GgaINT0123967 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002682 | BRD3
Description
NA
Coordinates
chr17:7857671-7871805:-
Coord C1 exon
chr17:7871608-7871805
Coord A exon
chr17:7857988-7871607
Coord C2 exon
chr17:7857671-7857987
Length
13620 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAATC
5' ss Score
0.63
3' ss Seq
CTTCCCCTCACTTGCTTTAGGTT
3' ss Score
10.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002682:ENSGALT00000004226:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.448
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0043920=Bromodomain=PU(33.3=43.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]