DreINT0029549 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105035 | anapc2
Description
anaphase promoting complex subunit 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-256]
Coordinates
chr5:53926154-53929236:+
Coord C1 exon
chr5:53926154-53926295
Coord A exon
chr5:53926296-53929160
Coord C2 exon
chr5:53929161-53929236
Length
2865 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACC
5' ss Score
6.54
3' ss Seq
TTCTCTCTTTGTGTTTACAGAGA
3' ss Score
9.25
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAACTGGGTCTAAGCGACGTTCTTCTGACATCATCAGTCTGCTGGTCAGCATTTATGGCAGTAAAGAGATCTTCGTTAATGAATACAAGACTGTACTGGCTGACAGACTTCTGCATCAGCTCAACTACAACACAGCCAG
Seq A exon
GTGACCCACCTTTCATACATATGTAAACCTGTTTCCACATAATGCTTAATGCTCTTGAATCAGCTTAAATATATTGGCTTGGCTTAGTTAAAACTGCCATATTATAATTTATTCAATTTCAAAATGATTAAATGTCAGTTCTTTTTAAAAATCACTTAATAAAATATTTGTTTCACATTTACCACAAACTCTCCAATCAATCATTTGAAAGCTTTAAGCTTAAAATATCAGGTAAATATTGGGGAGCCTTGAGGATAATTTTAGCCCCTTTGTTATTTTGTTTATGTCAATTGTTTAGTTTTAGGAATAGTTACTGCTTAAGGACATTTGTTCAAAGATGGCACAATTCTTTACACAGCTTTTTAGCCTTAGTTGGACTAAGTTAAGGATGCCATATACTGCATTGGTTTAATAAGTTAAATTGTTCTCTGAAATCTACTTAGTAGGTTTATGGTTTCGGTAAGTTAAAAAAAATTCATAAACAGTTTAATAAGCTTATTTATTTCTAAATAAAATATCCATAGAATCAGAAAGTACATGATTTACTATATATGGCTTGTGACGTGAATGTTAATGAGCTCCACTCTGACGTGCCGTTCTTACAGAGACACGCACTGTTAAACAGCATGATGTATGCTGAACAAAGTAAAAAACAAACCCAACCAGAGTATTGCTAACCTGTTTGCTCCGCTAATGAGTTGTGGATAAAGGCTAAATTATAATTAAACTTGTAAAAATGTATAATATTTAAATTGTGCATTTTGCGTCCTGAGGCCAGTTTTAACATGCCTTGGGATGTCGTTGCCCAGCAACACACAGTAAACAATTTGGTGCACACATTTTCAAAATAAAAGTCCCATATAAGTGAAATGTACGCTTAAAAATATCTAATGGAGGAAAATCATAATTTTTTCTCGCTCTAAAACATTTTATAGCTGCTTATCATACACTGCATGAGGCATGTATATTAACGGCATAAATGCAAATGCGAGGGCATGGCCCGTGAGTCTCTTCACAGTTTGTTTTGTCTTCTGATTGGTCTGTTGTCCACCGGGGGTTTTACACTGGTGGAATTTACATTAAAACAAGGAAACTGGTGTCTGAAGCTCACAGTATGCCATTTCCATATACTCATCATTTATTATTCTGCTATGCCTTGGTATACCTAGATTTTTATTATAGGGCACCTTTAACTGAAACTCCAAATTACAACCACATGGCTAAGTCGGTCATAATCAGTCAGCTGTTATAAGTACTTGGGTATTTGGATTGATGAACAAGCTTTTGACATGCACATTAATAGGTTGTTGAAAAAGCTAAGATTAAAAATATTGTTTTAAAAACCGTTCCTTTTTAAGTCTCGCAAGAGTGCATTTTTATCCTTAATCGATTATGGTGAGCATCTATATATGCACGCAGTTACTGCATTACTTTGACATTTTTCAAATGTAAAACTCACAGAATGCTGATGCATACAGATACATTGCAGTTGCTGGTGACGATAGTGAAAACATGGTACAGTTGATAACACCACATACTCACAGCCTCAACTTTCTTACACAGAGACCACCACACCAAACCCCCTACACCCCCCGTTCTCGGGAAAATCGGGCACAAATGTTGGCAGGCATGAACTAAATTGCTAATAATAATTGCTAGTGAAAAACCATGTTTCTCGTTGCTCATATCCTTGTTTACGTCCTTTCTACATCATAGCCTACAATGAACGCTAGAAACTATGCATGTAAAATAAAATTTTTAACAAACAGAAGTACTTACAGGTTGTGGCTCACAATACACAGCTTTTTCTTTTATCATAGGCTGAATTCAGCAGTGTCCTTTGTAAAATGCTTTGCACAGAGGGCTATATCTTTTTTTGTAATAATCTGGAACATAATTAAAAATGAATTTTAAGCACTTCTCTCTTTGTGTCTTGTCCCTTGGAAGGCCAAATAGTGAAACAGAACCAGATTCATGAAAATAGCAGCATTTGGACTGCATTTTTCTTTCTCTAAAAACACGTCTGTGGCCATGCCCCTTTGCTGCACGAGGTGTGTGGGCAGTGGATGTGCATAACACGGATCGTTTGTGATCTTATTAGCCTGGATGTATTTTTTTGTAGTCCCCAGATTTCTTCACTGTAGGGTTTGCTAAGCTAACTTTGTAAAAGCCAATGTCTCCCTTTAAATTTGAACTTTGAGCATCTTACATTCAGAGATGTTGTTTATGTCGACACAGCAAAATATGATATTGTACTGGACCACCTCTTTAAATTCCATGATAACTTTTTTGTGCCACTGCCATACAATATTTTAGCACCTCATGGTCCCAAAGACACATGCAGAGTTTTGTGACACTATGTCAATGTGTTCATAAAATATAGCAATTTTTGACAATTTACAATGGCGGATGCTCAAAATGGCTGACCTGGGAATTTGATACAATCTGACCAGACCTTATTGGTCTTGCCTAATCTGATCAGTTTTATCTGGTGATATTTTGCAACTATTGAATGCACATGTTGCAATATCCATGCCAAACAAATATACTGTGCAGCCCAAATTCATAACATTATAAATTGTATTTCCAGATAAATGTAACAAATTAAATGCATAAGCTTCATAGATGCAAATGAAATAAAACTTTTTTTTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTCAGATATTGTTTAAAACAGTTGAGTAAAGGCAGATATTTTATGTTTCTACTGTATCTCAAAACAAGAGATCAAAAGATAATGCAAATATTCATGACATTAAGCTTAAAAGAGATCAGGAAGAGGAGTTTATTTACCAGGTTTTAAGTATTAAATTCTGTACTTAAATGTTCTCTCTTTGTGTTTACAG
Seq C2 exon
AGAGATTCGCAATGTTGAGCTGCTGAAACTGAGGTTTGGCGAATCCCATATGCATTATTGTGAAGTGATGCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105035:ENSDART00000171159:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088817=Cullin=FE(8.3=100)
A:
NA
C2:
PF0088817=Cullin=FE(4.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]