DreINT0029629 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053906 | angpt2b
Description
angiopoietin 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010817-2]
Coordinates
chr19:36212264-36227063:+
Coord C1 exon
chr19:36212264-36212865
Coord A exon
chr19:36212866-36226916
Coord C2 exon
chr19:36226917-36227063
Length
14051 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
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3' ss Score
8.11
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CTGGAGAGCTACATTCAGGAGAATGTGCGATCAGAGATGGAGCGTAATGTCATTCACACCCAGACAGCCACCATGCTGGAGATCGGAACCAATCTTCTAAGCCAATCAGCGGAAAACACGCGCAAACTGACAGATGTGGAGACGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053906:ENSDART00000076023:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.372 A=NA C2=0.571
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]