DreINT0038125 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100129 | brd3b
Description
bromodomain containing 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5316]
Coordinates
chr5:63767160-63773302:-
Coord C1 exon
chr5:63773192-63773302
Coord A exon
chr5:63767483-63773191
Coord C2 exon
chr5:63767160-63767482
Length
5709 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAATA
5' ss Score
0.92
3' ss Seq
TTTGTTTTTTTCGCTGGCAGCGT
3' ss Score
8.3
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACAACACTACCCAACCAGTGTCGACCCCAGCCATCTATTATGCTTCTTCGCAATAAAAGCTACCCGAAAATCTGCAAGGACAACGCAACCGGAGCCGCTAGGAGTGAAA
Seq A exon
GTAATAAAGTACAACATATACATTTACGTTTAGCGCATTCCGACCGGAGTTCGCGTTCAGTTTAGGTGAGGTATATCGGTGTTTTGGGGGGAAAACACAGCTGAATGTGGCTAGCAGGATCTCCTCTGACAGAGTCGAGGCTGCTGATGAGCGGCGCTTTGCAACAATCAATGTAACAAAACCTGTTTTTTCACGCGCCACCGTGTCGATGTGTGAACGCAAAAAGGTCGTAATCGTTTGCGCTGTTTTTTCCTCGTGGTATCAAGTGTTAAAACCCGGGCTGCTGGACGCATTGTGGGTTGATTTCAAATTAGCCCGCTGAGTAGCTAGCCGACTGAACGGCATGCACACACAATGGTTGTGTTAAAGACATGGTGGGGCTCGATCCTCGGCATTCCTCACTCGATGCCCTGTCTCTCCCGTGCCCGCCATCTTTTCAAGAACTTATACACACACATATACACACACACACACGCCTGATGCAGTTACTTTAACGCGGGATGGCGAATGTTTTTGTCCAGTCGAGTTTCTGGTTATGGTTTAAATGCGCGCAGGGGCGCATTTTGCTAGCTGATGTTTTGGTTTAATTCTGACTAAACCTGCAATTTTTTATGGCCTCTGATGGGCAGGCGCAGATTTGGGTCGATTTGTTGGTGTTTACAATAATTCGGGGTTAGTTCAGTTGAAAAACACAAGTTTACTGAATCTATCTGCGTTTTTCACTCTTAACGTTAGTCATTTTGTTTCAATGGGTCGTGTGAAAGAAACCCTGATACTGTAGTTGAGACTTTTAACATGTTTAACTACCGGAGACCACAAACTACTGCTTTATATGTGCAAGTAATGCTGTGAGTGTTGTTTCTAAATTAATTTGATGTTGATTAATAATTATAATACAGGTATTGAAATGTATGTGCTTGTTAATGAAATAAAAACGCCAGTAATATTAATATATGCACAAAGTAAACAAAATTACGGTGTAAAATGGGATTATTTTTATAAACACCCATTCATACAGGACTTTTAACTTCGTTATGTACTGGAGAAGGTGGTTTGTTTTTGTATTTTAGCTGGCACTTGTGCAAATAATACTGTGAGCGTTGTTTCTAAATTTGATGTTGATTAATAATTATAATACAGGTATTAAAATGTATGTGCTAGGCTATTAAATAAAAACGCCAGCTAATATTAATATATGCACAAGCTAAACGAAATTATGGTGTAAAATGGGATTCATTTTTATAAACATACTTTCATACAGGACTTTTAACTTCGTTATGTACTGGAGAAGGTGGTTTGTTTTGTATTTTAGCTGAGACTTGTGCAAGTAATGCTGTGAGTGTTGTTTCTAAATTAATTTGATGTTGATTAATAATTATAATATAGGTAATTGAAATGTATATGCTAGTTAATGAAATAAAAACGCCAGGTAATATTAATATATGCACAAGCTAAACAAAATTACGGTGTAAAATGGGATTATTTTTATAAACACACACACATACAGGACTTTTAACTTCGTTATGTACTGGAGAAGGTGGTTTGTTTTGTATTTTAGCTGGCACTTGTGCAAGTAAAACTGTGAGCGTTGTTTCTAAATTAATTTGATGTGGATTAATGATGATATTGAGATGGATGTGCTAGTTAATGAAATAAAATGGTCGTTTGTTTACCACATACACATTCACTATGATGTTACTATTGATAAATTACCTTATCCCCTCACTGGCTTTAGTGTACTGCACAAACTAAACTAAATTATTGTGTAAAATCAATTAACTTCACACATATAGGACTTTTACCTTGTTTAACTGCTGGAGAATGTGATTTATTTTTATATCTTAGCTGGCACATGTGCAAGTTAATTCTGTGAATGTTGTTTCTAAATTGATTTGATGGTGATTAATAATTATATTACTATGGGTATTGAAATATATGTGCTAGTTAATGAAATAAAAACGGCAGTTAATATTAATGTATGCACAAGCTAAGCGAAATTAAGGTGTAAAATGGATAAATTTTTATAAACATACACTAATACAGGACTTTTAACTTCGTTATGTACTGGAGAAGGTGGTTTGTTTTTGTATTTTAGCTGGCACTTGTGCAAGCAAAACTGTGAGTGTTGTTTCTAAATTAATTTGATGTGGATTAATGATGATATTAAGTTGTATGTGCTAGTTAATGAAATAAAATGGTCGTTTGTTTACTACATACACATTCACCGTGATGTTACTGTTGATAAATTACATTATCCCCTCACTGGCTTTAGTGTACTTCAAACTAAACTAAATGATTGCGTAAAATCAATTAATTCCACACATACAGGACTTTTAACTTGTTTAACTGCTGGAGAAGGTGATTTATTTTGTATTTTAGCTGGCACATGTGCAATGTAATGCTGTGAATGTTGTTTCTAAATTGATTTGATGGTGATTAATAATTATATTACTATGGGTATTGAAATATATGTGCTAGTTAATGAAATAAAAACGGCAGTTAATATTAATGTATGCACAAACTAAACTAAATTATGGTGTACAATGGATTAATTTCATAAATGCACACAAATACAGGACTTTAAACTTCATTAAGTACTGGAGAAGGTGGTTTGTTTTGTATTTTAGCTGGCACATGTGCAATGTAATGCTGTGAGTGTTGTTTATAAATTAATTTGATGTTGATTAATGGTGATATTGAGATGTATGTGCTAGTTAATGAAATACTAACATTGTTTACTACGTACACATTCACAGTGATGTTAGTATTGATAAATGACATTATCCCCTCACTGGCTTCAGACTGTACACAGTAATATATGCTTAAATTAAACTAAATTATGGTGTGAATTGGATTAATTTCATAAACACACACACATACAGGATTTAAAATGGTTTGTTTTGTGTTTTAGCTGGCACATGTGCAATATTGTGAGTCTTTTTTCTAAATTATTTAATGTGGATTAATGAGGATATTAATTTGGGTATTTAGATGTATATGCTTGTAAATAAAATAAAAAACACTCTTTATTTATTTTTTTTCTTTCTTTATTTTTACAACATGCACATTATGTTAGTATTGATCGATTAGATTGTCCCCTGACTGGCTTTAGAATGTACACAATAATACATGCATAAACTAAACTAAGTCTTGGTGTAAATTGGGCTACACTGCAAAAAATGCTTTTCTTGCGTAGATTTTTTCTTTTTCTTTTTTTCTAATCCAAATATCTAAACATTCTTATATCAAGAAGCTTTTTCTAGGTAAGCAAATCATAATGTTTTGTTTTCGAAAATAATATGCCAATATTAAGTGAGTTTTTCCTTAAAACGAGCAAAATAATCTGCCAATGAGATAAACAAAATAATCTTGCTTTTTCTTTTGACATAAGATAATTTTTCTTACCCCATTGGCAGATGTTGCTGGTTTTAAGGAAAAACTCACTTCATTTTGGCATATTATTTCTTAAAACAAGACAATATGTTTTGCTTGTCTAGAAAATTCTTCTTGATTTAAGATTTTTTTTAGATATTTGGACTAGTAACAAGACAAAACATTTAATAATTTGTAATTTTTTTTGCAGTGTAATGTTATAAATGCACAAACATACAGGGGGGGGGGAGAGTAAAATACCACTTTTAGATTCTCATTGTCACACATTTCTGCTGTGTGAATTGTTCTTAGATCAACATCATTGTTATTGACATTTTATCAATTTTAATATATGCATAAACTTGGCTAAATCGTGTTGTAAATTGGACACATTTTATAAATGCACGCACAGAAAAAAAAAAGATAAAACATCACTTGAAGATTCTCAGTTTTTTTGGATTAAAGATTTATAGTTTTGAGTAAAATCTCATGTTTGCTTTGAAAAGTACTAATAATATTTCTTCTGAATGTACATAAAAATATAGATTTTTGCATAAGATCACATCAAAATGTTATGTGTTTGGACATCTTCAGATGGTAAAATTTCAAAGGAACTAAATTAATTTTTTTGTGGGATAACCATGATATTCAGTCAACAAATTAAAACATTTGTTATTCTGACAAATTGCTGTAAATTACACTGTTTTAATATTTCAAACCAAATATTAACATTTATCTCAAACCCTTACCTTATACATACCGTAAATCCAGAGAAACTTACCTACTTATAGGACTGGGCAATATGGGAAAAATGCAGTCTCGATAATTATTAGATATGACCCGTGGTTTTTTGCCCTCGTGTCCAAGTAATTTGATTTTGAGTATCTGCCAATACTAAAACCCCATTCGATACTTTTATAATACATAAAAAAAGCATAAAGAAGAGCCAAGAAACAGATCCAGGATGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTAATTTACATTTATTTTTACATTCAACAACTCTGTTAACAAACAGAGCACTTCTGTGAGGTAGCTTGAACAATCAAGTAATAAATGACAGATCAATTCTTCACTTTTGGACTTTACTGCAACAGTAAATATATATAAAAAATAATATAAAAACAAATAGCGCCTCAAAATAAAGTGCTCGTCAGGCAATCCCAAATTTACATATCTCAAAGTCTGCTATGGCAATGTTGTCATCATTAACTTTATAATACCTGACCGCAGACATACTCACGCTTTCCGTTTCAAGCTGCTTCTTAGCATTCAACCAATAGCGTCTCAGCGACTAAGTGATGTCAAGCTGCACGCGTTGCTGTTTCTGTGTGAAGTTAAGAATGAGGTCTAACTCTGTGCCAACGCATAAATATAGATGTGTTATATATATATTTGAGTCCAGATCGGGAGGTAACGTCTGATTTCGATCAAGTCTGAAACAGCTAATCAGGCCCGATTTCCAATCACGTGATCGGATCTGGACATCCCTAATAAATATTTTCTATATTGAACTACAGCGATATATATGTTAATACTTTCCGATTTAAATGAGTACCCATTACCCAACAATGACCAAAGACGAAAATTGGAGAGTCCATTAAATT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Seq C2 exon
CGTGCTGACACTCAGGTCCTGAGATGGGATGTGTGTGTCGAGGTGGGACTAAGGAGCAGCAAGAGGATCGTTGTAACTGAGCTACAGACGTCATTCAAGCAACAGCTTCCCCCCTGGCCAATATGTCGGCAGTCACGTCCCCTGCCCAGGTGCCTGCACCTATTGTTAACCCGCCCCCACCCGAGTTCATAAACTCTGGTAAGCCGGGCCGGAAAACCAACCAGCTACAGTACATGCAGAATGTGGTTGTGAAGACTCTTTGGAAGCATCAGTTTGCGTGGCCCTTTTACACACCTGTGGATGCAATCAAATTGAATCTGCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100129:ENSDART00000168030:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.224
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0043920=Bromodomain=PU(33.3=43.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]