DreINT0023677 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062661 | abca4b
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 4b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-4]
Coordinates
chr2:15593984-15598721:+
Coord C1 exon
chr2:15593984-15594123
Coord A exon
chr2:15594124-15598583
Coord C2 exon
chr2:15598584-15598721
Length
4460 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGGGT
5' ss Score
7.85
3' ss Seq
TGTGTACTGACCCTCTTTAGGTG
3' ss Score
9.05
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTGACGGTGGAGGAGCATATTCTCTTCTACTCTCTGATGAAGGGCCGTGAACACAAGGAGGCCGAGCAGGAGGTCGAGAACATGCTGGAGGACTTGGGGCTGCCTCATAAACGGGATGAGGAAGCACAGAACCTCTCCG
Seq A exon
GTGGGTCTGATTATACACCTGAGACCATAATCTAGTAATTTATAATCTCTTATTAAGGGGTCTTACAGTTTGCCTGCCTTAGGATCTGTGTTTTGGAGTGATACTTAAGAACACAAGGAGGCAGGGGGTACTATATCTAAGCCTCTTATATGAAGCTGATCTGATTTAGGGAGATAAAATGAAGCTTCTGTTTGGGTAGACATAGAAATCCTCTGTCTTTATTCATAATGATGATCAGTCTGAGGTAAACGCAAGTGTGTTTGGACAGTACTGTTCTGTCTAAAAGCCCTGTTTAAATGTCAATAGGACCTGTAGCTAAAAAAAACCAACAAAAAAGATAATAATAATAAATAATAATAATAATAATAAGCAGGAAAAAACAGCAAAAACATCCATGTTAAATACTGAAGTATGTTGTACTACAAACAAGGAGAAGAAGACTAGTCTAACACAGATAATTGTAGTACATTTCCTTTTTAGTGGTCTAAAAAGATCAAACTGCAGTGTGTCTAATGAGGTAAATTCAAAAAAGGTAAAGGAAATATACAAATACATTGCTAGCACAAAAAGCTGTTGCATACAGAAACAAACATTAGTATATAAAAATGTAATTACTACTGAGGTAAAATAAACAAATATATTCAAAATAAATTTAAATATTTTAAACATACAAATAGTGTAAGAAATTGTAAAACAAATCTGTGCAAAATTTATAAAAAATACAAACCAAAAGCTTATTCTTAAGTGCTCATAAAAAATTACATAAAATAATTCCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAATCATGAAGGTTATTGACATAAGGATACATTTTTTATTTAGTGAAGATCCATTAACCTTATCAAAAGGAACAGCAACTGCATTTTTAGTGTTACAAAACATTAAATAAATGTTGTTCTTTTGAACTTTCTATTTTTCAAAATTCTGAAAAAGTAAATCGTCAGGTCAAGTAACAGATCAGTATTGTTTAATCAGTGGTTCTCAAAGTGGGGTCGGGACCCCCGAGGGGTCGCGTGACAAAATAGGGGGGGTCGCCTGGTGATTTCCAAAAATCTATTTATTTTTTTCAAACCATATTAATTACCATAAGTTATCTATAACCTACTGAAGAGAAAAAAAAGTTATATAGTTTATAGTTACTATATACTTTATAGTTACTATGTAGTTACTATAATAGCTTATAGTTACTAGTTCTATGGGGTTGTGACCCCTGGGGTAATAACATTATATTAAAGACACAGCAATATCGTCAGATGCAGCAGATTGATTTTATAACACCAGGTTAAACTTTCTGGCCCATTTACAGCATTGATATACATTAAAAAATAAAAAGAAGAATAGATTTGGGTATATTAGTGTGTGTGTGTGCACCATTGCATTTATGACCACTGTATATATAACCACCTCAGAGGATATTGGGGGTCGCGACTCGAGTCACTGGCGGCAGGCACTTTTTTCCAGGGGTTTCAGTACAGCGTAACCGCTACTGCGTCATCGGGTGGGCGTGGCCTATCTGTGAATTTGCATAGGTCACGGATCATGCGCAGATTGTGAAAACAGCCGTTTGATTCAGATACCTGTACGTATTGCAGGGGTTTCGTGTCAAATGCCTTTTATATGCAGTACTAAATAGCTGTCCTGATCGCAGGTGTTTCATGTGAAGTCAGTGAATGTTATATTAAACAAATTAACTTAAGATACCTCTCAGATTACATTAATACTGTTATAACTTAAGATACCTGTCCCGATCCCACGGCTTTTGTGCCAAAAACTTTATATATACATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTTTATATATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCTCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCTTGