DreINT0024624 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013841 | abl2
Description
c-abl oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020809-2]
Coordinates
chr8:14923499-14930580:+
Coord C1 exon
chr8:14923499-14923663
Coord A exon
chr8:14923664-14930284
Coord C2 exon
chr8:14930285-14930580
Length
6621 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTTTTTTTTTGGGATTGCAGGAG
3' ss Score
6.16
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGCCCTGCACAGGCCGTTTGGACTGGACTCGACGGCGCTGACGGAGGCGGTGCGCTGGAGCTCCAAGGAGAATCTGCTGGGTGCTGCTGAAAGTGACCCCAACCTTTTTGTGGCACTTTACGACTTTGTTGCCAGTGGTGACAACACACTAAGCATCACGAAAG
Seq A exon
GTATGATGTGAAGGAGACGAGTAGTTGCACAATAAATTGTGGTTGGTACAAGTGTGCCGCAAGCCTACGTTTGAGTGAAGGTTTCGGCCGTTAGATCGCCCCCTGGGGGCTGGCTGCAGTACAAGTCATAAAGCCCGCCTCCTCCGTGTTAATGAAGGAGACTTGAGCCCAAATAAAAAAAAATATTACACTTGCAATAAAATGTCCCGAAAGATAGTTCTGGTCGATTAAGGCACTGGTTATTGTGCTGAAATAGGTGCAGATCTTCATTTTTGTAAACAGTTTGTTTTTAGCAGTAATTTAATGCTGGGTGTGTCATCGTGATTGACAGCGGTGATTGACAGTTTCTCAAAGCGCGGCGTCTGAGCTTCGGCAGGAGACTGAAGTAGACTGAAATGTTATTATTCGATTTCTGTGTTATTTTACCATGACAAAATGAGTTCAGCAGTAAACTATAGTTTCTGACATACATGATCCTGGTGGAACACTGTTTATTCGCTAAGTTCAGGGCTTTTTTCGGGCTTTATTAGTTTGCTGATACACGCCTAACCACCCAGATAGCAAAACACAGTTCCGGCTAGATTCTCGCCTGCCGGAGACTTATCTCTTAGAGCTCAGACTGACTAATGTTACCTCTGCTGGACCTACTCCGGATGCCTGGACTTACTACCCAATTCCAGCCCGAGTCAATCGAGCCAGATGCGGCGGCCGAGCGAGCAGGCGCTGCCGCATGCGAGCCGGAATCAGCCCGCGACGCCGCGAGTAAGTTATGCGCTGCGGCCTGGAGCTGGCGCGATTAAATATATAAAACCCTCATATTTGTTAACGTTATTACATCCATTTGTGTTGATATGACAGCAAACGCATGCTGAGAAGTTCGGGGGGCGTAGTTGATTTTACATAAAGCGTTTGGTTGGAAGCTCGACTCCGCTCATTTTCGCGGCTCCTCCTCTGGCTCCATCAGACAATCCTTCTGCGCATGTCTGGCTCCAATTTCAGCAGTCTTTTGCGACAGTTTGTGCCCGTCAAGCAGGCGTTTTGCCCTCAAGGCGTTCAATGGGAAAAAGGGCTGTCGCGTCGTCCATATTTTTTACAGTCATTGGCTTGGTATCATTGTACACTTTAACCCATGGGTGTCCAAACTCAGTTCTAGAGGGCCGGTGTCCTGCAAAGTTTAGCTCCAACTTGCTTCAACACACCTGCCAGGAAGTTTCTACTATATCTAGTTGGAGTGTAATTAGCTGGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAACTCTCTAGAACACCGGCCCTCCAGGACCGAGATTGAAGACTACTGCTTTAACCGTTTGTTCTCTATTTTATATTTTCTGCAACATGGCACTGCACAGTGTGTTGCTGTCTTCAGAGAATGTAGTTAAGAGGTTTCTCATTATTTATTTATATGTGTTAATCAGTGGGCGGAGCTAAAAGGCAGTCTTGTTGTATGGAGGCAGGATTTAGCTACTAAAGTTGCACATTCAAGCAGTGTTGCCAGCTTAGCAAATTTGTCGCTTTGTTTAGCGACTTTTTAGACCCTCTAAGTAACAAATTTTCAAAAGAGCGACTAGCGACAAATCTAGCGACTTTTTTGGGTGTTACTTGAGATTTTAATAGATTCTCATGTGCCCATACTGTATCGTTTCTACTCTTCTCAAGAAGCTGCGGGTGATACCGTCGGCCCCTCCTCTGCCTCAGAGCACTGACAGGGTAAAGTCTAGATCTGATACACGGCCGGCCGGAAGTGTGATATGCACATCAATTATAGCAGCATTTTTATGAATCTGTATAACAATAATTCATATTTTACATTACTGTGATGGTTGGGCGGGGGGTAAACATTAATAAAATACAATTAATGGGAGATTTATTAAATAATATAAATAATTCTTATTAACTTCCAGCCGCAACCATATTCAATCTAGCAATCTACCACAGTCTCTCCCACCTGCAGGCCGAGAGCAGATCACTCCTCTGCGTACTGACGGCAAATGATTTAGCACCGTGAGTGTGAAGGTATTTCCCTTGTACAGTCAAACCGATCTGCTGCTTCTTTGTTTTAAATTTAACCGTTTAATTTGACTGTTTATTCTTTTCTTGTTCACAATCACAGATATTTTAGTAAGTTTCAAAACTTGTCTGAGTTTATTACGTCAGAGAGATTACCGCAAATTCACTACACATCTATTCTGATATACCGTATTCAAACAGCAATACATTTCGTTAAATTGACATGATAACATAAAGCAAAGTGCAGATATAAATACCCCTATATTGACCATTGGCTGTTAAACAGAAACGGTAAGACGTGATGACATCAGTAATATGCAAATTGGCATATGACATAATCTAGCTACTTTTCGGGCAGAGCTTAGCACCTTTTCATTGTAAATAGTTGGCAGCACTGCATTCAATGTGTCGTTTTGGCAGAATGGCTTCAAAATAAACTTTTAAACTAGCAAAAAGTTTTGACTTGATCATACAGTGACCTTTTATCAATTTAAAGATCATTGGAATTTTGATTTCTTCATTCACGCTTCCCTTTAAAACTGAAATAAACCAGGCCCGGAGAGTGTTTCATAAATGTTATTGATGACTTCCTTGTTATAACAAGGACACAGTGCCATTATCCTTCCTCTTCTCTCCATTCACACTCCTTCCTCTTCTCTTTACTTCAGTTCTTCTTTTTTTCCTCTTCCTAGCAGCAGTTAGTAGGATCAAAGCCCAAAGAACCAGGCTAAAAATGAAAGCGGATGCCAAACTTTGTGTTGTGCTCAGCCAAGCAGCGAGAACACATGGACTGCAACCTCTTCAACACCCACAGCTCTTTCTAGAGTGTTATAATAGAGTTTGGAACATGAGTCAGGCGGTTAAACGCTCAGATGCTCCATGCTGAACTGCTACCACTAACGCTAATGCCCGTTTTGAAGTGTAATCCCATCAGCTGGGTGAAAAGCAGGTGGGTAAACACAGACTAGCCTGAGAGAAGAAAGTTCAGAGCAAGGGAGTTAGCGCTTTGCTTGTTCTGTCTGAAGTACCCACTAATGGCCGGTAATGTAATGTCGTCTGGTTGGCACCGATGCATCAGTCTCTTCTTGTCTTGTCGTGTGGGCCTTGTTGCCGCGCTAGTGTCGATTTGGGATTAGCATGAAAAAAAAAAGCATGTGCTGTCTGAAAGCTTGCAGGCCTGAACTGAACTTCCCTGACAGCAGGGACAGTAGCGCCCTCTACTGGACCACTGTTTAATAAGATCACAAGATTAAGAGATTAAGAAAAGACATGTATTTAATCTACTCTTAATAATCATCTTATTTTTCTTGAACACCAAAGCAGCATATTGGAGGGATTTCTGTAAAATGTGACAGTCTGCTGAAAGTTCAGCTCTAAGATATGAATGGTTTCTAAATATATTCAAACTACAAAATGGTTAAATCAATTTCTAGTAGTATTTCACAATATGTTTGCATTGTTTTGATCAAATGAATGCTGACTTGCGCTGTAAAAATGGTTTCTTACTTGGAGTTTTTGCCTTGTTTCTACTTCAAATATCTAAAAAGTTTATATATGTCAAAATTAAGTTTGTCCTTAAAACTAGCTAAATAATCTGCCATTGGGTAAGTAAATATATCTTGTCTTCAGTTTGAAAATAGAAAATTTTTCATTATTTTTCTTGTTATAAGGAAAAACTAAATTTTGACCCCTTGTTTCGGAAAAAAAATTTTTTTACTTGCCTAGAAAATGCTTCTTGATTTTAAGATTTTTTTTATATTTGCGCTAAAAATTGAGAATTATTATATTTTATTTTATTTTATTTTTCAAAAAATTTTGGGGAGTGTGGTAAGATTTTTTTAGCAACTGACCACTGGTGAATATGAATGCCAAAAATGTATACAATATTTACATTTTTATTACACTTTTATTTATAATTTACAATTGTTCCAAAAGGCATGGCGTCCACAGGGACTTATAGTCTTTTAAAATGTCATATATCTTAAACACTAGATTTTAGGCCTTTAAAAGGCTTAAATTTATACTGCAGTATTGTGTTGTAAGTAGGGCTGGGAGATTTGGCTTAAATTAAAATTTCGATTAATTGAACATTTTAACTTGATTACGGTTAATAAAAGATTATTTTATTTGTTTATTTAATTTTTTATCCCTACAGTTCCCTGACAGATTTCAAAAGTAGAACACAAGCATTACATCTTTTAAATAAAATAACTTGTACATATCCTGTAAATAAGGACCATAACCCGTGCGTTCAATGCAGAATTATAAATCAGCCTCAACAGGGAAATATTAATTGAAAAAATTTACCTGGAAAGAGTAGATCGATTATAGGTTCACTATGTCGATTTTGATTACTTTTTGATTAATTGTCCAGCCACAGTTGTCTAAATCAAGTCAAAGTCTAAATCATTTTTTAACAGGTCTTAATTTTCTTTTGTTCTTGTATTGCTAGCCAATCTGGCCATCACCCATAAAATCACCAACAATCCATCTCAATTTTTTTTTTTTACTTTTTACTTAAAATAAAAATTAACTCTATTTACCATAATGGTTTAATCATTTCCATTACAGTAATATTAGTTTAAAAGCTCTCCATGTATTTACTGCTGAGGATTCTGAGCTGACCTATATTTTTATTAGCATTATTATTGTATTGTTAACGTATTAAATTATAATTGATAATTTTTTGATAGGGCAAGTGAAAATCGTTTCCAACTGGGATACTCGGGGAAAAAAACTGTTTAGCCCTGAATAAGTCTAAATGTTCATTCATGATGGTCTTAAAAATGTTTTAAGTTATTTAAACTTGGTGAAACCTGGTTTGATGATTGGTTACAGCATTATTTTGAACAGCTGTTTGAGCTTCAACATTACACACACTACTTCCACATGCAGGAAAGGATTTGCACAGCATGTGTGCTATTTTTCTTTTCTTTTTTTTTCAAATAGCTTGATGGAGAACAGCTTA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Seq C2 exon
GAGAGAAGCTGCGAGTGTTGGGTTATAACCAGAATGGAGAATGGAGTGAAGTCCGCTCAAAGAACGGCCAGGGCTGGGTACCCAGTAACTACATCACCCCCGTAAACAGTCTGGAGAAGCACAGCTGGTACCATGGGCCCGTGTCCCGCAGCGCTGCCGAGTACCTGCTCAGTAGCTTGATCAACGGCAGCTTCCTGGTGCGGGAAAGCGAGAGCAGCCCCGGCCAGCTCTCCATCTCTCTTCGCTATGAGGGACGGGTCTATCATTACCGCATCAACACGGCCTCTGATGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013841:ENSDART00000041697:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.012 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001823=SH3_1=PU(38.3=32.1)
A:
NA
C2:
PF0001823=SH3_1=PD(59.6=28.3),PF0001719=SH2=PU(73.7=56.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]