DreINT0033734 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061688 | arvcfb
Description
armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-60]
Coordinates
chr5:25755746-25769499:-
Coord C1 exon
chr5:25768997-25769499
Coord A exon
chr5:25755930-25768996
Coord C2 exon
chr5:25755746-25755929
Length
13067 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTTCTCATTCCACATGTTAGGAA
3' ss Score
4.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTATGATGTCTACATCCACTCTATTCAGTGCTGGAGTTTAATGTTGTGAACATGAACACAAACATTGTAAAATAAGTTATACACAGATATGGCTACTTAGAAGGCGCGAGTGATTTAAAAAAAAAATCGCACATTTTTGCAGTAAAGTGATTCAGTGCACAACATAGGCTAACACAGGAAATACTTGACCAGCAGGGGGGCAGTTATGTAACAGTGAGCATACTGAACTGATACAGTATACTGAGCACGTGAGCTACCTGTAAGCAGTGTGAAAAGGACATTCTTTTGGCAGCTGTTTGTGTTATCTTATACTATATAGTTTAACTGTTTAAAATGCCGATTTTGGAGTGTCTATTTAGGCTAAGTGCAAATAGCGCACCTCGTTGGAAATATTTTTAGTACATCAAAAATGACATCTGACTAGCTAATCTAGCAAAACTATTTCACTAAAATGCACTGTTTAAATCTCAAAGTAAATTGAAACTGAGACGTTTAACTGCAAAAAGGTCCACTTTTTAAGAAAAAATGAACCACCCCTTTCACCAGGCTGGCTACGGGCCTGTAAATTGTTAAAGCTTTTGTTTGTTTTATATTGGTTTAATGTCTTTCTGTTGTATTCATATGCTAATACAATTATGTATGCATTGTCTCCTAAATAAATCAATAAATAAAGAAACCCAGCTGAATTGAGCGTTCTAGCACACAAATGCTGGCATCTAAACACGCATGACAACTTAGTCAATGGAAAAGCGGTTGTTCCTTGCGCCACCTTGTGGTTACTGGGTAAAGCACAGAAATGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTAATGAAAAGGCAGCCTTTACAGCTGCAGTAAAGCGCGTGACTGCGGTTAACAAATTGCAGTATTGCGCATGCAGAAACACGCATTCTCCGTAGCCATATCTGTAGTTGATTTGTTTTGCTTTTTTATGGGTTCCCGGACGTTTTTTGGGCTACCCTGGCCAATTAGTACAAAATAATAATATATTTGGGGAGGAATATATGAGGGAAGGAAACCAATCAGCTACAGTACATTAAAGGGTTCCTATTTTACACCTTTTACAAGATGTAAGATAAGTCTTTGGTGTCTCCAGAATGTGTCTGCAAAGTTTCAGCTTAAAATATCCATCCTAAATAAAATAAATCAGCCTTTAGTGTAAGACATGTCTGTCTAGTTAAATAGATTTTTGAGTTGATTGAACTGACCATGTTTTTTTTTTAATTGAATTTGAATTAAATTAAGTTGAATAATTTCAGCCATAGCGTCTGTGCAAACATAAATACTTTAGTACAATTTACAATAACTATTCTTGTAAATAAAGCACATGTGATTAAATATTGTTTGTTTTTCACACCATTTTTCCTGTTAATTTGTTGGTGGAATTTCTTTCAAAATTGTAAAACACTGACCCCAAAATATTATTACAAATACACTTTTAAATGCTGTAACTGTTTTTATTCTTGTATATACAGTATAATTATGCTTTTAATCTGTTATGCTTACGTAGACTGCATTTATATGAGCATAAACGCATTAAAAAGCATTACAATTGCCAAATCTTTAGCCTAATTCAAGATAATTATTTTCTATTCAATATTCTTTTGTATTCAATATTTAAGAGTTTTTAATAATAACCAATATTTTTTTAAAATTCTATATTATTATTATTATTATTTATTTTATTTTTTTCTTTTCATTTTTTTTCTTTTTATTTTTATTTCCAGCTTCATCAGTCTTTGTCTCATGTGACTGCCTGACCAATATAAGTATTATTCAGGCCAGTGACAAAAATAGCTCTCTACCTTTTTAGCTTGTTCATCCTAAATCTTCTATGATTCATTCATTGTTGTCTTTCTCATTTCATCTAGTCCCGCTTGGCAAGAATCCTTCTAATGCTAGCCAAAGGCCTCTCGCCAAGTCTTACATGTTTAAATATCAGATGAGTCCAGATTGATGTTGACTGAATTCAGGTCAGTCTTTGGAGCAGGGTCTTGACCTGCTAAATGTCACCATAAGAACACTGTGGGGTTTATGGGTGTCCCCCGGGACCTTAATTCTTTGACCTGATCGGCATGACCCGACTTACATTTACTATGATGTGGAAAATGCCAAAGAGGTCAGGCCAGACACAAAAACAACAGGGCTGAAGTCATGTTTGCGTACATACACCGAACTTTTTAATACCTGGAATGGATAGAAAAAGAGGCATTTTCAAAATCGAAAATAATAATAACAGTTATAACTATACTAAAAATAGACTTTTTATGACAAATTGAAAAAAAAATATGTTTTTAAGTATGCTCACCAAAGCTAAATTCATTTGCTACTAAAATGCTGTAAAATATTCATATTTTGAAATAAATTACAATTTAAATAAACTTTTTTTTCCATTTTAATATATTTTGTTTAAAGGGTACCTATGATTAAATCAACTTTTGTAAGCTCTTTGGACTGAACTGTGTGTAGGTATAGTGTGTTCGATGTTATAATGGAGTGATATAAAATCAATAAGTCTCCTTATTAAAATTTCTTAACGTTATTATTAGGACCCAAATCACAGCAATTTTTAGGCCCACCGCAACGTGATATAGGAGTGCAGTTGTCCCTGGCCACCGAACTGGTTGACAGGTACCATGTTTCCATAATAACATGTATACACAGAAAATTTTCTTTTACAAATAAACTGGGATTAAAATAACTGTTACAACTCTCTGTGATTTTAATTAGTTTTATAAATTTAAAATGTTTTTTAAAAAGAGTTTGTTTGTAATAAAGACACTAAAATTGCTGTGTAATTCTTAACTGCTATAATCACCACGGCCGCATGGTATCAGTAAACATGCATATATATGTGTGTGTGTACAGCAAACAGCATTTGTGTGAGACTCATCATTTCAGAAAGGCTTGAATAAACTTCACCACAAATATATCAAATAAACGTACTTGATATTTTGGTAACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGCATTTACTAAGATGAACTAATCATCAACACATGTAAAGCATTTATTAATCATAATTGAACATATACTAATGCATTATTAACATTCAAGTCCATGCTTGTTGACATTAGTTAATGCACCATGAGTTAACATGAACTAACAATGAACTACTGTATTTTCATTAACTAACAATTAATAACATGAATAAATATTGTAGTAAATGTATTATTCATTGTTCTTCATGTTATTAAACGCATTAATTAACATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGACCGGTATTTTTGACTAATGAGCTGTATTTCAGCTTCATCCGAGTCTGTCTCTGTCACTCTGCTGTTTGTGGAAACGTGTAAACGTTGGGCGGAGAAGTGGTTCATTTGGATTTAAAGCTACAGGCTAAACAGCTACAATGTATTCAGACAACAAAGTGTGTGTATTTTGGAGGCTATAATAAATAATCTGATGGGTATTTTGAGCTGAAACTTCATAGACACATTCAGGGGACACCAAAGACTTATCTTACATCTTGTAAAAGGCGTAAAATAAATGCCCTTTAAAGACTAATTTTGAAGGAAAAACTGAACTTAGAAATCAAAAATGTTTTACAATCGATGTTGAAAACATTTTTACTGTTTAATATTTAATATGGATTATTATATGGTTTAATAAACATTTATCAGGATTCATTAAAAAATTCAAAAAGCATTTAAGTAAAATAGACATATTTTGTACGTTTTTTTAACGTTATTTTGTCTTTACTGTTACTTTTGTTACTTTACATTGAGGTGTACAGTAACAAAACGTACAAGTAACAATTTCTTTTGTCAATTTAATAATAATAATAATAATAATAATAATGATAATTATAAGAATGAATATAAAAATTAAGATAAAAATAACATAGACTTTTTACAGGTTAACAAAAAATATAGAATTGCTCAACATGCTCACCAAAGCTTTTTCACCAAATTTTACTCTTTAATATTTAATATAACTTATTATATGGTTTAATAAACGTTTTATTAGGATTCATTAAAAAATTCAAGGAGCATTAATATAAAATAGACATATTTTGTAACATTTTACTAGTCTTTACTGTTACTTTTGTTTCTGTAACTGTTTCTTTTTTTAATGTAATAATAATTACAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATCTTTTTAATCAAAAGTTAACAATTTTTTTAAAATAATTTCATTTAAATTAAAAGACGTATTTTGTAACATTTGACATGTCTTTACTGTTACTTTTGTAACTGTTACTTTTTTTATTTAATCTTCAAAATAAAAAATCATATTATGATAAAACTATTTAATGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAATCTTAGGGCTGTAGAATCCACTGAAAGAGAAAGTCTTTCTGTCAATGACGTTGACTGATGGTTCTCCAGACCAGACATTCAGCATTTTTATAACAGACCACAAAAAAGGTGTCTGGTGTGTGAAACACCTGAGTGAATCCTTGTGCTGCTGGAGTGTGAAAGCGTACTGACGTATACAGTATATCAGCTCTGCAGCCTCCATGATTAACTTTACAGCTCATCGTTGCTGTCCGCCTCAGTTAAAAATAGCCTTTTTTCTTCAGGATGGAGAGAATATAGTGCGACCAGTTTTAAAACAAGCCCTGGACAGCCTTGTGGTTCATCCGCAAGGCCCCTATGAAAACACTGCCCTTACAATGGTCTTTCAGCAGCCTGGAAAACTTGGGACTGTTTTTTTGTACAATTATTGCAGAGCTTTAAAAATAAGTTCATCGTATGCTCTTGAATGCCACGGTTGATAAATCAGTATTATCAGCAACATCTCTTGTTAGGGTGCACGATAATGGAAAAAACTGACATTGCA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Seq C2 exon
GAACACTTTGGAACTTGTCTTCGTATGAGCCGCTGAAAATGGTGATAATTAACCACGGCCTACAGACGATGACTAATGAGGTCATCATCCCTCATTCGGGGTGGGAGCACGAGCCCAATGAGGACTCAAAGCCACGAGATGCGGAGTGGACCACTGTCTTCAAGAACACATCGGGATGTCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061688:ENSDART00000146070:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.302 A=NA C2=0.323
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0051418=Arm=WD(100=24.3),PF0051418=Arm=PU(81.0=20.1)
A:
NA
C2:
PF0051418=Arm=PD(16.7=11.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]