DreINT0029759 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061736 | ank3a
Description
ankyrin 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060621-1]
Coordinates
chr17:20769924-20776293:-
Coord C1 exon
chr17:20776108-20776293
Coord A exon
chr17:20770023-20776107
Coord C2 exon
chr17:20769924-20770022
Length
6085 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCTGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
CTTTGTCTTCTTTTCATCAGAGT
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGCTTTACACCGTTAGCAGTAGCGCTACAGCAGGGTCACGATCAGGTGGTTTCTCTGTTGTTAGAGAATGACACAAAAGGTAAAGTCCGTCTGCCTGCGCTCCACATCGCTGCCCGTAAAGATGACACCAAATCCGCAGCTCTGCTTCTTCAGAATGACCACAATGCAGATGTCGAGTCCAAG
Seq A exon
GTCTGTCACATTTTATTATTTATATCCCAGAATTCTTTACAAATGAGCAAATATACACTATTAGAAGCCCTCCAGTGAAATTTGTATTCTTTTTCCAAACTATTTCCAAAGTGATGTTTAACACCACAAGGATATTTTCAAAGTAGTTTCTGTAATATTGATTCACCAACACTTTAGTTTTTCCAAATATTTAATGGCTTGTAAGATATCTAGATTGCTTGGATTCAGGTCAGCTATTTTCGAAGATTCACTACATCTCTTGAACTTCACTATTCACTTTTTCTTCTGTTCTTTTTTCAATGCCATTTCCATCATTAATTGTTTGTGCATCAGTTATCAAAAGTTATGCCCAAGTTTAAAGTGAGTTTGCCTGATATTATATTGATTAATATTGAAAAAATACAGGAGGGTCGTTAACTAGCGTAATCTCGCTACTACTCCATGCCCATAAGTTTGGTAACACTTAAGTTTAGGTCACAATTCATGTTATAACAAATCAGCAACTAGCACTAGCTTAATAAAGTAGTAATTAGCTGTTTGTTAATAGTTAATAGTAAGGTAGTGGTTGGGTTTAGGTTTTGGGTAGGATTAGGGATGCAGAATGAGATCATACTTTATAACTGCTAATGAACAGTTAATATCTTAATAATAGGCAGTTAATGTTGCAGGGCCAGACAGAATCTGTGGACATTTATTGCTATTTCTGTGGAGAATTATGTAAAATATCTACAGATTTATCCTGAATGGTTTTGGAAGTATCATAACTAAAAACTTAATATATGAAATAAAAAATACTACCTTTTTAACTTATATTTTAACGTATTTAATGTTTACAATGCAAATCCAATTAGATCCACTTATTTGGTAAACAAAGCAAGTCTCTTATATAACTCTACTTAACTTTTATATCCACTAAAAGACAAAAAATATTACTTTACATACTTTATTGTAAATAAATCATATGAACATTTTCATCTCAGTCAATAAAAAAACTTAATAAATAAATTTACAAACATTTACATGAGTAAATAAATCATTTATTTACTTAATCATGGGCTAAAAATCTGCGGATTTCTGCACGGGTAGATTCTGTGTGGGCCTGGTAATGCCTGAGCCAGTAGTTAACATTAATTGTGACCTAAACTAAAGTGTTACAATTTATTCTTTTGGAGAAAGTCTAATTTTATTCATTTATGCTGGAATAAAAGCACTTTTATATATTTTTTTCCATTTATATCAAGGTTGATATTTTTAGCCCCCATTAGAAATGTTCTTTTTTAATTGGCTACAGAACAAACCTCTCTTATGCAGTAACTTGTCTAATTAACCTAACTTATCTTGCAAAATAACTAGTAAAATATTATATTTTGTCATTAGGCAGAAAAAAACAAAATAAAGTAGTTATTAGGAATAAATTATTAAGATAATTATGGTTAAAAATGTGTTTAAAAAACAGCACTTTGGAAATATATTTAAAAATAATTCACATGAGGGCAAATAATTTTGCCTTTAACTATTTTTCTCTAATGCACATGATTACCTTCTTTTGCATATTTTATCATGTCATCAAGAGCAGTTGATCATAATCTCTCTGTATTTTACTTTTAAATGTAATTGATGTGTTATTTATTCTCTAACACACTCACCCACCTGTCTTAAGATACATGTCCTTTGTTTCTTGGTTTTGGTTTGTCTGTCAGTGTTCACTAACTGGCCATTTTCTCCTCTCCTCGCGTCTCAACGTAGATGATGGTCAATAGAACAACAGAGGTATAACCACAATAAGCATTAAGCTGCTGAACCCTCGTCTCCACCCTCTGCTTTGCTTAGAACACCCCCTAGTGTTTCTCCACCCTTGTTGTCCATCTCTATCTTTGTATGATTTCCTGTTTTCTCTTCTCTTATTGGCTTTGGGGATGGAGGAATGAGAGACCATGCTTTGGGTGGAGGGCTGAAGCATGCTTTGATTTCTGCAGCTACAGGCCGGGGTTCCGCATATTTATCAACATGTTGCTTTCTGATTGGTTTAAAAGAGTCTTGTTGGTAGTGTTTTGGTTTGGATGCTGGGAATGGTGAATGTAAGCTTTTTAGTTAAAGAGTTAAAAATGATCTAGGCTAGACTTTATATAAATCTAAAATGATATTTACTATTACTCAAATGGGCTATATGCACAACTAGTGTTTTTCAGCTAATGATGAACTTCCGGTGAAAGGTTTATGTAACTAATTTCAATTTCATAAGGTTCCTATTACAGCATTGATGTTGTAATGTAATTTAAATATGATCACTCAAATAGACTTAAGTATTTGGTTGTTGAAGCATAAAACGAGACGAAAAGCAATCGCCGTCATAAGCAGCAAGCTATCGCAAAAATTCCATTAAAAATCCTGGTGTAAAATTAATTTTCATATTTTCAAGACATCACGCGAAAAAATATAATTTAATGCAGTGCTTCCTGTTTGGTCTGATACCCACTTTATATTGTATCTCATCCAGTCAGTGATGATTGCGGTTTTGTTTTAAAGAAATCAGATCTTATACGCAGCGATTTTGTATGGGAAGAAAATTTACCGGAAGCCCTGAGGCTGGCTGACTGAAATTTAAAGTCTGTGTGCCTGTACCCCATTTAAAGAAGTTAAAGGTATATTTGACTAAAAAATGAAAATGCTAAATATAATGTAGGCTATAAACCTGTTTAAATTTTTTCTTATGATAAGCAGAAAAGAAGATATTTTGAAGAATGTTGGAAACCAGTTTAACAGAATTAATTTTTAGTTTTGAGTGAACTATCCCTTTCAAACGGAAAGTTTTGTATCACTAAATAGTGAAAACTTTCATAACGGAAATCAGGATTAAGGACGATTTAATTAAATTTTATATAACAGGATGCAGGCCTAAATATAGTTTGTTTTTTTTATTATAAATAGCAATAAAGTTGTTCTTTTACTGTAGATGCTCTATAAACTACAAAATTGGTACAAAAAAAATCTGGATTAACGTCCATCTTTCTTGAAAAAGTGCACAAAACCACGCACATCACTTTAAATGGGTGAACAGAAAGAAGAACAAAATTACATATTTAATAAGGAAGCAACACCAAAGCTCCAAAAATGCCAATTTATTAAATTAAAAAGACTGATACAAGGCGTGTAACAGACAGTCTGATGAAGAGCCGATGTGCTGGAAAGGTTAGACGCCTTGTTTTGGTGTTGCCGCCTTTTTGATTATATAATTTTTTACCAATCTTCTTTGCCAATCATAAATTGATGAAAGTAGTAGCTAGAAAATCATTTCAAATGAGTAGGCATTGCAAAAATTAATACTGCATGTCAAGCAGCTGCCTTTACAGCTTTTAGCATAAAATATAGTATAAAATGTTTTTTTATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATATGTAACCAAACAATTAGTTTTAGTCACATCTCTTTTAAATCGAGAGCAATTTTGTAAACTATTTAAAATTCGTCCTAAAAAAGTCATTACATTGCTGTATTTTGCGATTAAAAAATCTGAATGTTTATGAAAGCCCATCTGGCCTTTTGCAGATTGATTTAAATTTAAGTGTTATATTATGCAAAGGTCACTTCCCTGCACATCCTGCTGTAGAAGTGAGAAAACTGTGCGTTTTAAGTTTGACCTTTTGAACAACTTTTATTACTAACTGGAAGTAGCATGTTGTTCTTTTGAGCTTCAGAGCCATGCGAGACATTATTCATTTGGTTTGGCTGTGAAACAGGAACCCGGCTGGCCAGCTACAGAGAAGAGATGTCTAGCCTAGTCTTTTGTATCCGTAGGGCCTGTGCATGAGCCTTCAGACAAAAACCTCCCTCAGATTCAGCCGGAAATCCTTCAGTTCAGGACTGTTGCAATGTTGCCAAAATAATCTGCATATGTGCATGGTCAGGTTTGTCCACACGGCAGTTTGGCTGTGTAAATTACAGTTCACAGTTCTGCATGAAAGAGAACATCGGCAAATTGCAAACTAACAAATCCCATTCCTAATGTGCTCATCCCAGAAATGCTGTCTGCAGGAGCAGGTTTTTCTGAGTGAATTGAAATTTGAATGAGTTTTCCCCATAGTTGACGGCATGCGTTTGTCTAGTCTAGAGTTAGTCGTGCAGATATCATAGTGTGTTAGTGTGCAACTGGAAATGTTGAAACCCCTGCTGTTTTTCCATTCACGCCTGTGGCTAATAATTGCAATAATTCCCCTCAAAATGGGTGGAGCCCCTTTCTTTTGGAGCTGAGAGAGCAAACAGAGGCGGGGAAGGGCTATGCTGAGCACCACCTGCTTTGTGTCGGATTATTGGCTAATTGAGATGGAAATCTCCATGACTGGAAGGCTTGCAGGACACCTCCATCTCGCTATGAATAGCTTCGTCTCATATTCTTATATGAGAGTTCTTATATTACATTAAGGCTTGATGATTGGATGCTGTGCTACACACATTATGCTTGACTCTGTCTCAGTTTCTAAAGTGTTTAATGCAGGTTAATAAATAGCTCAGTCTTGTCACATGTAATGGGGGATATAATAATAATTTTGCACTTCCCAGTTTTCAGTCATTTCAGACATGGAGAGCATTGAAGTGGATCGCAGATTTGTATAATTTCTATTTGCTTCAAGCTCCATATTGTAAGAAATACCATTCAAAAGAAGAAAATCGACTGAAGGCATGAACAAATGGCTAATTTTGTGCACTTGCCATCTATATACAGTACCTGTTGTAATATATCTGTCACCAAAAACGTGAATGCTTAGAAACCACTAAAAGTGAATGTTTTCAAATGAAATTCCTCATTAATTTTATTGATGATGCATACAATATACAGGCAAGTAAATTAACCCATATTATAAATGCATTTAAAGGGACAATTCACACAAAAATGAAAATTCTGCCATCATTTACTCACCCTTTACTTGTTTC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Seq C2 exon
AGTGGTTTCACTCCTCTCCACATCGCTGCACACTATGGAAACATCAACGTAGCGACACTCTTGTTAAACAGAGGAGCAGCGGTGGACTTCATGGCAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061736:ENSDART00000149630:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.145 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PD(44.9=50.0),PF127962=Ank_2=PU(26.7=43.5)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PU(26.7=72.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]