GgaINT1006772 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002040 | ARVCF
Description
armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_989796]
Coordinates
chr15:1097717-1105811:-
Coord C1 exon
chr15:1105312-1105811
Coord A exon
chr15:1097901-1105311
Coord C2 exon
chr15:1097717-1097900
Length
7411 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
AATCACTTTTTCTCCTGAAGGCA
3' ss Score
6.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGCTATGATGACCCCATTGAGACAGAGATGGTGGAAGAGAGGATCCCTTACCTCCACGGCAGCTACGCGGCACCGCTGGCACAGCCAGAGCGAGGAAGCATGGCCAGCATCGACCGCCTGGGGAAGCGCTCCCCCTCTATTGACAGCATTCGCAAGGACCCCAGGTGGAGGGACCCTGACCTCCCCGAGGTCATTGCCATGCTCAGCCACCCGATTGACCCGGTCAAGTCTAACGCCGCTGCCTACTTGCAGCACCTGTGCTACGAGAATGATAAAATCAAAAAGGACGTGAGGCACCTTAAGGGGATCCCCATCTTGGTGGGCCTGCTCGATCATCCAAAGCCAGAGGTCCATCGCAAAGCCTGCGGGGCCCTCAGGAACATCTCCTATGGGAAAGATAACGAAAACAAGGTGGCTATAAAGAACTGTGATGGGATCCCTGCTTTGATCAGACTCTTGCGAAAAACAAATGACATGGAAGTCAGAGAGCTAATTACAG
Seq A exon
GTCAGTGTCTGTATTTTCTTTAATAAATTTACTCTTTAGGGAGTCCTTCCAGTTTCAAGAACAAGAATTTCTGGAGATAAGGATGCTGCATTTAGATCGCTACCTGCAGCTGTTTCTTTAGCTGTACTATATCTGTGGCGTGAGAAAGCCTAAGGCTTATGCCTCCTTTAGGTGGAATGCATGATCATCTGTGTATGTAGCGCGCTGGTTTTCCTGAGCGCTGAGGGATGGATGGTGCTTCTTGGATGTAGCATGTGGTTGGGCAACTGAAGCTTCAAGAAGCTATAGCAATGCTATTGACAGATAATTTGTACTGCCCTTGCCCTCAGTGTGTTATAATCATGAGGTAAGGTATGCTAATCTAAAACTTTCTGTGTTGATCTTTTCTAAAACAATGCTGCTGCTGTGTCCCAACTACTCTGTATTGATAGGTCGGTCTCCTCAGCAGCATGTCCTGCCCTGGTGCTGATCCCAGGCTACGTATAAATCACTGCGTGTCTGTGGCTGAGAGTGAGGAGATGCTCTGGTGGATGTGTGAGTTGTTCATTGCAACTGGGAAAGGGAGAATGATATTTTTTAAATACTGGGTTCTTGCGCGCTTTCCAGGGATTTTTCAATCACTTACAACTCCATTATTCAGCCTATTTTTATTTGAACTTAGTCTTGGACGTGGCCCAAAAGGAGTAATAAAGTATATGCCAAGTTTCAAAGTTCAGCCATTAAGTGGAAGAAGGTGGAAAAGTATGTCAGCTCTTAAATATGGAGAAATATATTGTTCTTTGGTCTCCCATAACTCATGAGGATTGAAATGGATTTCTCTTTCTTTTCTCAGAAGCAGCAGGGGAACCTGGGGAGCTGCAGTGCATTTCAGTGCCAGAAAAAAATATTTCGCCACAAAAATATCAGTCCAGGACTGAAACTGTTCAGCTCCCTTATCAGTGTAGGGCTGTCCAAGCAGACCCTATTGCAAATGTGGATTAAGCCATTTGAAGTAAACATCGTAATTCTATAATCGCCTCAAAAATATGGCAGCTGTCCAGGTTTTTACTGGTAATCGTAATTCTCTGAGATGAACGGTGGCCCTGGGTGTTCCAACCGTTCTTCCCCCACCATTTTTAACATATTTAGAAAACTAGGTCTAAATACAATGTGGGCTTTTTTTTCCCAATCCTTTCCCACACAGCTGGTAGAGGAGAGCTGCCAGTAGCACGCGTTGCTTTGAGTGCTCTGTGAGCTTTGTCTCCTAACGTGGAAGCTGTGTGGGTAGTATTTATACACCATTTGTTGCACTCATTTAGAATGATGACTTTATTTAAAAAAAAAAAAAAGAGTTGCTGTTGATCTGCTGTTCTGGTTTACCGAAAACTCATTTCTGGAGTGCTGGGAAGGAGTGCATTTATTTCTTTAGATTTGGGGAAGGAGAAACCAGTCTGTAATTTACTCTGAAGGAACATCGTTACAATGCTAAGCGCTAATCAGTCACTTCTGAGACGGCAGAAACAAACTGGTTGTTTTCCCTTCTTATTCTAAGTGGCCATTGCCTCCATTTCCAATTGATATATTAGATTTGCAATTCAAATAAATTTTATTTGACAGCACCTCCTGCTAATTAAATACAGTATTTTTGTTCCACTCCTTTTTTGCTATTTAAAGCTCTTTATTTCCCTTTCCTGAGAAGCACCAGGACTATTGAGGGCCTTAACCTAAGCAGATGTCCAGCAACAGATGATATGCGTTTAATCTCCTCCTAACCAGGAATGGCTTCAGTCCACTTCTAAAATGACATCACCAGATCCGGTGTGAGACATTCAAGCATCTGTATAGAAGAGAAGGGTATTCCAGCAATGCTTCTGTAACTGATGCTGGAGTGCTTTGCAGACAGCATTTGAACCCCAGCTGATGGTGTGGAACCGTCCAGTCAGACTTCAGCTCCAGAAGGCAGCATGTCCAAGGTTGGCATGGGCACGCTGACTTCCCCACATTTTACTATTTCTTTAACACTGGCTGCTTTATGAAAGCTGACCTGTTGTCATCAGCAGGTTATCCCAGGTGTGGATGACTGATGAAATAATCCTGCTTTCCAAAGACATTTCAGTATTTTGAAGATTTAAATAATTCAGGTGCCCGAATGAAGAGCACTTCCATGCAGTCTTGACGTTTTGGTTCTCCAGCTGCAGGGCACTGCCTGCCCACAGGACCGGAGGCGCATGGCAGCTTACTGCAGGGCTCATCCTCTGCAGTTAGGAGGATGATTTCTGGCTGAAGCGTGTGTCACTGATCACTGATTTGTGAGTCCCAGGCTTTCCTGCAGCTCCACGGCCTCTCATTAATGTGGTGATCGGATGCAGTGGCCGCAGCTGTGCAGAGCAGTGTGAGTGGTGCAGCCAGCTGTGGCTGCTCACCTGATAACGGGCAGAGCCAGAGCAGTGCGGTGTGAGGGTGGGAGAGGTGGAGGCAGTTGCAGGGCAGCATAAGGAGGGAATTGGGTGGGTGCTCCTCTCTGCTGAGCGCATGAGACTTGGTGTGACAGAAGTGTGTTTGCTTGACTGTTGCCTAGAATATACTTTTTGGAGAGCGTAGCAGTCTGAGTATACTGATACGGCACTGCTGTCGCATTAAGCAAGCTTGTAGCATTTTTCTCTTTCAGATAATACACTGTTTAGTAGAGTTGAAACCTCTAGGTTAATGTCACAGCTGTTTTGCCAACTGTTCCTGATATATCTGCAAATGGCACTGCAGCATGATGTCCATCCAGGTCACACAGACACGTGAAGCATTTAAAGTACTCACAAAACTCAAGATGCAGTCATAAAATAGCATAGATCTCACTTTTCTCACTTGGCTCCATCTACTGCACTGAGGAAAGCTTGTGTTCGTGTCCATAAGTAAATCATGAGAGGTGTTGCACAGAGCCATCCCTTGCCGTCCCTCTCTTGTCTTGGCACTATGCTGCTGAATTCCCAGTGCATCGTTTTCATGATAACTGAAGGGAAATGAGGATTAAACTGATAAGGAATAGAATCTGTTCTGATTGGGAAAGCTGTAAGCGTTTTTTATTGAGTGATAAGGGGTTTTTTTCCTATCAGATATGCAAGACCGGAATTCTATTACATTCTTAGAAAAGTGATCAGAGGTGGGTAGCATTAATGAATAATTTATTCTTTGTGAGAAAGTTGAAAGTAATTTTGTTGTTTAATGACATTGCACAGATTCTAAGTGGTGCAGAACATGAATTTCCTGATGCTTTGTGTTGCCAGGCTGGTTTTAACTGACAAATGATTGACCTTCAAAATGCGGTGTGAAGGGTATATTTTGATCTAATACTACAACAGAATCCTTCAGATGGATCGGCTCGCACAGTGTTCACACCTGCTGGCCGTCCCCACGTGCTCAGATCCCGTGTGCTGATATGGTGCTAGTTTCTTTTTGAACTACTGTGCTGCCTTGAACATGAAGATCCCATTTTCTGTTAGGAGGCTGTCTGAAGAAGGTCCCATTTCATAGCCTGTTCTGCAACACAGTAGCTCATGATGAGAGTCTCCCTTAACTGGTATTTAACTTCAAGAAGTGCGGCTCCACCCTTCAGCAGTTGGACTGACACAGTCAGGTCTGTAGGTGCCCAATAGTCGCGTATGGGCCAACACACAAGTCTGTGGTGGATGGGATGGAGGGTGCTGCTTTTCTCACAAATGATCAATGATTCAGTATAGACCATAAGAAGGTGTTTTAACTCTTCATTCGAGCTAATTTCGTGGTGACAGTGGATTTTTGCAAGTAAGCAGGCACAGCAATGTAAGATTTGCCTTGGATTTTGGAAGGTAATAGCATCGGTGGTACTCTGACACAGTGTCTTTAGAAATCTTCTTTACGCAGTTAGCTCCAAGGAGGCAGAGATTTAGGAAACTGCCTGTGGCCCTAATCACTTCTAATGTGACAGACTTTGTGTAGCTATGTGTACAGCTTATAGTACTTTTGAGATATTTTTATGACAATCAGTATTTTCGAAATGAAGACGTGTAGCCATTGTCCCTGCTGAGCATCCTGCAACGTGGAGGTAATGATTGCAGTTAGAAATATGTATGTATTCTGCAAATAGTGCTTAGGAATATAATGAAGGGTTGATCATGATGTGATTGTCTTCTGAAGAGCAGTAATTCATTATTGAGCCCTAAAATTCTTCCAGTCTCTGGTCAAAAAAGGCAGATCCTTGTGAAAGCATATGGGAAATGTAGATAACTTCCTTTCCCTCACGCTGTGTGTTGACTTCATTTCTCTTGAGCACTATTTGGTTGAATTGATTAAACTCAGAGTTTTAAAAACAGTGTTTCTAGCCTGTTAGCTCATTACTGTGTTATGCGGACAGAGGCACAGAAGGATTCTTACAAGGTGGATGTCAAATTTGCAGTTGTATTGTTTGGTTTTTTATCACTCTGTTTTTCACACTGTTAAAATCTACAGCCTGATAAGACTTGCTGTTGTTTGTTAGGTTTCCATGGCTGTCCCTGTCCGTGTCTTTACCACGAGATTTGTTACCTGAAAGGATGCTGGGATTTACACCTCTTATTCCACAACTGAATCACAAAATCTGTACCCCTTCTTGTGGGGTATTTTCCCCATAGTCAGACTCAAATCTGCCCTTTTTCCCTGGCTCTGGAACCTCAGGGCTCCCTCATCACTGTTGTTTATCTTGGGCTATCTTTCAGCCACGTGCTGTACGTTTTCCTTCACTAAATGCTGTTCAACAGGCAAATTCCTTTGGTTTTCCCCCCATGCAACCACAAAAATGTGTTTTGACATTTCTGGGTAACTTGAAGAGGTTTCTGCAATGTGTTTTTCATAAGACAATATTTTGTCATTCTTCTTTGTTGGTATTTTCTGTGAAACGTTTGAGAGGTGAGAAAATGGCACACGTGCCAGCTGAGGTTCCTTTCTTCGGAGGAAAGGCTTTCTGCACAGCTTCAGCTCCAGCAGGCATTGGAGGGCAAGGAGATTGATGGTCA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Seq C2 exon
GCACTCTGTGGAATTTGTCTTCCTACGAGCCCCTGAAGATGGTCATCATCAACCACGGCCTGCAGACGCTCACCAACGAGGTGATTATACCCCATTCTGGCTGGGAGAGTGAGCCCAACGAGGACTCCAAGCCTCGCGATGCTGAGTGGACAACTGTCTTCAAGAACACTTCTGGCTGCTTACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002040:ENSGALT00000003170:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.286 A=NA C2=0.306
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF136461=HEAT_2=PU(97.2=63.1)
A:
NA
C2:
PF136461=HEAT_2=PD(1.8=3.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]