DreINT0038567 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099321 | btbd17a
Description
BTB (POZ) domain containing 17a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-130531-68]
Coordinates
chr12:36402941-36409075:+
Coord C1 exon
chr12:36402941-36403223
Coord A exon
chr12:36403224-36407988
Coord C2 exon
chr12:36407989-36409075
Length
4765 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
CCTGTTCTTCTGTTCTTCAGATA
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTAAGAGCAGAAGGACTGGTTGAAGGCTCCGCAGAAGTGATCAGTCACTCTCAGGGTCTGGTGGCTCGGCTAGAGGGTCTCCTCTTGCTGGGGAATAACAGTGATATTTCCCTACGTGTGGAGACAGTGGATGCAGATGAGGTTAAGGTGATCCAAGCCCACACGCTGGTGCTTTCAATGCAGAGCCGAGTGTTTGAGGAGATGCTGAGAAAGCGCAACAGCAGCACACTTGTGTTGCAGGAAACAGCTGAATGCACTGCTGTGTTTGACAAGTTCATCAG
Seq A exon
GTGAGAAGCACTGATAAGGGAAAGATGATTGGATTTTGTTTTATATATGGGTTAAAGAAAAGGCATGTCATTTTTTGGACTGCTTCAAATTAATTTACAGTTTTATTTATTTATTATGCTTTTTTGTGGAACACAAATGCGGAATAGTTCAGTTGCTGTTGTCTCTATTGGACAGTACATGTTTTGTTTTACATTACATTCGCATTTGAACATTTTTAGGTTTGAGTTAAAATAATACAATTTAATAAACATTTTAATAAACCAACTAAAATGTACTGTATGTACTGAGCACATTCTTTCAATAAGTGCTTCAGTAAAAAGAAATGTATAAATGTAGGCACTGAGCATGATTTGTTTATGTTACAGTTAAATAAAATCACAGTATTGGGCAAATTACTTTAAAAATAAAATAATAATAAAAAATAAAATCAAAAATAAAATCAAAAGTTCTGACCACATTATCATTTGTTTTAAAAAATGGAAATTTAAATACATTAAAAACACTTTTTCTTCTAAACTTTCTTTTATTAAATGTTATCAAAACAAATAAAAATGTCTTTAGCACAATCTTTTAATAAGTGTTTCAATAAAATAAAATGCAATAAATGATACATCTGTTTAGGTTTAGGTTTAGGTTGCTTTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAGTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAATGTAATAAATTTAGGCACTGAGCATGTTCTATTTAGGTTTCAGTTAAATAAAATCTAAGTATTGGGCGAATTAAAATAAAATAAAACATTTATAAAATAAAATAAAATAATAGTAAAATAAAATAAAAAGTTCTTACCATTTTTTCTCAATGAAACAAAAGTTTAATACATTTAAAAATTGACTCTTTTTCTAAAATTTCTTTTTTAAATATTAATAAAACAACTAAATATGTACTAAGCACATTCTTTCAATAAGTGTTTCAATAAAATAGAATAAAATAAAATGCAATAAAATAAAAATAATAAAAACTAAAATGACAAATAAAACGTGTACTAGGCACATTCTTTCAATATGTGTTTTAGTAAAATAAAATAACATTTTAATAAATGTAAGTATTGAGTGCATTTGGTTTATATTTCAGTTAAATGAAATCAAAGTATTGATTCAAAAATAAAGTAAAAATAAGTTCTGACTACATTATCTTATGTCTTTATATAATAACATTTGAAATACTTTCAAATAAAAAAATAACTCTCTTTTCTAAAACACATTCTGTATTAATTTAAATTAAATGAAAAAGCATGCATGTGAGGTGATGATGTTCATGATGAATTTTATAAAACTCACAGCAAATAGTACATTTTAGGGGGGAAAACTCCTGTAGTTCTTTAACCTCCCAACATGTGAACCTTAAAACATGTTTGGACATGACAGCTTTTGAGAACATTCCCATCCCACACGTGTAACACACTCTCTATTGGCCATCAGTGGAACTGCAGCAGGTTAAACCCCAACAACATAACAGAGTGATTTACAAATGGACTCTCTCCTCTTATATAAAACAGCTTTATCATGATAAGAGCTAAACAGGGTGAAGTTACAGTGATGGAGCAGGGCTAGCATGTAGAGACAAGAGCATTTATTTTGTTTGGGCTTTGATTTCTTTTATGGTGATCCAAAAGATAAGACGACAGAGATACAATCAGTTATTTTTAAAAGGAAAATGGGGCAAATTAATGTTGCAGACAGCATGAAAGAATTGCAAAAAATAAATGCAAAAATAAAAACAGAAAAAAGCTAACTCAACACTCGTTGTTAGATGTTTATATATTCATAAGAGCAAAAATGCATATTATTTAATCAGGTAACAACATGGTTTGGTCACAGAGTACACAGATATCACACCTGGGAGAGCCTGTAAATATACATTACAATGTACTCGACAATATTGGCTTGCTTTCAATAACAAATGAAAAGTGAATTGAATGCACACACCCCAGAAGAGGAGGAATTACAATTTGAATTGGAATGACAGAACAAGGAATTGTACCACAGCCAAAAAAAAGTACTGCAGCATTCTCAAAACTTCCGCAAACACCACCACATGTAAATTTTGTTTTATGTTAATGTATTAGATTATTATAATAAGAATATCTTTTTTTGTGTTGGAAAAATATAAAACGGTATTTACTAATCTTTGTTTTTAGTTTTAGATTGTTTCATCAAAGAAACACCGTATGAGTCAAAATCATTGATTTTCCCTACAAGCTATTAGAATATAAGGTGAAGATGATGTTTTATTAAGATATTTTGTCCATTTCTTTTATGTAAATCTATCAAAACATAATTTTTGTTTACTAAAATGCATTGCCAAACATGGATTTGGACAGCTGATTCGAGTGTTATAACTCGATTAAATGGGTGTTATCGGTGGTTATCAGCTGATAGATATAGGCCAGTAGGGGCCTTCTGCGCCTTCTAGCATGTTATCATCCATATACATGGTTAATCAGCTATAGATCACATTTGGCTGTGGCAGGAAGTTAACTTGAATTATTTTTTTTATTTATAAAATTTCCTATTAAATGTATTTTATTAATGTTTACCTCTACCCCAACCCTAAACCCAACTGTCACAGTAATGTTAAAAAACAGATCTGGATCTGGAGTCTTCTCTATTAGTATAGCTGATTAACAACGAGAATTATTTATATTATTTATTAAATTTCCCATCAATTGTATGTTATTAACGTCTACCCCAACCCCGTCTAAACCCAACTGACACAGTAATGTAAAAACAGATCTGGATCTGGAGTCTTCTCTATTAGTATAGCTGATTAATGTGGATGGATGATAACAGCCTTCTGAGCCTACTAGTAGACGCAAAGGGCCCCTACTGGCTCATATCTATCAGCTGATAACCACTGATAAGGCCCTTTCAATCTAGTGATAACATTGGAAGCGGTGGATTTAAAACAGCTTTAAATGTGTTTTTCTCAGCTTTTTTAAACCCTCAGATTTTCACAGTTGATTTTTCTGCCAGATATTGTCCTCTAACAAACAATAAATAAATGAAAAGCTTATTTATTTAACTTTCAGATGATTTCTAAAGCTTATGTTTCAAAGAATCTACCCCGTATGACTGGTTTTGTGGCCTATTCACCTTATTCTCCGCCGACGAGTGGGCGCTGCCATTTGAATCTTTTTGTCTCGCGACTTCCGGTCACATTCACTTCCATTCATTTTTTGACGTTAACAACTGCTCGTTACGCTGCTTGATGTTGCAATTTAATATTTTCTTATATTATGCTACTTGGTCTGTGTAGTCATGCAAACATTTGTTTGTTGAGCAAGTAGTTTGGCCATTTTTGCCGTTTATTATTCCTAGTCATTTCTCCCATAGGCGACTAAATCGGAAGTTCTAAGACAGTCGCGAAAACAGGCGCACTTCTGCATTTTAGAATAAGGTCAATAGGGTCACAAATAGTCATGGGCCAGTGTTCTGTTGTCCTACCTTGTCAGATTGTCCTGACTCCCATTAAAATAGTAGGTTGCACATTTTGATGATACAGTATGCTACCCATCAGATTTTGCTACGAGTGCAAATTGTATGTGAAGTAGTGTGATATGAAGCTGTAATACCACCCTAACCTACCTAATCCCTAACCCCAACCTCAGAACCATCCAATACAGTGTTGGTAGCATAATCTGATGGGTAGGATAAAATATCAGGACACCGGTATAAGATTCTGATGATATGATAACCTTAAGATCACGGTTTTACGGTATTGTGATTATTGCTCTAAAATATTATCTTTTTAAATGTCTGGGTAAAAATCAATGCCCCCCATTAAACACATATTTTTAAAGAATATTTTGGAACAGTAAACCTTAATACTTACTTATTTATTTACTCCTAGGGCCATTAATATAGAAGTTGATATTTAGCCGCACCATATCGGTGTTTTGTAACATTTATTTTTTTTATGAGGTGGGTTGTTAGCCCAATGCCCAACCCCCAACTTGGAGGACCAGGACATACACACATACTATACACTACAGGCAATTTAGCTTACCCAACTCACCTACTGTAATAAGCCACTGGAGTATAATTGATATATGGAGTTGTATAAGCCATTGGCCTTTGCTGCTGGAAATACTGTAGCCCTAAAAAATAAATAAAATAGTGTTTGACAAAATCTTAGATAGGGAAAAGTGTAACAAAAATTTTAAGCAATTTTAAAACTGTGAGTTTTACAAACCCGGCAGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCAGTGGTTAGTCTCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTTGAATTCCAGCTGGGCCAGTTGGCATTTTTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTGGCGTGGGTTACCTCGAAGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAAATATGGGCTAGAGGTGAATTGGATGAACTAAATTGGCCATAGTGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGAATGCCAGAGTGTGTGGGTGTTTCCCAGTACTGGATTGCACCTGGTTTGGCATCTGCTGCGTAAAACATATGCTGGAATAAGTTGGTGGTTCATTCCTCTCAATCTCAATCAGAGACTAAGCAGAAGGTAATTACATGAATGAGTGAACTTTTCCAAACCGCAGTAAACCGCAGTAAACCGCAGTAAACCTGTTATTGTCCTTTGCCTAGTCACATATGTAAAATTCCTGTGCGATAACATGTTTAACAAACTCCTGTTCTTCTGTTCTTCAG
Seq C2 exon
ATATCTCTACTGCGGTGAGCTCTCCTTACAGTTAGACCAGGCCACGCCACTGCACAGTCTGGCCACCAAATACGCCATCTCTGGCCTCCAGCAAGGACTGACCCAGTACATGAGCCAGAACCTTGCTAGCGACTCTCCCACCGGACATGTGGTGGGCTGGTACCAGTACGCCACAAAAGTGGGCGATATGACACTGAAAGACAACTGCCTTCAATTTCTGTCCTGGAATCTGTCGTCAGTGCTTCAGAGTCCAGAATGGCCATTGGTTAGCATCGAATTGTTAATGACTCTCCTACAGCGCTCCGATTTAGTGTTGAAAAATGAACTGGAATTGTTTGAGGCAGTTGAAACATGGCTCACCCAAAACAACCCAGACAGCCTGACAGCAGAAAATGCCCTTCGTTTAGTGCGTTACGCCATGATCCCTCCACGTGAGCTTTTTCGTTTGCAACGACAGTCACCGATCATGACGCGCTACCATGAATCTGTCCGTGACCTCCTCTACATGTCCTACCAATTCCATTCAGCCTCTCCACTTCAACTGGCCAAGTTTTTCGACATGAATTGCAGCCTCTTTGTGCCCCGCAATTACCTCTCATCCATGTGGGGCGCTCAGTGGATCATAAACAACCCAGCACGGGATGACCGCAGCACCAGTTTCCAGACTCAATTGGGTCCCAGTGGGTTTGACTCTAGTAAGCGTGTCACATGGAATGCCTTGTTTTCGCCCCGTTGGCTCCCCCTTAGCATGCGGCCCATGTATACTGAACAGGGGGCAATGCAGCCGCCGCGGCCAGATGGGGGAAGTGGCATCGCCCGGCCAAGGATCATCATCACTCCTGCAACTTCCAGTGCTGACTTTGCGGGTGTGAATTTCCAGAAGACTGTGCTCGTCTTGACAAGGCAGAAGGGCAAGCTTGTGGTGCGGCATATCCTCGGTTTCCACCAAAGCACAGAGGAGGTCGGGGACTTTCTGGCGGATTCTGACCTGCAGTTACGAACATCCGAGTATGTGGTGGACGGATCGCTTTACTTCCACATCATAGTAAAGCCAATCTACCAGACTCTCATCACCACCAAGAAATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099321:ENSDART00000171151:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.066
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0065126=BTB=PU(62.5=73.7)
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=PD(36.6=11.3),PF0770710=BACK=WD(100=27.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]