DreINT0029640 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076787 | angpt4
Description
angiopoietin 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110104-1]
Coordinates
chr6:52011837-52020121:+
Coord C1 exon
chr6:52011837-52012069
Coord A exon
chr6:52012070-52020008
Coord C2 exon
chr6:52020009-52020121
Length
7939 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTGTATTTCTCCCTGACAGGCA
3' ss Score
10.08
Exon sequences
Seq C1 exon
TCATCTGGAGAGTAAGGTGTTGGTCCTGGAGTCACAGCAGAGGACAGAGCTGGAGGACATGAGGGAGGAGAAGGAGCGACTGCAGGACCTGGTGAAGAGACAGACGGCCGCCATTACGGCTCTAGAGAGACAGCTGAGAGCGGCCAGCAGCAATAACTCAGCCCTGCAGAAACAGCATCAGCAGCTCATGAAGTCTGTACACACACTTATTGGCATGGTGTCTTCTGGGACAG
Seq A exon
GTAAGAAAAAACATTCTGTCATCTGAAGTTTGTGAATATGATAGTTGAGTTTGAGAAAGATTGACCAATAAGTTTGCTGTTTTTGGAGCCTTTTGATCACTTCTTTCTTTTTTTATTTGCATTTTCTATACTGTCCCAACTTTTTTTGACTTGGGGTTGTATAGCTAACAACATTCAAAAATGTGCTATGGGAATTTCTTAAAGAATAATTTGTGTAAACATTTTAAATGTATGTATGATGTTAGGTTACTTGTCTGTTAATGATGGACACGCCGGTTCTTGCTCAGACAACAGCTTTTGGTGGCAGATACGATTCTTAACATTTTTAACATTTTTAACAGAACAAGTATTTTGATTAATATTAAATTACATTTTGGGCTGCACAGTGGTGCTGTGAGGTAGCACGATCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTCAGCTGGATCAGTTGGCATCTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCAGTCTTCACGTGGATTTCTTCCAGGTGCTTCGCTTTCCCCCATAGTCCAAAGACATGCGCTATAGTTGAATTGGGTAAGCTAAAGTGTCTGTAGTGTATGAGTGTGAATGAGAGTGTATGAATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGAATTCGCTGCGTAAAACATATGCTGGAAAAGTTAGCAGTTCATGCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATAAATGACATTTTTCAGTTTCCTCCAAGTCAAAACTATAATTTGACCAGTGGGTCGCTCAACGTCACATAGCTGCAGCTATATTTACGTTGTGGTGAATCAAAACTAGTACAATAATGAGCGAACAACTCTTTACAGACGATTCTGTTTTTCAAATGAATCATTTAGGTTAAAACACATGAAGTGAAACAGTCTGAATCAGCATTCAATAGCCGCGTTTCCACTATCGCGCATAAAGCGAGCGAGCCAGGGCAAGCCAAGGCCAGTGGGGTTTCCACTGTCACTTCCAGGTGCTAATCGGGCCAAAGCGGGGCTTTCTTGGGGCCAGAAGCCGGCCTTTTTCGGCCGCTGAATACCTTGGGCCAAAGAGGGCCAGCTGGGGCTTCAGGGCGGAGTGAAATGAGAAGCGGGCACAGTTTTCCCACCGCAATAACCGCAAATATTGGAAAGAAAACATCTAGCTTTATAAGCTCGGGTCTTTTTGCGCATGATCGCGCTTATGTTTCCCTTTTAAATGTAAGGCTGTTGCATAAAATAATAAAGTAGTTTTAATTTATAAGTGACTTTTCTTTGCTGCTTCCTCCTTGATATAGCGCATAAAAAATCTTTAAACCATATTAAATGCACAGCAGACAGTAAAGGTTTTCGAAAGTTTTTGTCAAGTTTAAAGGGTGTGTTTGTGCGCATTTAGATGCCTGCATGTGAATGTGAGACCAGGCAAAAGAGCGCTCCCTTCACAGCTCTGTTGATGCCGCGAGCGCTTTTTTTTTCTTATATTTTTTATTGTGTATTTATTTTAGAGATAATACACTATATGAATACAACAGAAAGAGATAAAACTTTACAACTTTACAAACTTTTTGTGTCCTCTTTTGTAGGCTCAACACAATATTGTCATATCTTGATAAAATAGCCTAAGCTATATTGAAATAATTTAAAGAATTACAAATATCGGATATAATAAAATCACAATAAATAAACCAATATAAAACTAACAAAAGCTAGCTAGAACAATTTAGGTACTATATACAAATCCAACTTTTTTAAAGCCATTTTAAACTTTAGTTTTTCAAAAGCCTGTCTGAAAAAAAGATTTTAGATATTTTCTAAAAACAATAAACACCAGAGAAGGTTTTAAATATTATTTATATAGTATTTGGATATGAAAATATTAATCAAATCGTGCAAACAGAGCATTTTGATTAATATTAAATTAATGATGAGTGAAAGCAGAAATGAGGCAACCTTTTTTTCAAAATGTGTTCTGTGTCCTCAAACAAGTGTTTGTTTTTATATGACGTGGTAAAATTAAAAAAGGAAATTTTAAATACTTGAAGAGCTTTATTAGTGCATAGCTGCTGAGTGCAATGAAATATAGACTATATTTTATTACTTGCTCTTATGTGCTGAAATACTGAACACTTTCCTTTTATAAAATTTAGTCTATTTTTATAACACTTATTAATGAAAAAAGAATTATAATTTTGCCTTAAAATAAAACATCCATTTATTATTTGCAATAAAGGACAAGATTTTCCTTCTGATTTCATTCAGATTATAAGTTTCATTCCACCTGCATTATTATCATCAGCTCAAGAAGTTGGTTATATCAAATACAGACGCGCACGCGATCGCAAGCAAGAAAGCGAAACCGCTCGTGCTTTAAACTGGCTCGTAAAAACTACGGGGCACAGGGTAGAATCTGATCTTCTTCTGGGTTTTGTGGCTGTTAATCAAGACAACGACAAGGTTTGTTTGAGCTCGGGTCGACCATGGCTCGTTATTATATGTAAATATTATTACAGTATAATGTCTCGGCTGTGTATCTAAAACATGGCGGTTCCTTTGTTTTCATTCTGGCTTGTCGCGTGAGCGAATGACATATTTCTGTAAACCAATAGCGTTCAGCTGCGCGTCTAGCTCTGCCTTTTGGTACCCTTGGTACCCTTTGCAAAGGGTGACCAAAAAGTTGTACGATACAGTTTGATTCGGTGTGCCATGTGACAGTGGAAACGGCCATAAAACCGTACCGAATCGTACCGTACCATACCATTATACTTTCATATTGTTTTTTAGCTGTATGCGATTAAAGTAATTTTTTAAGTTGGTTCTAAGTCATTTTTTTCAGTGTAAGACGTATTTGTTTAGGTCTTTTGAGGAAATAATCAACTCGGGCTCATTGTGGAAACGTAACCCCGTGGACGTTTCTGCAGACCGCGAGATACATCCCGGGAGGTACGTATTCGAGCGCTTTTTGTTTTCGCGGATCCACGTTTGCACCCGCGCCGTTCTCGCGCGAAAAACTGCCAGATCGGCCGAGCTGGCCGCCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTTTCCTAAATCCGAGCGACGGTTTGCAAAAGCCGTCCAGAAAAAAAAAAGCAAAAGCCCTCATATTCGATTTCGACCGCATTTTCGGATCCCGCCACATTCTCGCCCTTATTTTTCAGATTCTGTTTTTCATCTTACCTGATTTCTTGATCCGCTGTTCCCCTGACTCGATCCTGGTCGTCGTCCCCGCGGCCGGCTCCTCCTCCTCCGGGGCCTCCGCTCCGCCGACGCAACACTGTGAGCGAAGCGGACAAACTGGTTGCTTCGGGAAAGCCCTCCACTCGGAGGCGAGCCGTCGGCCGGCGAGCGCGAAGAGGAGGAGTGGAGCGGCGCCACACCGCCCCGCAGCGTTCGCTCAAAAAAAACTAAACGCGGACGTACGTACCTCCGGCCACGTAAATCACGGTCTCCAGAAACGTCCGCGGGGCTATGTTTCCAGAATGAGCTTGAGTTGAAAATATTTATGCTTGTTTATTCATGATTCGGGTTTTAAATTTATAAATTGAAACTTGCTAATGTTAATTGTGCTTCGCTGATCCGATCTGACCTCATTTTTGATTACGAGGTCAGGTTACTTGTCTGAGAATGACAGACATGTCTGATTCTTGCTCATGCGACAGCTTTTAAATCTGGTGGCAGATTCGATTCTTAACATGACCTGAAAGTTGTGGTTAATTAACAGTGACACTAATGATAAATGGAGCCGCCGTGATTCATGGAGAGAGGGGGATAAGCTCTCGCTAGTGATGTCTTTGGCAGCGAGCTCTCGTGTCTTGGATGAAGTTCACATGCGTCACAACATACACTGATAAGCTAAATCAAGACTGCAGCATTTTATACGGACAGAAGACATGACAGATTATAAATGAAGAACCGAATGTACCCAATGTTAAAAATAAACACTCTCTCAGATGCACCATGAACAAAGCAGCGATTAAATGACTCATTTCGAAAGTAGATCACTGCGGACTTCATATTTGAAAAGTTGAGGTCACATAATTAATTTAAATCTGGTTCCTTTCACAGTAGAAGCCACATCGTTTTTGTTGTCACACTGTGTGGCGAATTCACAAGACAAATTGAGCATGTGAGGTTTCTGCACAAAAATCCACATCGTTTATCATTGAGTCATACATATATTATTAATTAGTCTTTTTTAAGTATGATTGAGATTTGTTTTAATTGTTTAAAGGTCCCATGAAATTAAAATATAATGTTTTAGATGTTAGTATTAGTACTGTTAATTTTTAGGATATCTATAAGCCAGTATCTGCCACAGCCATGTCACTCTGCAGCCCAAGACCAGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTCAGTACCTGGATGGGAGACCACTAGGGAACACTAGGTTGCTGTTGGAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCACTCAACCTGTGGTCTGTGTGAGTCCTAATGCACCAGTAAAAGTGAAGGGGACACTACACTGTCAGTGGGCGTTGTCTTTCGGATGAGACGTTAAACCGAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCCCATGGCACTTCTTGTGAAAGAGCAGGGATGTAACCCCGGTGTCCTGGCCAAAGTCCCTCTATCGGCCCTTACGATCACCGAATTGGCTCTATCACTGTCTCTCCTCTCCACCAATAGCTGATGTGTGGTGAGCGCACTGGCGCCGTTGTCATGTGGCTGCCGTCGCATCATCCAAGTGGATGCTGCACACTGGTGGTGGTGTGAAGAGACCCCCCCCCCTCATGATTGTGAAGCGCTTTGGGTGTATGGCCATACACAATAAATGCGCTATATAAATACACATTACATTACATTACATTACATAGTACGCACCAAAACAGTGCCAAAATTTGCATTTAGAAGATTTAAAAACTGATAT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Seq C2 exon
GCATTACGCCAAATGAGCAGCGTTTCCGAGACTGTGCTGAGGCCTATAAATCCGGTCACAACACCAGCGGCGTCTACCACATTTACATCGGAGACATGACGGAGCCAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076787:ENSDART00000156256:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.392 A=NA C2=0.132
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(14.0=78.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]