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTAGTTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTATATACATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATATATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATATATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTATATACATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCTCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCTCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTATATATATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATATATTAACATCAAATACCTGTCCTGATCCCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTATATATATTAACATCAAATACCTGTCCTGATCCCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATATATTAACATCAAATACCTGTCCTGATCCCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTATATGTATTAACATCAAATACCTGTCCTGATCCCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTATATACATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGGGTTTTATGTATGATCACTTTTATATTAGTTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGTTGTTTTGTGTATGATGACTTTAAATAAAAATAGAAAATAAATATGAGTTATGTTAATTAACTAAGATCGAGAAAGAAAAATTAACCACGATTTATTACAGAAAATGTGGTATTTATTTGTTTAAACATGACTGAATACCATATTTTAAACTACAAAAACACGGTTAATCTTACCACAACCATTATTATTTGGTTTAAAATGGAAGTACAAAAGCCCAGAGACAGTAAAACGGAGTAAAACGAGGTCAGCCGTTTTTGCTAATGAAATCTTTAAAATATAACATTATAAAAACAAAAAAATAACCTGTATGATTGTTTTTTTCCTCGTTATCCACCGCGGTAGGTTCTTTATCCATAATCATCCTGTTTGAAATGACCGCGCTAAAAAAGAACCTGTACTGCGCATGATCGGTGACCTCTCAGTATTGTTTTTTTTTAAGGGGGCGTTTCCCAAACACCGACCGAGCCACGCCCATTTTACGTCGTGGTAATGAAACCCCTGGAATTTAGTGCATGCCAGTCACTGGCATTGTCATTTTGGGGGTCGCTGGCTGAAAAAGTTTGGGAACCGCTGGTTTAAACGATTCATGACTTTTCCTTGACAATAGATCATTCTTTAATTGTTTTAGTGGTCTTTTTTGTACTTTAGTATAACTGTTACCACTTATAATAATTCCGTTTCATTTTCAACAAACCCACTACAACTGCTATTATTAAATGATACAAAATGGATGACAGAATGTCGTTTTTTGGGTGAACTGTCCCTTTAATGTCCTACAACTGCTACTTGGTCTCATTGTTGATTCTTAATTTCTCAAACTTGCTGTTATTTTTCAAATTAGCTATTTTATTTCTCATAAATGGTGGCTTTATTTCTATATAAACTATAGATCTGCTGCTATGACTTCATATAACTATAGGCCTATCTAAGAACTAAATCTTTATACAATGGACTTGCATGGTTGGTAACTGCCAAATGCAAACGTTTATTTTTGACATCCATATCAGGGACAACAATGGCACAGTTCAACTGCAATGTCATTTGATCTTAAATATCCCTGATGGTTTTACTTTTTTTTGCGTCTTTTCATTTAGTTTTTCCAGTTTAATGTGCTGCATGTGCAATTATTTGTGCAAGAGTAAAAACATCAAGCATTAATGTCAGTGTCTTAATAAACTTTTTGTGTACTGACCCTCTTTAG
Seq C2 exon
GTGGTATGCAGAGGAAGCTGTCAGTGGCGATGGCTTTCGTTGGAGGCTCTAGGGTGGTGATACTGGATGAGCCGACCTCAGGTGTAGATCCTTACTCCAGACGCTCCATTTGGGACCTGCTCCTCAAATACCGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062661:ENSDART00000144171:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.438 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000522=ABC_tran=FE(32.4=100)
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=PD(17.9=55.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]