DreINT0025823 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011188 | acvr2aa
Description
activin A receptor, type IIAa [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-227]
Coordinates
chr9:25597725-25608439:-
Coord C1 exon
chr9:25608330-25608439
Coord A exon
chr9:25597880-25608329
Coord C2 exon
chr9:25597725-25597879
Length
10450 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGG
5' ss Score
5.42
3' ss Seq
GTTGTTTTTTCTCTCATCAGCGA
3' ss Score
7.53
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTGAGTGTGTGGAGAAGAAGGAGGACCCAGATGTGTTCTTCTGCTGCTGTGAGGGCAATATGTGCAACGAGAAGTTCTTCTACAATCCCAACACGGCGCCAGTTCAGA
Seq A exon
GTAAGGCTCCATTCAGCGACACAAAAAGCGACACAAAAGTCTTTAAGGGTATTGGAAGTTCTTCAGTTATACCCCTTCCTCTGATGTAATTGTGTCGGTGTAAATCCCTCCTATCTGTCTTTGTCTCCTCATAACCTCATTATGAAAATCATCAGATTACCTGTAAGCGCCTCTGAGGCATTTTTCATGACTGTTCATGTTAAAAGTCATAAAGAGGCTCGGTGCTTTTATTTCCTCCCTGTTCTCCTACGACCCATTTTGTGTGTTTTATATTCTGAATTACAAGGTGTGTGTTTGTTTAGCCACATTCAAGTTGAATGCATGCCTGTTTTGGTTGCTCTGTAATGATCATTATCATTAGTCTGTATTCAGTGTTGCATGCATGTTATTTATGACCATAAATCATTAATGAAAATCTTCAATTGAAACGTGCACATTAGGTTGTGAATAATATATACGCATATGCAGTTTCCCTTTTGCTGTGCCTGCATGTACCATGTATTCATTTAGCAGAACATTATAACCTATTATTGTTATGATGTTCCTATTAAGTCATGTGGTTCCCGTGAAGGCTTTTAAAGTGTGCTCTTATTGAATTTGCAACATGTTCACGGTGTCACTGATTTGAATGGTAATTATTAGTTCCGGTAAATTCATTGTGAAGGTAAAAATTGCAATTCTCCTTCAAGGCAACTTTAGGTTTTTGAAATATCAAATTACAAAAGCACTTTTAAGCTCCAGATATTAGGATTTGGTTCTATTTATTCAAATAATAATCTCTGTTGTGTTTATTCATTTGTTCAGTTAAATCTCAATTTCTTTTTAGCAAAAGCTCTGCTTATCTTGACCAGGCTACCAATGTTCACTCTTCCCCGACAAAAGCTCTGTTAATTGCTGCGCGCATTGGCTCTTATTCATATCTGCATTTCTCGTGACCACTGCACAGCTCAGTGGCTGTGGATTAATCCGCTTTTGAATGAAGGGCTTGTTGTCTGTCTCATATGTTATCTTATTGATGCAGCTCATCAGGCCTTTTCATCTTTCATAACCTTTGCTTTTACTTCATTGCGGTTGCGGCAGGTTCTTCTGTAAAATCTAAATCAATTCTTGTGATGTTTAAGCGACTGGAAGCTTTTATGAATTCAGTTGCTATTTAAGGTCCGGAAGAAAAAAACTAAGCATGCTTTTGTGAACAAGCTCAGGCACATTGGAGGGAGCTGAAGCACGGGTGAGAGTTGATCATTACGTTTCTGGTTGAAGCAGTTTTACAATAATTATGAAGTTGTTTCATAATCGTGTTCTAAAGACAGAAAGATTGGGTTGGCTTCATAACATATATCCTGTGCCTGTTATACATGCATATCTGTATACTTTATTATAGGGATTTCCTAAGCTGGTCTTAAGGATTGTTATCATGGAGTGTTCAATAAATTTTGAATGATCAGTATCTGCTCTCTTATACCTGATGATTTATTTCAATGCAGGTAAATGATGAGTGGCAACTGTGTGTGCTGGCACTGGCAAATTTGAGCTTCTGACATTTTCAATATTAGATGCGCTGTATTGTAAACAAAACATTTTAAATGATTATTCTTATTTTTAATTATTATTACAGTTTATGCTGTTGCCGTATTGTATTGCTGTAGGCTGTGTCTTGCACCTTTTAGGGTAGGCTTTTACTGGACAAGATTGCATGGCACTCACTCGCACTGCCTTTTACTGTCCAAACCCAAGCATGCTTACGTCGTCAATGATGCTACTGTTCAATAATAGGAAGAGATGCGCTCTCACTCAGGATAATGGAGATTTGCTTTAGTTATATTGTTTTGCATTATTTCGAGTCGTTTTGGATGCAATGACTCATAATTGAATCTTTTGCTGAACAGTTCCACTGCTTTTGACGCTCATCAATTTTTAAAAAAGTAATCGTGCTAAATGTATTAGGAAGTTTGCTAAAGTTGGCAGCTGAAGTGCAGCATCTTTGATAAATTATGACAGTTTGCGTTCATTGAAAAGTAGAAGTGGGCAAATAAAACTATTTGAAGCAGTTCATAAAAATTTATATGTCTTCAGTTTCAGTGTTTTCAGTTTTCAACCGCTCTCTGGCCCACCTCTTCTGACAATGATTTAGACAGAATTAGATTAACATAAGCAAAATGTATTAAGAACTGTGGTATTGTGAGTTAAATAGCTTGTTTTATTTGTATTTTTATCTTTCTAGTGTTGCATGATATTTCAGAAATCACTCCAATGTGCTGATTTGCCATCTGCTATCTCCAATGCAATCTCAGGCCAATTAGTAACTTTTTGATATAGTGGCCTATGAATTTGTACGATGATTTGTTGAATTTTAGTATGATTTGTTTATCTTCCAATGAGTGGTAGGGTTTCAAAGTGGAGTCTGAGGCATGCCTCCTTTTAAAAATTTTACATTTTTATTTTTTTCAAATCATATTCTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTAGTTACGTTTTCTTATGAGATCAGAATGAATTTGCAGCTGAATTCAAGCATTCAGGCATAGTAAATTGTGCCTTTTGTGACTTTAACAACGATTCATTTTATTGAATTATCTTTATTTTGATCATTTAATTTCTGTACTTGAAAACTGTTAGACTCGGGAAATGATAAAACACTTTATTGTTGTTGTATCTTTTCTTGATTGTATTTATAGATTGTTATGCATGAAAATACTCACAACATTTGCAAACACAAAAATTCACTGCAAAAATTCACTGCAAAAATTCACTGCAAAAATTGAATTCACTGCAAAAATTCACTGCAAATAGTAGTCCAAAACTAAAATGTGTCGGGGACAGTTGTTTATTAGATTTTATGGAGATGCACTCCCCGTGCAGAATCATCCCAATGGATCTAACATTATTAATTCTTTCCAAATAGAGATGATAAGTAATCTGCTAAAATTGTATTCATATCACAATATATATTGCAAAATAAAAAAATAAAAATTTGCAATGCAAGATTTCTCCATTATCGTGCAGCCTGTTTACAATCATTTAATTTGTAGTTGCTGTTGGAAACAAGTAGGAAATGTAAGATTTCATGAATTTGTGTTTGTTAATTACAGGGAATTTTTACTAAGATGGGTACATGAGATTTGTATTGCATTTAACACCATGCAGTCAAATATGCACATTTACAGTTTTTGTTATTAAAAATAGGCAGCATTTATAGTAAAATTCTAGTTAATGTCTATTCAAGTCATGTTTATTTAAAAAACGCTTTTATAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGATGAACGTAGAAGTTCAAGCAAATTTAAAACCATGTCAGTCCAGTGTTCAGAAATGAAGTTCAGTTTAGTTCAGTTCAGTGTGTTTTATTTTTCACTGCAGGAAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATCCATCGATGCGCAGCTCCACAACTCCCAAACCAAGCAAGCTAGTCAGGGCTCGAAATTAACCTTTTTTCTTGGTCACTGGTGCTCTTAACTTTGCAAGACAACATTTAGTCGCACCCACCAAACATTATGACCACAGTTACTACATGTTTTATATTAACAGATTTATTGCATTTGAAATCAACACTAATCAAAACTAACAAAATAACAAAAATCTGCATGCCCCCATCAGCCCTGCACGCATTGCTTGACGTGAATGAGATGAACTGAGTTAACAGTAATAACTGTGCTGTTCTCACGGGTGGTGTCTGATATTGCACAGATAATAACTTATTATTTGCATACGTCATCTTAATAGCAATACCATTCTTTTCATGAGCAATATTAGTTTTGTCTCAGTGACTGCATGCTCTTTAGCAATAGTGAAAGTGGTGTCAGTCACACGACTGACAGCATCGTAACAATTGAATGAAGGATTTAATTACGTTAAAATATCTCGTGCTTATAATGTGTAGATTCAGTGGCAAACATTGTTACCTGAAAACTCTGTCCCACCGGCTTAAGGTTAAATGGCTCAAGTCATTTTCATGGTGGACTTTAAACACTCGAAGTCTTTTGACCACTCTTCAAAAAGTGTAAATGCTGGATTGACATTCACCACATGATCACTAATCATATTTGTAACTTTAGGTGGTTTCTAAAACTACATCTGTCAGTGTGGTCTTTATTCTATCGTATGCTGACCGTTTTAAAGGCTGTAGCTCCTCCTTGTCATCGGAACTGAGTGATTGACAGCTCATATTAACCAATTCATTCGCATTCTGTTCTAGAGCTGTGGGCCAATAGGAAGAGCTTGAAGGTGGGACAAGCATTGCAGGCTTTGTTTACAGACATGACAACAGTTTTAAACCATTCCTGAGCGCTGCGTTTGTTGTTTTTAAGTGCAAAGATGCTTATTGCGTGAAGGCCTTCTAAATCTGCGCATGTGGTGAACATTTTACTGTGAAAACTGGTGATGACAACTATTTTATGCACCCGCACAAATCCTCCCAAATATATTTTAAGGTCGCTTACATAAAATTTTGGGCGCATATGTGACCAAAACGGTCACAATTTCAAGCCCAGCTGGTAGCGAGGAGCAAACTTCACCAATTGACGAAAGTGAAGGAAAAAATCTTGAGATATACCACGCTCTAGTTGGGCATGACCATATCTTCTCTGGCCAGTCTCCTTGTGCAGAGCTGGAGTCTAGGTGCCAGAGGCTGGAGAACACTGTCTAGCACAGAAACAATATAAGGATGAATTGGTATGCATTAACACAGTGTTTGGGAATGAAATAACCTAAAATATAGCAAATAAATGCATAACTAATACAAATTGGTGCTCAATACAATCTAACTTAATAGAAAATGTTGAATAAGTAAATTGCATATTAAGCATTTTAAACCCCTCGCTAACAAGCCTAACATTAAAAAGTTTGGGCATCCATTGCAGTACATCCTCGAAATGCATGAACCACATGAACATGAGCTCGGCTTTTCAGCAAGCATCTATATTAAGCTATTCTATAATTTGCCAACTCCAAGC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011188:ENSDART00000129522:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.087
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106418=Activin_recp=PD(32.6=78.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]