DreINT0028295 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001950 | ak1
Description
adenylate kinase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040822-37]
Coordinates
chr5:70931313-70934701:-
Coord C1 exon
chr5:70934666-70934701
Coord A exon
chr5:70931349-70934665
Coord C2 exon
chr5:70931313-70931348
Length
3317 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
ACTGTCTCATTGTTTTACAGATA
3' ss Score
11.37
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGATAATCTCTCATAACACAGACAGCCATGGCAG
Seq A exon
GTGAGCATTTACTCAGCATTTACACTACTCTCTGTTTTGAAGGGGTTTTTCTGACTGATCTGGAGTCAGTAGAGTGTTTAGATGAGCAACACACACATGTACACAGCCAGCTCTGTAGACCACAGTGTCCAGATCTCTGTATTTCTTATGTGCAAAACCAAATGTAGTGTTGTATGTGTGAAAAATAGTCCTGTGGCTAAATTAATTACCTGTGAGTGCGAGTGTGTGTCTAATTAATTCATAACCTTATTGCGTTGCCAGATATAGTCATTATAAACGCTGTGCCTTTGGAAATTGCATCTTTATATGTTATTATACTGACAGCAGAATAAAGTTGGGGTGGCACGGTGGCTCAGTAGTGTCGCTGTTTGAGTCCCAGCTGAATCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTGGCGTGCGTTTCCTCCGAGTGCTCCGGTTTCAGTCCAAACACATGCGCTATAGGGGAACTGATTGGCTGTAGTGTGTGTGTGTTTGGGAGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGTGATTGGAAGAGCATCCGCTGTGTAAAACATACGCTGGAATAAGTTGGAGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATGAATAAAGGAGAATGACTCAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCCACAGTGCTGACCACTGAGCCAGCGTGCCGCACAATATTTCGTGGTATTGCTTTTGTTTGTTCTTTGTATAAATATCTGGCAACACAGAATTCATGACAGAAATGAAAACACTGTATGTCGATGATCTGCTCGCAGTTCATTAGGTTTAGTAGTCAGCTGACCGTTTACAGGGGAATCAGGCTGAACTCATACACATTCATTGTACATTTATACAAATCCGGTATTGTAGAGCAAGTTGTCTTTCATCCTTCACACAACAGATCTTATTCATGAAAATTAATATTGTGGAACCCTTTAACACACCCCAGACCTCACGGATTTCCAAACACTGGCCAAACACACACACACACACACACACACACACACACCTCCTAATAAAGGGGCCGCTGGCAGATTGAGACGAACAGCAGCTCTGACCTTTACACACACTTAACTTTACTCACCCACTGGGTAATTGTACGACACACACACACACACACTCAAAAGAGTGCTGTCGTTCACTCAGTATTTCTGGTCTCTGGTGCCCTCATGTGGACATTCAGTGTGTTGCAGGAGATTCACTTCCAGAATCAGGGGACGCCCCCACGGCCACCCTTGTATAAATTCTGGCCGCCCCTGTGGCCATTCTAATATGATTTAGTTGTTGATATTATTAATTTAAATGTACTTGGGTAAATTCACAATATTTCAGTAAATAGATTAATTAATTAATTAATAAAATGAATCCTCTAAATTATTGTGGACGTGGCGGATTCACTGAGATTGCACACTTTGTATTAAGAAATTATTATTTTTTAAATTAAAAAGTCGCGTTTTATCTGAATGAAAACCACAAATACAAAATAAATAAATAAATGCGTTTTGAAATCAGCTCTTCAGAATCTAGTTTATTCAGCAACTCCATTATATTGCTGGTTGACTTAAAAGGGCCAAAAATCTCAATGATTTTGTGTTTGTATTTTGCAAAAAGGTACATCAACAGAAGAATATGTATTAATAATATTGTGGCTCAAAAAGGAGCATGGATGAATGATGGTATTGGGTGTGTATAGTGAGTGTTTGTGTGTGTGTATGTAGTAATGCCTTTGGTATGCTGTACATGTGCAAAATAACTCACCTGAAAGGTTTTTTTAAACTAAATATTGATTTTTATTTGGTTTGCATGTCTACTTGCTGAATTATTTCAAGTAATAAATTGCAATATTTCAAGAGTTATTAATGAAATTAATTAAAATACCAGAAACAGAAATATAACATTGCTCTTTATTCACAATATATGCACAATTCATGTGTGCCACCCCGTGATTTGATGTGTGCCTTAGTTGGCCAGCCATAAGAAAAATGTTCTGGGGGCGCCACTGTCCAGAATAAACTTTTCCTGATCATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCCTAAATAGAGTTTATTGAGGAAAACATGCAGAATTTTTTTCAATATAGTGGACATAAGGGGCTCAGACTACAGTTTCAGTCCAGCTTTTAAGTCCCGGTGATAATATATGATCCTAATGAGGAAAAAGAGTCTTCTCTAGAGAAATGATGTATTAATTATTAATTAATTAATTAAATTATTTATTTATTTATTTATTATTTGATTAATTAATTAAATAATCAATCAATCAATCAATCAATATATAAATAAATATATTTATTTATTTATTTATTGATTGATTTATTGATTTATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTATTATTTAATTAATCAATCAATCAATCAATATATAAATTTATTTATTTATTTATGCAGACAAAAATTTGATTAACAGCATGGAGAGAAATTTTATTTAGCAATATTTTATTATTATTTTATTTTGTATCTGTAAATAAAAATCTCATATTTATTTTATATTTCTACAAAATAATTACATATGAATCAGTGCATTTCCAAGTACATCATTTGAAAACGTCATATTCTGTTTATATATATAATATATATATAATATTTGTTTATTAATATTTTTAATAATATTTATATATATATAATATTTCTGAAATGTATTATTATAATATATATTCTTCTATAATTTATATAGTATATGAAATGTTTATATATATGATTTACATTGAGGTATGAGCATTTTGTCAAATATATATTTAGATGACAAGTAAATTAACAGGCAATCTTTCATCTGAAAGTGTTAATTTATTAATTAACTGCTCATATCAGTCATAAACAGGATAAATACAGTATACTTTCATCTCTTGCATTGTTTTATATGTATCATGATGTATGTGTGTATGTTGTTGTTATGGTAAATCTGGACAGTTTGCGTTCATGATCAGAACTATGTTGGCAACAGTTGCCATGGCGATCTGAAGCATTCAGAAGTACCTGAAGGAAACACACTCACACACACATATACACACACTTTCTATCAGTGTGAAGCAGAAATGGGTTTAGGGTGCTCCAGTAAATCAGCAGCCGCTGTCATGAAGCCAGACGGTAAATGAATCATAATTTAATGATAATGATATGAGTTAATAATCAATAACTCCACATCATAGCAAACCCTCACTCATGCGCTGTATTTCTGACTGACTGTCTCATTGTTTTACAG
Seq C2 exon
ATAAAATCAAAAATGCTAAGATCGTCTTTGTTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001950:ENSDART00000013404:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0040617=ADK=PU(1.3=15.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]