTAATAGCTGGAGTGATCAATATATCAAAGAAAATACAGAAATGATCAGATAGTGCCACATCCTTAACAACAGTCGATGAAATGTGTAAACCCTTAGTTATAAGTAGATCAAGAGTGTGTCCACGATTGTGTGTGGGTCCTTGAACATGCTGAGTCAGATCAAAAGTGTTAAAAACAGTCATCAGTTCTTTTACAGCATTGATTTCTGGATTATCTATATGAATATTAAAATCCCCAGCAATAGTAAAATGATCATATTCAGATGTTACTATTGATAACAGCTCTGTAAAATCCTCAATAAAAGCTGGAGAATATTTTGGAGGTCTGTAGATAATGATTAGTAAGATGCGTGGAGACCCTTTTAGTGCTATACTCAGATATTCAAAAGACAAATAGTCACCAAATGACACTTGTTTACATTCATAGACATCTTTAAACAGGGCAGCGATGCCTCCACCTCTCCTATTAGCTCTGCAAACACTCAAAAAGGCAAAGTTTAAAGGAGCTGCTTCATTCAGAACTGCTGCGCTACAACTGTCATCTAGCCAAGTTTCATTTAAAAGCATAAAATCAAGGCAATTTGTGTTGATAAAATCATTGACTAAAAGTGACTTATTATTGAGTGATCTGATGTTTAGAAGTGCTAACTTAACAGTTTTAGTCGTTTTCACTACAGAAGTCTCAGATATACATTTAATAGACACCAGATTTGAATGATTTGCTATACGGTCTGAAAGAGTCTTTGGTTTTCTGTCACGTAATAAGACACATATCTGCGTAGAGAAAGCTACTGACACACTGGGTTCCTGCTTGTTCTGTAAACATCTGATAAAGACACTGTTATCTAAGCAGGCCCCCGAGACACATCAATGGCAGTTTTTAAGTTCACCAGCTAAAGATGAGGTGTTTTTTGGGACCTGGCGCTGTCGCAAAGACCTGAGGCCTTTCCTAGGTGTAGGGCGAGGTGGGCTTAGAGATGGGCGTGTGGCTTGCTGACTTTTGGTTGCTAACTGGGGGCTAGCAGCAATGGAGTGTGAGAGTTTAGTTCCAGCACACACCAGTTCCTCCATCTTTTTTGAAAAATCCAAGAGAGGCGAGCAAGATGACAATGAGAACGTGTCCGGTGACAGAGGCTGTGTGTCCGGTGACAGAGGCTGTGGGTCTGGGGTTTCTGGCTGCTGAGATATGTTTACCTGGCTGTTTTCCTGGGGATCATCAATGAGTGCTGAGACTTGATGCTGTTCTGATGCATCACAGTCTGCCTGTGTTGAGCTCAGTGTGCAGGGTGCAGACGGCAGTTTGTCCGTTATCGGCGGTTGTTGTGGCTGCGTGGTGTTATCTCTGTCCTTGTAGGATGCGTCAGCCACAAGTCCACTCAGGAGCTGATTTGAAGTCCTGTGGTCATCCGGACATTTGCTAGGTGTGTGTGTGTCATTCAGTTCAGTGGCATACACAGCTGATGGATGATGGAGGGAGAAGAGGATGTTGTCTTTCAGCACTTTTGCACCAAGCTTGTTTGGATGAAGGCCGTCTGATGTAAACAGCTGTCTTTGGTTCCAGAAGAGATTGAAGTTGTCGATGAAATTCAGTCTTTTCATGTTACATGTTTTCTGCAGCCATGCATTTAGACCAAGGAGCCTTGAAAACATATTTGTCCCTCTTGCAGGGAGTGGTCCACTGATGAACGGCTGAATTTTCAATCTTTCAACTGTTTCCAAAAGCTTACAGAAATCTCTCTTGAGCAGTTCTGACTGCTCCTTCCGAATATCATTCTTCCCCACATGGATGATAATCCGTTTTGCAGTCTCATGTTTCCTTAATATGTTCTCAAGTTCTTTATTTATATCAGAAACTGTAGCATGAGGAAAGCAGTATGTCATGGTATCTCTGCTCCTAAAATTTTTGATTATTGAGTCTCCAACAATCAGTGTTCTTATCTCTGTTGCGATCGGAGCAGAATGCCGCTGTCTAGTCGGCCTTGAGCCTCTGTTCAGAGCAAAGTTAATTGCTGAGTCATGCGATCTCTGTCTAACTGCATTTGGGGAATCTTCACCCATATTACTCAAAACTTCATATCTGTTCTGAAGCTGTATTTGAGTCCGAGCTGTATTTGGGGTAGAGAACGCTAATGCAGCAGCGTATGACCTTCGTGATCTGACCCCACGAGTACCCTTTGGTCTCGCACCTTGTTTATGCCATAGTTCACGCTGATTTTCAACAGTTTCAATCTGTTTTTCTGTTCTCAAAACAGTAGCTGGAGTAGATTTATAGGGCTTACC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Seq C2 exon
ATGTATTCAGGTGGGCAGTCGCTGTTAGCAGTGGACCGTCTCTCATTGGCCGTTGGGAAGGGCGAGTGCTTTGGTTTGCTGGGATTTAATGGAGCGGGGAAAACTACAACATTCAAAATGCTGACGGGAGATGAAAGCATCACTTCAGGGGACGCGTTCATTGATGGCTACAGCATCCTTACAGATGTCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100524:ENSDART00000165980:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=PU(37.2=83.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]