DreINT0029685 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074777 | ank1b
Description
ankyrin 1, erythrocytic b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091113-6]
Coordinates
chr21:21020888-21026692:-
Coord C1 exon
chr21:21026620-21026692
Coord A exon
chr21:21021012-21026619
Coord C2 exon
chr21:21020888-21021011
Length
5608 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ATATTTTGTGCCGTATGTAGGTG
3' ss Score
8.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCACCACAGAGAAGCATCGCATGAGTTTCCCCGAGACGGTGGATGAAATACTAGACGTATCTGAAGATGAAG
Seq A exon
GTGCGTACAGGCGGCTCAGATTGGATTTAGCCTGAAGGATCATACTGCAGTAAATGCCACATTAAAGAATTGATTCTTAGCTGCACTGACAACTTCTTAGTACCATGAGGTTGGTGCTAGACTCTATTAAAAACATGAGCCAGTAGGCAGATATGATGGTGGGTCATATCCTAAAAGTGACAGTTTGATGACAACTAGCAGTTAGAGATTTTCTCACACTCATAGCGCTGTTTTGGCTATTTACTTGACTACACAATGTGTTTTACACATATAAGATCATTTGTGTAGATGAAATCAAATTTTGTCAGTTATAAATGGGGATGTCCCGATCAGTTTTTTTGCCCTCGAGTCCGAGTTATTTTGATTTTAAGTATCTACCGATACCGAAACCCAACCTGATACTTCTATAATACATAAAAAAGAATAAAGAAGAGCGAAGAAACAGATCCAGGATGTTCTTTATTTTTTATTTAATTCTTCTTATTTTAACATTCAACAACTCTGTCAACAAACAGAGCACTTCTGTGAGGTAGCTTGAACAATCAAGTAATAAATAACATAAATTCACTTTTGGACTTTAGTGCAACAGTAAATATAAAAAAAAGCCTAATATAAAACCTCAACAGCACCTCAACTTAAAATAAACGGCAGAAAATCCCAAGTTTACGTATCTCACAGTTTGCTATGACAATGTTGTGATTATCAACTTTAAAATAGCTCCAGACCGCAGACATACTTGCGCTTTCCGGTTCAAGCTGCTTCCGTGTTCTACTTTGCCAGTTTAACCAATAGCATCTTTGCAACAAAGTGATGTCATGCCACATGCGTTGCTGTTTCTGTGTGAAGTCAAGAAAGAAGTCTAACTCTGTGTCACCGCATAACTATAGATGTGTTAAAAAGTAACAAGAATTTATATATACATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTGTTAGGCCGCTTGTTTTATTTTTTCCCTAGTTTCTGTTTAACGGAGAGAAGATTTTTTTCAGCACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTTTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGATTTGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTAGATTATCGAGAAAAAATATAGCTTAAAGGGTCTAATAATTATGTCCCTAAAATGGTGTTTAAAAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTTTTCAAAAGAAAAAATATTATCAAATATACTGTGAAAATTTCCTTGATCTGTTAAACATCATTTAGAAAATATTTAAAAAGAAGAAAAAAATTTGAAGGGTGTTAATAATTCTGACTTCAACTGTGTTTGAGTCCTGATCGGGAGGTAATGTTCAATTCTGATTGAGACTGAAACCATGTGATTGGGCCCTATTTCAGATCACGTGATCGGATCTGGACATCCCTAGTTATAAACATTTTTTTAAAGATGAATGACTTAATAAAATGTAGACTGTAGACTCAAAAATCGAGAAAATTTGCTGTTAATTTACTCAACCTCGGGCAATCCATGATTTAGGTGAATTTTTTTTCGTTAGTACATTAGTCAACATTTGAAATGAATCAAAAAGTTTTGTAAAAAAACTTAAGACAAGTATGGTTGTTGTGTAATAGTTTTAGGCAATTTTCATAAGCTTGTTTGATCTACTTTTAATGTTGACTACTGTAGATCAATAAAAAAAATAAACAGCTACTTCCATTCTGAGAGTCAACCCCTCACATATATATGGCTCTCTACAATACATTGAAGTGAAACAAACATTATTTACAGAATTATTACTGTACCTTAAATTTATAGTCACAAGAAATCCTGTTTATTTTTGTGAAATGGTCCCAACGGACAGTTTCCAGTTTAAATAACTGGTTCAGTAGTTTGTTTTTTTGTTTAACACAATTTTTTTTTACTAAAACATCCAATAATAAAATTAAATTACATTTCTAAAATGAATTTAAATGATTTCAATTCACCATTTCAATTCACTGTCCAAAAGAGAGTTTTGACCGAGAAGCTTGTGGATCTTTGGTTGATTGAGCTGAGAATGAATTGTTTTTAATTCCAACATCACTTTTGACAATTTACCTGAGGGAATGTTTGCAGGTAATAATGTTGTAAATTATTGCTAATGGTGTGTGTTTTTAGACGGGTAATTTTTATTTAATAATAACTGAATTTAACATCAGGAGTCATGGGTACTAATTATTGTTATAATTTTGACTTTCAGGTACAGGTAGCCTTTGACTTACATCTTATAAATCACCAAGCACATCCTTTTTTTTTTTGCAAAACAATTTTGCAAAAATGCAACACACAAAAAGGCTGAATACATGTGCTGAAAAAGGCTATGCTGGGTTGGCGCACAGGTTTCACTCTCCCTCCAGCTTTAGTCACTGTTCAGTCTGAAGCAGCTTTCACAGTGGATGTGGAAAGCGCCTGCGCTAAGAAACCTATTCATTTCAATGGCTTGCACTGAGCAAGGGCAGCTTGTTGCTGTGCCAACCAAGAGCAAGAGCAGAGGCGTTTACTAGCGTCAAAATAGTTCAATATTCCTGTCTGTGTTTATACTGCTCATGTACATGTAAGCTTATCTATGTCTCAACTGCACATGCTCAATAGAAATGCAAAGTCCTGCTTGACAGGGCATTTCTATGTAGTATACTTGTTCCTGCTACTTGCAATAGCGCTATTGTGCTGTCATGGCAACAGTTAAAATGACATCTCTCGTTAACTCGTTAAAATTTTACTGCCAATAAAATTAGCTTATTGGCTTTGTGTTTTTTATTATTAGTTATTATTATTAGTTAAATTTAAACAAGTCTTACAATTTTTTTACAATTCTTTATTAAAATAGTAATAATAAAATTATTATTTCTTCAAAGCATTTTAGGTTTCTGTTTTACGTATAGGCACATCCAGAATAATTGGTTTTGGGTTTCGGCCCAAAATCCCTACTAAAATTCATCCTTAATTCCTTGAGTTCAACAGTTTTTTTATTGTTTTACTCCTGAAGCTTCTTTGGCTACAGTCATCAAATAGGTTTGTTTTTTATCTGAGAGATATTTGATTTATTTCCCTTTATTCAGGACTTTGTTTAGGATTAAATAAAGCAAAAGCAATTTTTTTGTGATATTCTAAACTTGCTGTAAATTACGCCAGCATTGCCAGGCTGAAATGTTCCTTCTTCCTCCCTGCTGTAGGAGTTGCTCAGCTAACATTAGGTAGGAGCGTCTCCGTCTCTCTGGTTTGGTTGTCCGGTTTTCAGTGGTTCGTGAAACGTGTGCCTCCATTTCAAGCGCTTTCATTTTGTCTCTGGCCCTCAAGTCTCTCTAACTGCTCTCTATTCCAACATGTGGCTTTATGTTATTACGACGTCGACCCCTTCATCATTGTGTGGTCATGACGTTTGTTTTTCTTTACTGACAGTAACATGTGTCTGTTGATCCATCATTGACAGGACTGCATCCAAAATTACTTTGCGTTTTTAAATCACTGTTTGTGACAGAGTGTTTCTTCAACCATTGGCTCATGGTTCCATTTGGCCTAATTCATTAACAAAAGCAAAATAATCCAATAAAAAAAATTATTCTGCAAGTCTATTACATATTCTATTCTATTCGATTCTATTCTATTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCTTTGCTCTATTCTGTTCTGTTCTATTCTGTTTGGTCTATTCTGTTTGGTCTGTTCTATTCTGTTCTGTTCTGTTTTGGTCTATTTTGTTATGTTCTGATCTATTCTGTTCTGTTTTGTTCTGTTTTTTATATTCTGTTCTTTTCTGGTCTATTCTAGTCTGTTCTGGTCTGTTGTATTCTGTTTTGTTCTGCTCTGTTCTATTTTATTCTGTTCTCTTTTGTTCTGTTCTTTTCTATTATATTATATTCTAATAAAATTAATATAATTAAATAAAATTAGGGGGGCGAGGTGGCGCAGTGGGTAGCACATTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGATTGTGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTTTGTGGAGTTTGCATGTTCTTCCAATGTTCGTGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGAAATGTGGTACAGGTGAATTGGGTATGCTTAAATTGACCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGAATGGATATGGATGTTTTCCAGTGATGGGTTTTGGCTGGAAGGGCATCCTTTGCGTAAAACATAATATGCTGCATAAGTTGGCGGCTCATTCCGTTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGATACTAAGTCGAAAAGACAATAAATAAATAAATAAAATTACATTAAACCATATTTTTACTATAATTTAAAATAATATTAAAATAATATCAAATTATATTAGATTAAATGGTTTTATTTGCTTCCACATAAAATCCGTAATTAAATTCTTATTTTTATTCTTTAAAGGTCTGATATCATTTCTTCAAAATTTCTCATAAACAAATTGCAATTGGTGTTGTCTTGATGTTGTGATTGAAATCCGGGTTATTCCACCAAATTTTGATATTCTCTTCCAAAGTTAAAACATTTGTATGGTGTAGTCTAAAAAACACAACAATTGCCTGAAAACATGACATCTTTTTGTTATTTTATGCAAAAAAATTTGGATGAAATGAGTCAGTATCTTACAGAATAAAATTAAAATAGTGTTTTCACTATAATTAGTAAATTTATTACAAAAAATTCCAAGGAAGCTGAGAGTTATATATAAATGAATGTAAAACTTCAAGTTATTTATTTTATTCTTTTTTTTTTTTTGCTTCCTTGTATTTATATATGTACATTTTGTATAGACAATATTTTGCA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Seq C2 exon
GTGATGAACTCCTCGGGATGGATGGGGCTCGCTATTTGAAGCTGGATGACCTGAAAGACCAGGATGATGATTTTTTGTCGCCTAAGAAAACCCTTAGAGACTTTGAGAGCGGGATGGGCACCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074777:ENSDART00000144361:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.520 A=NA C2=0.368
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]